PhD. 2004 Virginia Tech,USA
Mugla Üniv., Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü, Moleküler Biyoloji-Biyokimya Kasim 11, 2005- ...
http://www.geocities.com/bcolmugla/
Dr. Bekir Çöl
Molekuler Biyoloji/Biyokimya anabilim dallari
Ofis Lokasyon: Fen Fakultesi Biyoloji Laboratuvar Katinda
Kisisel Web Sayfasi Link http://www.geocities.com/bcolmugla/
EĞİTİM BİLGİLERİ
AKADEMİK/MESLEKTE DENEYİM
UZMANLIK ALANLARI
Gen regulasyonu (ileri derecede uzman oldugu alan. Spesifik olarak E. coli'de transkripsiyonel kontrol, Insan hucrelerinde (ex vivo olarak) translasyonal control (uORFs) konulari...) Diger alanlarda yan projelerle tecrube sahibi: Biyoinformatik , Enzimoloji , Metabolizma , Mikrobik Biyokimya , Mikrobiyal Genetik , Moleküler Biyokimya , Protein Mühendisliği , Protein Yapısı, İşlevi ve Kararlılığı , Rekombinant DNA teknolojisi, İnsan Genetiği
ÖDÜLLER
YAYINLAR VE DIGER BILGILER
hazirlaniyor-under construction........March 27, 2006
.........................................
Dr. Bekir Çöl Dügerek Mah Atatürk cad. No=10 Mugla, Türkiye Tel: 0-505-XXX-XXXX e-mail: bekircol@gmail.com http://www.geocities.com/bcolmugla/
Amaç ve Hedefler " Bilim adami ve akademisyen olarak, Moleküler Biyoloji ve Biyokimya alaninda çalismalar yapmak: Ana amaç, yeni fikirler ve teknolojiler üreterek Türk bilim ve ögretimine katkida bulunmaktir. " Türkiye'ki bir üniversite veya arastirma merkezinde bilim adami olarak deneyler yapmak, akademisyen olarak ögrenci ve bilim adamlari yetistirmek.
Özet " Çesitli Moleküler Biyoloji ve Biyokimya teknik ve yaklasimlarinda ileri derecede mükemmel bilgi sahibi. Ayrica Molekuler Mikrobiyoloji, Insan Genetigi, Genomik, Pathway Biology ve Bioinformatik konularinda ilgili ve izafi olarak tecrübeli ve bilgili. " Hem kendi basina hem de takim içinde etkili ve verimli çalisabilecek kaabiliyette, kapasitede ve donanimda. " Amaçlarina odaklanmis ve siki çalisan bir birey. Basarmak ve baskalarina yardim etmek konusunda kararli ve azimli. " Geçmisteki tecrübelerinden de görülecegi gibi liderlik ve ögretme teknik ve özelliklerine sahip.
Egitim-Ögretim " Mugla Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi, Kasim 11 2005-Mart 2006, Dr. Ar. Gör. " (Doktora sonrasi Bilim Adami) Postdoctoral Research Associate. Beadle Research Center at University of Nebraska in Lincoln, NE, USA. Dec 7, 2003-Jul 15, 2005 (Danisman/Patron: Dr. Ruma Banerjee) " (Doktora- Moleküler Biyoloji/Biyokimya-) Ph.D. in Biochemistry in Department of Biochemistry, Virginia Polytechnic Institute & State University, (VPI&SU), Blacksburg, VA, USA. 2004 (Danisman: Dr. Tim Larson) " (Yüksek Lisans- Moleküler Hücresel Biyoloji) M.S. Degree in Molecular & Cellular Biology Program in Biology Department, 1998 Virginia Polytechnic Institute & State University, (VPI&SU), Blacksburg, VA, USA. (Danisman: Dr. Reyna Favis) " B.Sc.. Hacettepe Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü, Ankara, Türkiye, 1993 Ögretici Akademisyen Tecrübesi " (Amerikadaki ders ismi verildi) Laboratory Problems in Biochemistry and Molecular Biology, Graduate Teaching Assistant, Virginia TECH 1999 (6 credit lab course for senior students, basic Molecular Biology and Biochemistry techniques) " (Amerikadaki ders ismi verildi) General Biology Laboratory II, Graduate teaching assistant at Virginia Tech Spring 1998, Spring 2003 (Course instructor. Lecture and experiments) " (Amerikadaki ders ismi verildi) General Biology Laboratory I, Graduate teaching assistant at Virginia Tech Fall 1997, Fall 2002 ((Course instructor. Lecture and experiments))
Diger Uygun Tecrübeler " (Arastirmaci Bilim Adami) Senior Lab Research Scientist at Virginia TECH Jan 2002- August 2002 " (Ikinci Baskan) Vice President of Turkish Student Association at Virginia TECH, 1999-2000 " (Bölüm temsilcisi) Graduate Student Association Representative of Biochemistry, 1999-2000 " (Ikinci Baskan) Vice President of Türk Burslular Birligi (TBB), 2005-2006
Sunumlar " Microbiology Meeting, Virginia Academy of Science held in Medical School at University of Richmond 1997- Footprint analysis of the transcriptional control of glycogen phosphorylase 2 gene in Dictyostelium discoideum " Biology Departmental Seminar, Oct 1997. Footprint analysis of the transcriptional control of glycogen phosphorylase 2 gene in Dictyostelium discoideum. Virginia TECH " Terminal Seminar, Dec 1997 same title. Virginia TECH " Biochemistry Departmental Seminar, Fall 2000. A new approach to incorporate unnatural aminoacids into proteins. Virginia TECH " Understanding the physiological function of a second fructose bisphosphatase, regulation of glpX gene expression and organization of the glpFKX operon in Escherichia coli. October 20, 2003, Redox Biology Center at the Beadle Center of UNL, Lincoln, NE, USA " Regulation of Fructose 1,6-bisphosphatase II (GlpX) Gene Expression in Escherichia coli, Feb 6, 2004, Fralin Biotechnology Center, Virginia Tech, Blacksburg, VA 2406
Abstrakt ve Makaleler " Paper, Methionine-responsive translational regulation of human methionine synthase by upstream open reading frames Bekir Col, Sebastian Oltean, Shelley Tifft and Ruma Banerjee. Submitted to Journal of Biological Chemistry " Poster, Translational regulation of mammalian methionine synthase by an IRES element and two upstream open reading frames, Bekir Col, Sebastian Oltean, Ruma Banerjee, 2004 FASEB summer research conference, Snowmass, CO " Paper, Regulation of glpX gene expression and organization of glpFKX operon in Escherichia coli, manuscript in preparation for J.Bacteriol. Bekir Col, Tim Larson " Paper, A novel approach into calculating the flux from fructose 1,6- bisphosphate to fructose 6-phosphate during gluconeogenesis in E. coli, manuscript in preparation for FEMS letters. Bekir Col, Tim Larson " Poster, Department of Biochemistry, August 2001, Regulation of glpX gene expression and organization of glpFKX operon in Escherichia coli. Bekir Col, Tim Larson " Abstract and Poster, American Society for Molecular Biology and Biochemistry, June 2000, Boston USA. Regulation of glpX gene expression in E. coli Bekir Col, Tim Larson " Abstract and Poster, Dictyostelium Meeting, Germany, June 1998- Purification of a developmentally regulated protein in Dictyostelium discoideum. " Abstract and Poster, Virginia Academy of Science, 1997; Recognition site DNA screening of lambda GT-11 expression libraries of various developmental stages of Dictyostelium. " Abstract and Poster, 13th Annual Research symposium Virginia Tech., 1997, Screening of lambda GT-11 expression libraries of Dictyostelium discoideum at amoeba, 8h and 12h of development with recognition site DNA. " Abstract and Poster, Dictyostelium Meeting, 1996, Japan, contributed to abstract publication- In vitro Footprint Analysis of glp-2 gene promoter
Üstün Basari Ödülleri " Subat 1994 yilinda ÖSYM tarafindan yapilan Yurt Disi Burs sinavinda kendi alaninda kalifiye olan ve sinava giren 300 kisi içinden 4. olarak sinavi kazandi. Sinav sonucunda "full" BURS kazandi. " T.C. Milli Egitim Bakanligi tarafindan master ve doktora yapmak için Amerika'ya gönderildi. Master ve doktorasini basari ile tamamlayarak yurda döndü. " Subat 1994 yilinda Hacettepe Biyoloji Bölümü Moleküler Biyoloji anabilim dalinin verdigi sinavi "en yüksek not" ile kazanarak Yüksek Lisans yapmaya hak kazandi.
Bazi Spesifik Deneysel Teknik ve Metodlar " Kullandigi "model" organizmalar: Escherichia coli, Bacillus subtilis, Bradyrhizobium japonicum, Dictyostelium discoideum, Insan karaciger hücreleri HepG2 (ex vivo deneyler), Maymun fibroblast hücreleri Cos1, Makrofaj hücreleri Raw, çesitli neuron hücreleri " Birinci derecede uzman oldugu alanlar: Prokaryotik gen regulasyonu, Ökaryotik gen regulasyonu, Metabolik döngü tecrübesi: insanda homocysteine/methionine metabolizmasi, bakteride glycerol 3-P metabolizmasi " Teknik ve metodlar: gen klonlama için gereken teknikler, western analizi, RNA purifikasyon ve Northern analizi, genomik DNA ve plasmid purifikasyonu, DNase I footprinting, Maxam Gilber G reaction, Sanger dideoxy sequencing, DNA-baglanici protein purifikasyonu, DNA affinity chromatography, Gel shift assays, Radiactive DNA-endlabeling techniques, DNA agarose gel electrophoresis, SDS-PAGE, reporter constructs ( beta-galactosidase ve luciferase), mammalian cell culture techniques, restriction enzyme digestions, plasmid purifications and manipulations, side-directed mutagenesis, enzim aktivitesi ölçümleri (enzyme assays), HPLC kullanarak insane hücresinde AdoMet seviyesinin ölçülmesi, gene disruption in E. coli ve B. subtilis, limited spectroscobic techniques, cesitli biyoinformatik teknikleri (GeneBank, Multiple sequence alignment, Bioedit program, DNA Lasergene program, Molecular phylogenetic analysis, vs), bakteri P1 transduksiyonu... vs...