MÜTİMER (Muğla Üniversitesi Turizm İşletmeciliği Araştırma ve Uygulama Merkezi)
Merkez Müdürü: Doç.Dr.Metin KOZAK
Turizm ve turizm işletmeciliği dalına giren her türlü konuda, en yeni teknolojilerin araştırılması, uygulamaya konulması ve turizm konusu ile ilgili alanlarda disiplinler arası araştırma ve uygulamalarda bulunmak üzere 4 Kasım 1994 tarihinde kurulmuştur.

MÜTEK-ARGE (Muğla Üniversitesi Temiz Enerji Kaynakları Araştırma ve Geliştirme Merkezi)
Merkez Müdürü: Prof.Dr.Şener OKTİK
Temiz enerji ve alternatif enerji kaynakları konusuna giren güneş enerjisi, rüzgar enerjisi, bioenerji, dalga enerjisi ile enerji kullanım ve tasarrufu alanlarında araştırma yaparak bu konularda hızla büyüyen bilgi ve teknolojiyi yakından izleyip ülkemize ve özellikle Güney Ege Bölgesine uygulanabilir,temiz ve alternatif enerji kaynaklarının belirlenmesi ve bu konudaki " Know how"un bölgede kurulacak uygulama üniteleri ile ülkemize taşınarak araştırılması ve geliştirilmesi amacıyla 12 Nisan 1996 tarihinde kurulmuştur.
URL : http://mutek.mu.edu.tr

MÜNİBAM (Muğla Üniversitesi Arıcılık ve İpekböcekçiliği Araştırma ve Uygulama Merkezi)
Merkez Müdürü: Yrd.Doç.Dr.Ali İhsan ÖZTÜRK
Arıcılık ve İpekböcekçiliği konularında araştırma ve uygulama yapmak amacıyla 12 Nisan 1996 tarihinde kurulmuştur.

MÜMMER (Muğla Üniversitesi Mantar Araştırma ve Uygulama Merkezi)
Merkez Müdürü: Prof.Dr.Mustafa IŞILOĞLU
Mantar konusunda araştırma ve uygulamalar yapmak üzere 12 Nisan 1996 tarihinde kurulmuştur.

MÜBİM (Muğla Üniversitesi Bilgisayar, Bilişim ve İletişim Araştırma ve Uygulama Merkezi)
Merkez Müdürü: Yrd.Doç.Dr.B.Taner DİNÇER
Bilgisayar,bilişim ve iletişim konularında araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde bulunmak üzere 16 Mayıs 1997 tarihinde kurulmuştur.

Muğla Üniversitesi Karya Araştırma ve Uygulama Merkezi
Merkez Müdürü: Prof. Dr. Adnan DİLER
Karya (Caria) bölgesi arkeolojisinin araştırılması ve bilim dünyasına tanıtılması amacıyla 13 Mayıs 2000 tarihinde kurulmuştur.

MÜÇEMER (Muğla Üniversitesi Çevre Sorunları Araştırma ve Uygulama Merkezi)
Merkez Müdürü: Prof. Dr. Ahmet BALCI
Çevre sorunları ile ilgili çalışmaların hızlandırılması ve disiplinler arası çalışmalar yapmak amacıyla 23 Ocak 2001 tarihinde kurulmuştur.

MÜFOMER (Muğla Üniversitesi Fonetik Araştırma ve Uygulama Merkezi)
Merkez Müdürü: Doç.Dr.Volkan COŞKUN
Türkçenin, özellikle Muğla yöresinin ses ve ağız özellikleriyle kelime varlığının araştırılması ve bilim dünyasına tanıtılması amacıyla 12 Kasım 2002 tarihinde kurulmuştur.

Muğla Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkılâp Tarihi Araştırma ve Uygulama Merkezi
Merkez Müdürü:
Atatürkçü düşünceyi, Atatürk İlke ve İnkılaplarını, Türkiye Cumhuriyeti tarihini bilimsel yollardan araştırmak, bilim dünyasına tanıtmak, yaymak ve bu konularda yayınlar yapmak amacıyla 11 Kasım 2002 tarihinde kurulmuştur.

MÜPKOM (Muğla Üniversitesi Araştırma Uygulama ve Proje Koordinasyon Merkezi)
Merkez Müdürü:
Üniversitemiz bünyesinde mevcut araştırma laboratuvarları, araştırma-uygulama merkezleri ve benzer birimler arasındaki ilişkileri koordine etmek amacıyla 23 Şubat 2005 tarihinde kurulmuştur.

MÜKAMER (Muğla Üniversitesi Kadın Çalışmaları Araştırma ve Uygulama Merkezi)
Merkez Müdürü: Prof.Dr.Şule AYCAN
Kadın sorunları ile ilgili çalışmalar yapmak, bu konuda çalışma yapanlar arasında koordinasyonu sağlamak ve kaynak oluşturmak amacıyla 05 Haziran 2005 tarihinde kurulmuştur.

MÜYOM (Muğla Üniversitesi Yaşam Boyu Öğrenme Araştırma ve Uygulama Merkezi)
Merkez Müdürü:
Üniversite personeline, öğrencilere, kamu, özel sektör, sivil toplum kuruluşları, uluslar arası kurum, kuruluş ve bireylere ihtiyaç duydukları alanlarda kurslar, seminerler, eğitim programları plânlamak, düzenlemek ve bu tür etkinliklerin eş güdümünü sağlamak amacıyla 05 Haziran 2005 tarihinde kurulmuştur.