|
1. Araştırma Alanları
Lenfosit aktivasyonu ve bölünmesinin moleküler ve hücresel
seviyede regulasyonu; Prolaktin
reseptör genlerinin farklı gelişimsel ve
hormonal durumlarda lenfoid dokularda
ifade edilme profilleri; Prolaktinin neonatal immün sisteminin
gelişmesi üzerinde etkisi; Biyomateryallerin biyo-uyumluluklarının biyolojik sistemlerde incelenmesi,;
Yeni sentezlenen ilaç etken maddesi bileşiklerin biyolojik etkilerinin hücre
kültüründe incelenmesi; Poliklonal antikorların
üretimi- pürifikasyonu ve karakterizasyonu;
Tümör metastazında farklı olarak ifade edilen genlerin belirlenmesi ve metastatik ilişkileri; Endüstriyel olarak önemli olan
mikroorganizmaların izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu.
2. Diğer Akademik Faaliyetleri ve
Sorumlulukları:
2.1 Yürüttüğü ve Görev Aldığı
Bilimsel Projeler
a) Proje adı: Organofosfat
grubu pestisidlerin immunotoksik
etkilerinin moleküler mekanizması (1996
Eylül -1998 Eylül).
Projedeki görevi: Yürütücü ve araştırmacı.
Destekleyen Kuruluş: İYTE, Araştırma Fonu.
b) Proje adı: Farklı prolaktin
formlarının lenfositler üzerinde etkisi
Projedeki görevi: Yürütücü ve araştırmacı
Destekleyen kuruluş: İYTE, Araştırma Fonu (Eylül
1999- Eylül 2001).
c) Proje adı: Biyomateryallerin
hazırlanması, karakterizasyonu ve kullanımı.
Projedeki Görevi: Araştırmacı
Destekleyen Kuruluş: DPT, 1998-2000.
d) Proje adı: Yeni ilaç etken maddesi
bileşiklerin HIV-1 revers transkriptaz
enzimi ve kan hücreleri üzerindeki etkileri
Projedeki görevi: Yürütücü ve araştırmacı.
Destekleyen Kuruluş: İYTE, Bilimsel Araştırma
Projeleri , (2000-2002).
e) Proje Adı: Tümör metastazının moleküler
mekanizması üzerinde çalışmalar
Projedeki Görevi: Yürütücü, Araştırmacı
Destekleyen Kuruluş: Saskatchewan
Cancer Agency. University of Saskatchewan,Saskatoon Cancer Center’dan Dr.Carlsen ile
yapılan işbirliği çerçevesinde sürdürülmüştür. (1999-20001).
f) Proje Adı: Türkiye mikroorganizma florasının moleküler
karekterizasyonu
Projedeki görevi: 2001-2002 arasında araştırmacı;
2002-2004 arasında Yard. Doç. Dr. Fazıl Yenidünya
ile birlikte yürütücü ve araştırmacı.
Destekleyen Kuruluş: İYTE, Araştırma Fonu
(2001-2004)
g) Proje adı: Naturel Bacillus suşlarından
kristal genlerin tanımlanması ve çok amaçlı kristal protein üretim yöntemlerinin
geliştirilmesi
Projedeki görevi: Yürütücü (Yard.
Doç. Dr. A. Fazıl Yenidünya ile birlikte).
Projeyi destekleyen kuruluş: DPT (DPT 2002
K120390), 2002-2005
h) Proje adı: İzogenik adenokarsinoma hücre hatlarında farklı olarak ifade
edilen genlerin metastatik
ilişkilerinin araştırılması
Projedeki görevi: Yürütücü ve araştırmacı
Destekleyen kuruluş: TÜBİTAK (SBAG-2643), Aralık 2002-2004.
i)Proje adı: Metastatik supressor genin regulasyonu ve
farklı tümör hücrelerinde ifade edilme profilleri.
Projedeki görevi: Yürütücü ve araştırmacı.
Projeyi destekleyen kuruluş: İYTE, Bilimsel
Araştırma Projeleri Birimi, 2002-2004.
j) Projenin Adı: Biyomalzeme
yüzeyinde biyofilm oluşturan bakterilerin
izolasyonu ve bağlanma mekanizmalarının araştırılması
Projedeki görevi: Yürütücü ve araştırmacı
Projeyi destekleyen kuruluş: İYTE, Bilimsel
Araştırmalar Birimi, 2003.
h) Projenin adı: Stafilokokların
biyofilm yapmalarında rol oynayan gen ve
proteinlerin tanımlanması.
Projedeki görevi: Yürütücü
Projeyi destekleyen kuruluş: TÜBİTAK, 2006 Mart’da
başlaması gerekiyordu. Üniversite değişikliğinden dolayı yeni alt yapı
oluşturulması bakımından şimdilik ertelenmiş durumda.
2.2 Kurulan Araştırma Laboratuvarları:
Yürüttüğüm projeler kapsamında İzmirYüksek
Teknoloji Enstitüsü (İYTE) Biyoloji Bölümünde üç laboratuvar
kurmuş bulunmaktayım. Hücre Kültürü laboratuvarı
ve Moleküler Biyoloji laboratuvarını kendi
projelerimle; Moleküler Mikrobiyoloji laboratuvarını
ise Yar. Doç. Dr. A. Fazıl Yenidünya ile oluşturduğumuz projeler kapsamında
birlikte kurduk. Her bir laboratuvarda oluşturulan ekipman listesi aşağıdaki
gibidir.
1) Hücre Kültürü Laboratuvarı:
Karbandioksitli inkübatör,
laminar akışlı kabin, hücre santrifüjü (soğutmalı),
mikrosantrifüj, mikroskop (inverted
ve ışık mikroskobu), su banyosu, mikropipet seti, multichannel pipet, mikroplate
okuyucu, hibridizasyon fırını, buzdolabı (2),
terazi, pH metre, orbital
çalkalayıcı, sıvı nitrojen tankı, fare kafesleri, magnetik
karıştırıcı, vakum pompası, etüv, cam
ve plastik malzemeler ve kimyasallar.
2) Moleküler Biyoloji Laboratuvarı:
Otoklav, -80 derin dondurucu, -20 derin dondurucu, buz dolapları, pH metre, terazi, , hücre santrifüjü, mikrosantrifüj,
soğutmalı büyük santrifüj, PCR aleti, UV transillümünatör,
polaroid kamera, faz kontrast mikroskobu, çalkalamalı su banyosu, inkübatör, çalkalamalı inkübatör,
mikropipet setleri, cam ve plastik malzemeler, magnetik karıştırıcı, horizontal
jel elektroforez sistemi
(1 küçük, iki orta boy), vertikal jel elektroforez sistemi ( 1 küçük boy), UV-Vis
spektrofotometre, elektroforez
güç kaynağı, çeker ocak, inkübatör (4), sterilizasyon fırını, ultrasantrifüj,
cam ve plastik malzemeler ve
kimyasallar.
3) Moleküler Mikrobiyoloji laboratuvarı:
Otoklav (büyük boy), -80 derin dondurucu (2), -20 derin dondurucu, buz
dolapları, pH metre, terazi, magnetik
karıştırıcı, hücre santrifüjü, mikrosantrifüj,
soğutmalı mikrosantrifüj, jel
dökümantasyon sistemi, DNA sequencer
(küçük), Pulse Field Gel Elektroforez sistemi, homojenizatör,
PCR aleti (2), çalkalamalı inkübatör, normal inkübatör (3), jel elektroforez sistemleri, pH
metre, ışık mikroskobu (2), elektroforez güç
kaynağı, çeker ocak, kapalı güvenlik kabini, protein kromatografi
sistemi, orbital çalkalayıcı, cam ve plastik malzemeler ve kimyasallar.
Moleküler Mikrobiyoloji laboratuvarı
2001 yılının sonunda oluşturulmaya başlanmış olup 2004 yılında ancak
tamamlanabilmiştir.
2.3. Yürütülen Yüksek Lisans Tezleri
Birinci danışman olarak yürütülen Yüksek Lisans
Tezleri:
1.Biyomateryallerin
biyolojik sistemlerde incelenmesi (mezun). Mert Sudağıdan’nın (Biyoteknoloji
Programı).
2.Yeni ilaç etken maddesi
bileşiklerin HIV-I reverse transkriptaz
enzimi ve kan hücreleri üzerinde etkileri (mezun). Özgür Yılmazer’in (Biyoteknoloji Programı).
3. Bacillus
thuringiensis ve kristal protein genlerinin izolasyonu
ve karakterizasyonu
(mezun). F. Tuba Çetinkaya’nın (Biyoteknoloji
Programı).
4.Türkiye’deki farklı tahıl
ortamlarından Bacillus thuringiensis izolasyonu ve karakterizasyonu
(mezun). Özgür Apaydın’nın
(Biyoteknoloji Programı).
5. Sıçan meme adenokarsinoma
hücre hatlarında farklı olarak ifade edilen genlerin çeşitli hücre hatlarında
ifade edilme profilleri ve bazı anti-oksidantların
etkileri (mezun). Seçil Certel’in (Biyoteknoloji
Programı).
6. Laktik asit bakteri izolatlarının kromozomal ve plasmid DNA profillerinin hazırlanması (mezun). Burcu Okuklu’nun
(Biyoloji Programı)
7. Zeytinlik alanlarladaki
Bacillus thuringiensis
dağılımı ve çeşitliliği (Halen). Çelenk Çınar’ın (Biyoteknoloji
Programı).
8. Biyofilm
yapmada rol oynayan stafilokoklar üzerinde
moleküler çalışmalar (Halen). Sıla Appak’ın (Biyoloji Programı)
Ortak danışman olarak yürütülen Yüksek Lisans
Tezleri:
1.İşlenmiş sütten laktik asit bakteri izolasyonu ve
moleküler karakterizasyonu (mezun).
Ali Emrah Çetin’nin (Biyoteknoloji
Programı).
2.Balçova jeotermal
alanında ekstrasellüler enzim üreten termofilik bakterilerin genotipik
karakterizasyonu (mezun). Elif Yavuz’un (Biyoteknoloji Programı).
3.Alkalofilik Bacillus genusundan endüstriyel
olarak önemli olan ekstrasellüler enzimlerin
taranması (mezun). Güney Akbalık’ın (Biyoteknoloji
Programı
4.Peynirden elde edilen laktik asit bakterilerinin
izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu (mezun). Çisem
Bulut’un (Biyoteknoloji Programı).
5. Ekstasellüler mikrobiyal amilaz enziminin izolasyonu ve biyokimyasal karakterizasyonu (mezun) Hande Gençkal’ın (Biyoteknoloji
Programı).
6. Deri Endüstrisinden haloalkalifilik
mikroorganizmaların izolasyonu (mezun). Hatice Sevgi Çoban’nın (Biyoloji Programı).
7. Eksrasellüler pektinaz üretimi ve karakterizasyonu
(mezun). Asena Altan’nın (Biyoteknoloji
Programı).
2.4. Davetli Bilim İnsanı/ Araştırmacı:
Kanada’nın Saskatchewan
Üniversitesi, Saskatoon Cancer
Center’da, Dr. Carlsen’nın
laboratuvarında tümör metastazı üzerinde araştırmalar
yaptım.Yapılan bu işbirliği sonucunda çalışmamız yayınlandı (Güneş ve Carlsen 2003). Bu konudaki işbirliğimiz, aldığım TÜBİTAK
projesi çerçevesinde devam etmektedir. Gerçekleştirilen ziyaret tarihleri:
1999 yılı 10 Haziran- 1 Eylül; 2000 yılı 8 Haziran- 1 Eylül; 2001 yılı 12
Haziran- 1 Eylül.
2.5.Yurtdışında ve Yurtiçinde Doktora Yapan
Öğrencilerin Akademik Danışmanlığı:
Milli Eğitim Bakanlığı tarafından 1416 sayılı kanun uyarınca resmi-burslu
olarak Amerika Birleşik Devletlerine İYTE Biyoloji Bölümü adına doktora
yapmak için gönderilen ve 2547 sayılı kanunun 33. Maddesi uyarınca İYTE
Biyoloji Bölümü adına doktora yapmak için gönderilen öğrencilerin 1995
yılından beri yurtiçi akademik danışmanlık görevini yürüttüm. Danışmanlık
yaptığım öğrenciler ve okulları şöyle sıralanabilir.
33. Madde’ye
göre olanlar:
1) Dr.H. Çağlar Karakaya (2001 Mayıs’da doktorasını bitirip döndü). Clemson University,
South Caroline, USA
2) Dr. Ferda
Soyer (2000 Eylül’de doktorasını bitirip döndü). Clemson University,
South Caroline, USA
3) Dr.Ayten Nalbant
(2004’de doktorasını bitirip döndü). University
of Southern California, California, USA.
4) Yusuf Baran (2000 yılında ODTÜ’de başladı halen
devam ediyor).
5) Hatice Elif Özcan
(2000 yılında ODTÜ’de başladı halen devam ediyor).
1416 sayılı
kanuna göre olanlar:
1) Dr. Alper Arslanoğlu
(2000 Mayıs’da doktorasını bitirip döndü). University of
Warwick,
UK.
2) Dr. Ahmet Koç (2003 Eylül’de doktorasını bitirip
döndü) Oregan State
University,
Oregon, USA.
3) Dr. Halil Kavaklı, (2003 Eylül’de doktorasını
bitirip Koç Üniversitesine döndü). Washington State University,
Washington, USA
2.6. İYTE’de görev aldığı
komisyonlar:
1) İYTE, Mühendislik ve Fen Bilimleri
Enstitüsü, Lisansüstü Eğitim/Öğretim Yönetmeliği hazırlama komisyonu, 1996.
2) İYTE, Fen Fakültesi, Laboratuvar,
banko ve iç donanımlarının oluşturulması komisyonu, 1996-1999
3) İYTE Kütüphanesi,
bölüm kitaplarının oluşturulması komitesi, 1995-2001.
4) Biyoloji
Programı ve/veya Disiplinlerarası Biyoteknoloji Programı için Yüksek Lisans öğrenci sınavı
ve seçme komisyonu, 1997-2005.
5) Yardımcı Doçentlik yabancı dil sınavı komisyonu,
2000-2005.
6) Biyoteknolojide minor programı eğitim planı hazırlama
komisyonu başkanı 2001.
7) Yardımcı Doçentliğe atama komisyonu jüri üyesi.
1999-2005
8) Biyoteknoloji ve Biyomühendislik
Bölümü Akademik Komite üyesi 1997-2005.
2.7. Hazırlanan Lisans ve Lisansüstü Eğitim-Öğretim
Planları:
a) Biyoloji Bölümü Moleküler Biyoloji ve Genetik
Lisans Eğitim-öğretim ders planı Bölüm Kurulu ve Senatoda onaylandı (2003
yılı). 2004-2005 eğitim-öğretim yılında lisans eğitimine başlandı.
b) Biyoloji Bölümü Yüksek Lisans (Moleküler
Biyoloji’de) eğitim-öğretim ders planını hazırlandı ve Senatoda onaylandı
(1997). 2001 Bahar döneminden itibaren öğrenci kabul edilmektedir.
c) Biyoloji Bölümü Doktora Programı (Moleküler
Biyoloji’de) hazırlama komitesi
başkanı olarak, ilgili komiteyle birlikte doktora programını
hazırladık.
|
