(A-1) Articles published in journals indexed by SCI or SCI Expanded, SSCI, AHCI
1-) Zengin Talip, Abak Başak, Süzek Tuğba, 2024. TCGAnalyzeR: An Online Pan-Cancer Tool for Integrative Visualization of Molecular and Clinical Data of Cancer Patients for Cohort and Associated Gene Discovery. Cancers
2-) Salihoğlu Rana, Saraçoğlu Fatih, Sibai Mustafa, Zengin Talip, Abak Başak, Karasoy Onur, Süzek Tuğba, 2023. CompCorona: A Web Application for Comparative Transcriptome Analyses of Coronaviruses Reveals SARS-Cov2 Specific Host Response. Turkish Journal of Biology
3-) Kılıç Banu, İbrahim Ahmed Hassan, Aksoy Selahattin, Sakman Mehmet Cihan, Demircan Gül Sude, Süzek Tuğba, 2023. A family-centered orthodontic screening approach using a machine learning-based mobile application. Journal of Dental Sciences
4-) Hatipoğlu Tevfik, Esmeray Sönmez Esra, Hu Xıaozhou, Yuan Honglıng, Erşen Danyeli Ayça, Şeyhanlı Ahmet, Süzek Tuğba, Zhang Weiwei, Akman Burcu, Olgun Aybüke, Özkal Sermin, Alacacıoğlu İnci, Özcan Mehmet Ali, You Hua, Küçük Can, 2022. Plasma Concentrations and Cancer-Associated Mutations in Cell-Free Circulating DNA of Treatment-Naive Follicular Lymphoma for Improved Non-Invasive Diagnosis and Prognosis. Frontiers in Oncology
5-) Salihoğlu Rana, Süzek Tuğba, 2021. Tissue Microbiome Associated with Human Diseases by Whole Transcriptome Sequencing and 16S Metagenomics. Frontiers in Genetics
6-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2021. Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma. Journal of Personalized Medicine
7-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2020. Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma. BMC Bioinformatics
8-) Bakar Dertlioğlu Selma, Edgünlü Tuba, Şen Deniz, Süzek Tuğba, 2019. Extracellular Matrix Protein 1 Gene Mutations In Turkish Patients With Lipoid Proteinosis. Indian Journal of Dermatology
9-) Süzek Tuğba, 2017. Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora. TURKISH JOURNAL OF ELECTRICAL ENGINEERING & COMPUTER SCIENCES
10-) Wang Y, Süzek Tuğba, Zhang J, Wang J, He S, Cheng T, Shoemaker B A, Gindulyte A, Bryant S H, 2014. PubChem BioAssay: 2014 update. Nucleic Acids Research
11-) Wang Y, Xiao J, Süzek Tuğba, Zhang J, Wang J, Zhou Z, Han L, Karapetyan K, Dracheva S, Shoemaker B A, Bolton E, Gindulyte A, S H Bryant, 2011. PubChem s BioAssay Database. Nucleic Acids Research
12-) Han L, Süzek Tuğba, Wang Yanli, Bryant S H, 2010. The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis. BMC Bioinformatics
13-) Wang Yanli, Xiao Jewen, Süzek Tuğba, Zhang Jian, Wang Jiyao, Bryant Stephen H, 2009. An overview of the PubChem BioAssay resource. Nucleic Acids Research
14-) Wang Y, Xiao J, Süzek Tuğba, Zhang J, Wang J, Bryant S H, 2009. PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules. Nucleic Acids Research
15-) Wheeler D L, Barrett T, Benson D A, Bryant S H, Canese K, Chetvernin V, Church D M, Dicuccio M, Edgar R, Federhen S, Geer L Y, Helmberg Wolfgang, Kapustin Y, Khovayko O, Landsman D, Lipman D J, Madden T L, Maglott D R, Miller V, Ostell J, Pruitt K D, Schriml L M, Schuler G D, Sequeira E, Sherry S T, Sherry S T, Sirotkin K, Souvorov A, Starchenko G, Kenton D, O Suzek Tugba, Tatusov R L, Tatusova T A, Wagner L, Yaschenko E, 2006. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research
16-) Barrett T, Süzek Tuğba, Troup D B, Wilhite S E, Ngau W C, Ledoux P, Rudnev D, Lash A E, Fujibuchi W, Edgar R, 2005. NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools. Nucleic Acids Research
17-) Wheeler D L, Barrett T, Benson D A, Bryant S H, Canese K, Church D M, Dicuccio M, Edgar R, Federhen S, Helmberg Wolfgang, Kenton D L, Khovayko O, Lipman D J, Madden T L, Maglott D R, Ostell J, Pontius J U, Pruitt Kd, Schuler Gregory, Schriml L M, Sequeira Edwin, Sherry S, Sirotkin K, Souvorov A, Starchenko G, Süzek Tuğba, Tatusov R, Tatusova T A, Wagner Lukas, Yaschenko E, 2004. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research
18-) Wheeler David, Church Deanna, Edgar Ron, Federhen Scott, Helmberg Wolfgang, Madden Thomas L, Pontius Joan U, Schuler Gregory D, Schriml Lynn M, Sequeira Edwin, Süzek Tuğba, Tatusova Tatiana A, Wagner Lucas, 2004. Database resources of the National Center for Biotechnology Information update. Nucleic Acids Research
19-) Bober Michael, Wiehe Kevin, Yung Christina, Süzek Tuğba, Lin Matthew, Baumgartner William, Winslow Raimond, 2002. CaGE Cardiac gene expression knowledgebase. Bioinformatics
(A-2) Technical Notes, Letters to the Editor, Discussions and Abstracts published in journals indexed by SCI or SCI-Expanded , SSCI, AHCI
1-) Hatipoğlu Tevfik, Esmeray Esra, Hu Xiaozhou, Yuan Hongling, Danyeli Ayça Erşen, Şeyhanlı Ahmet, Süzek Tuğba, Zhang Weiwei, Olgun Aybüke, Akman Burcu, You Hua, Alacacıoğlu İnci, Özcan Mehmet Ali, Küçük Can, 2020. Ultra-Deep Targeted Sequencing Reveals Cancer-Associated, Prognostically Significant Mutations in Circulating Cell-Free DNA in Treatment-Naive Patients with Follicular Lymphoma. Blood
2-) Ergin Kemal, Erdogan A M, Gokmen Esra, Armagan Güliz, Olgun Hatice Nur, Aktas Safiye, Sehne Merve, Süzek Tuğba, Ozpolat Bulent, 2016. Changing the Face of Modern Medicine: Stem Cells and Gene Therapy Florence. Human Gene Therapy
(A-3)
1-) Demircan Gül Sude, Kılıç Banu, Süzek Tuğba, 2020. Early Diagnosis and Prediction of Skeletal Class III Malocclusion from Profile Photos using Artificial Intelligence. IFMBE Proceedings
(A-7)
1-) Sakman Mehmet Cihan, Zengin Talip, Kurşun Deniz, Süzek Tuğba, 2022. A Personalized Oncology Mobile Application Integrating Clinical and Genomic Features to Predict the Risk Stratification of Lung Cancer Patients via Machine Learning. Mugla Journal of Science and Technology
2-) Aksoy Selahattin, Kılıç Banu, Süzek Tuğba, 2022. Comparative Analysis of Deep Learning and Machine Learning Models for Early Prediction of Skeleton Class III Malocclusion from Profile Photos. Mugla Journal of Science and Technology
(B-1) Papers verbally presented or published in scientific and art meetings like international conferences, symposiums, panels, and workshops
1-) Ay Esra, Eken Burak, Süzek Tuğba, 2020. An Interactive Health Game Using Machine Learning: A Prototype. Eurasia Graphic 2020
2-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2019. A Meta-Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations in Lung Adenocarcinoma. The 6th International Workshop onComputational Network Biology: Modeling, Analysis, and Control(CNB-MAC 2019)
3-) Yousef Malik, Khaelifa Walid, Süzek Tuğba, 2019. In Silico Validation of ncRNA-ncRNA Interaction Sites with ncRNAs Represented by k-mers Features. BIOSTEC 2019 Proceedings of the12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies
4-) Bayraktar Abdulahad, Süzek Tuğba, Süzek Barış Ethem, Baysal Ömür, 2019. A Meta-analysis of Gene Expression Data in Neurodegenerative Diseases. The 6th International Workshop onComputational Network Biology: Modeling, Analysis, and Control(CNB-MAC 2019)
(B-2)
1-) Kılıç Banu, Süzek Tuğba, Şahin Demet, 2022. Can Brushing Be an Alternative Treatment for Obesity?. PER-IADR Oral Health Research Congress
2-) Abak Basak, Süzek Tuğba, 2019. TCGA Drug Summary Interface. Big Data Training School for Life Sciences Second edition - EU COST CHARME
3-) Süzek Tuğba, 2017. Bridging cheminformatics and bioinformatics with public tools. The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics
4-) Ergin Kemal, Erdogan A M, Gokmen E, Armagan Gd, Olgun Hd, Aktas Sg, Sehne M, Süzek Tuğba, Ozpolat Bulent, 2016. Investigation of the cell death in pancreatic cancer after silencing of elongation factor 2 alpha by siRNA. Changing the Face of Modern Medicine: Stem Cells and Gene Therapy
5-) Winslow Rainbow, Baumgartner Jr William, Helm Patrick, Scollan David, Yung Christina, Süzek Tuğba, 2001. A Heart Failure Knowledgebase Combining Experimental Data with Tools for Integrative Biological Modeling. Workshop on Integration of Diverse Biological Data, Center for Discrete Mathematics and Computer Science
(B-3)
1-) Aksoy Selahattin, Kılıç Banu, İbrahim Ahmed Hassan, Süzek Tuğba, 2022. A Mobile Application For Early Prediction of Skeletal Class III Malocclusion from Profile Photos Integrating Deep Learning and Machine Learning Models. International Society for Computational Biology
2-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2018. TCGA Lung Cancer Analysis Pipeline. Proceedings of the 2018 ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics - BCB ’xx18
3-) Süzek Tuğba, 2016. Using Latent Semantic Analysis for Automated Keyword Extraction from Large Document Corpora. The 24rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
4-) Süzek Tuğba, Wang Yanli, 2015. A text mining based comparison of RNAi screening assays to NIH chemical probes. International Conference on Transcriptomics
5-) Ceren Mikail, Demir Caner, Gunal Hazim Alpay, Süzek Tuğba, 2015. Özel Eğitim Kurumları Otomasyonu Projesi. The seventh International Congress of Educational Research
6-) Bober M.b., Suzek To., Wiehe K., Winslow R.l, 2001. The human cardiac gene expression knowledgebase. 5th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB)
(B-5)
1-) Zengin Talip, Abak Başak, Süzek Tuğba, 2023. TCGAnalyzeR: Pan-Kanser Kohort Ve Gen Keşfi İçin Moleküler Ve Klinik Veri Görselleştirmesi İçin Bir Web Aracı. Ulusal Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
2-) Esmeray Sönmez Esra, Hatipoğlu Tevfik, Hu Xıaozhou, Yuan Honglıng, Erşen Danyeli Ayça, Arıcı Ayla Anar, Şeyhanlı Ahmet, Siviş Zuhal Önder, Demirağ Bengü, Ataseven Eda, İnce Dilek, Altun Zekiye, Aktaş Safiye, Alacacıoğlu İnci, Süzek Tuğba, Özsan Nazan, Erdağ Taner Kemal, Çıtak Elvan Çağlar, Özkal Sermin, Özcan Mehmet Ali, Çetingül Nazan, Özer Erdener, Kutluk Mustafa Tezer, Olgun Hatice Nur, Küçük Can, 2022. THERAPEUTIC IMPLICATIONS OF TARGETED SEQUENCING AND miRNA-SEQ OF B CELL LYMPHOMAS. 1st International Basic Oncology Congress
3-) Esmeray Esra, Hatipoğlu Tevfik, Şeyhanlı Ahmet, Yuan Hongling, Olgun Aybüke, Taşkıran Emin, Hu Xiaozhou, Alacacıoğlu İnci, Erşen Danyeli Ayça, Özkal Şermin, Süzek Tuğba, Özcan Mehmet Ali, Küçük Can, 2020. Foliküler lenfoma olgularında somatik varyanların mutect2 biyoinformatik iş akışı kullanılarak belirlenmesi. V. Türkiye in vitro Diyagnostik Sempozyumu
(B-6)
1-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2019. Meta-Analysis Pipeline for Genomics and Transcriptomics Variations in TCGA Data. The 12th International Symposium on Health Informatics And Bioinformatics
2-) Bakar Dertlioğlu Selma, Erol Şen Deniz, Edgünlü Tuba, Süzek Tuğba, 2017. Discussion of ECM1 gene mutations in patients with lipoid proteinosis LP diseases. Ulusal Tibbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
3-) Turkmen Durdane, Sen Seyma, Ön Zeki Bora, Akçer Ön Sena, Süzek Tuğba, 2015. Jeoloji Verilerinin Mobil Telefonlarla Aktarılması ve Saklanması Projesi. Genç Yerbilimciler Kongresi
(D-1) Editor in Chief in journals indexed by SCI or SCI-Expanded, SSCI and AHCI
1-) Editörlük Türü: Dergi. 2023. Insights in Cancer Genetics and Oncogenomics: 2022.
(D-10) Referee in journals indexed by SCI or SCI-Expanded, SSCI and AHCI
1-) Nature Scientific Methods. 2021. Hakemlik Sayısı: 1
2-) Frontiers in Cell and Developmental Biology , Molecular Oncology. 2021. Hakemlik Sayısı: 2
3-) TÜRK TIP BİLİMLERİ DERGİSİ. 2020. Hakemlik Sayısı: 1
4-) PeerJ – The Journal of Life and Environmental Sciences. 2020. Hakemlik Sayısı: 1
5-) Lipids in Health and Disease. 2020. Hakemlik Sayısı: 1
6-) Plos One. 2018. Hakemlik Sayısı: 1
7-) Scientometrics. 2018. Hakemlik Sayısı: 1
8-) Computers in Biology and Medicine. 2015. Hakemlik Sayısı: 1
9-) Bioinformatics. 2005. Hakemlik Sayısı: 2
(D-11) Referee in journals indexed by international indexes other than SCI or SCI-Expanded, SSCI and AHCI
1-) Meta Gene. 2018. Hakemlik Sayısı: 3
(D-12) Referee in other refereed science, art and vocational journals
1-) Türkiye Bilişim Vakfı Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Dergisi. 2020. Hakemlik Sayısı: 1
2-) UBMK. 2018. Hakemlik Sayısı: 4
3-) 9th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT2015). 2015. Hakemlik Sayısı: 5
(D-2) Editor in Chief in journals indexed by indexes other than SCI or SCI-Expanded, SSCI and AHCI
1-) Editörlük Türü: Dergi. 2018. Mugla Journal of Science and Technology.
(D-5)
1-) Editörlük Türü: Dergi. 2016. Turkish Journal Electrical Engineering Computer Sciences.
(D-6)
1-) Editörlük Türü: Dergi. 2015. Mugla Journal of Science and Technology.
(E-1)
1-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 4
2-) Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 11
3-) Plasma Concentrations and Cancer-Associated Mutations in Cell-Free Circulating DNA of Treatment-Naive Follicular Lymphoma for Improved Non-Invasive Diagnosis and Prognosis - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 2
4-) Tissue Microbiome Associated with Human Diseases by Whole Transcriptome Sequencing and 16S Metagenomics - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3
5-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3
6-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
7-) Ultra-Deep Targeted Sequencing Reveals Cancer-Associated, Prognostically Significant Mutations in Circulating Cell-Free DNA in Treatment-Naive Patients with Follicular Lymphoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
8-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 6
9-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 8
10-) Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 10
11-) Tissue Microbiome Associated with Human Diseases by Whole Transcriptome Sequencing and 16S Metagenomics - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 3
12-) Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 2
13-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 6
14-) Tissue Microbiome Associated with Human Diseases by Whole Transcriptome Sequencing and 16S Metagenomics - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 1
15-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 8
16-) Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 6
17-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 14
18-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 10
19-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
20-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
21-) Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
22-) Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
23-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
24-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 50
25-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 3
26-) Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 1
27-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 4
28-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 14
29-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 3
30-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 1
31-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 58
32-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 29
33-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 13
34-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 15
35-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 22
36-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 26
37-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 24
38-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 58
39-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 7
40-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 1
41-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 2
42-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 3
43-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 9
44-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 39
45-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 6
46-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 20
47-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 59
48-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 44
49-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 5
50-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 6
51-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 1
52-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 33
53-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 3
54-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 75
55-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 28
56-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 7
57-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 53
58-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 11
59-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 4
60-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 2
61-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 19
62-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 52
63-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 9
64-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 30
65-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 78
66-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 3
67-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 37
68-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 1
69-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 1
70-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 12
71-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 11
72-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 62
73-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 29
74-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 17
75-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 48
76-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 7
77-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 3
78-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 27
79-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 29
80-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 5
81-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 3
82-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 49
83-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 12
84-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 36
85-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 74
86-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 10
87-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 13
88-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 68
89-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 28
90-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 13
91-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 18
92-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 6
93-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 1
94-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 35
95-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 40
96-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 4
97-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 17
98-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 33
99-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 62
100-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 10
101-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 2
102-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 15
103-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 37
104-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 46
105-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 22
106-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 8
107-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 10
108-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 9
109-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 34
110-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 53
111-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 7
112-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 21
113-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 1
114-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 21
115-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 48
116-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 42
117-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 7
118-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 14
119-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 109
120-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 105
121-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 45
122-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 1
123-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 1
124-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 99
125-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 61
126-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 109
127-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 50
128-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 102
129-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 34
130-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 63
131-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2004 Atıf Sayısı: 2
132-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2004 Atıf Sayısı: 38
133-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2003 Atıf Sayısı: 2
(E-2)
1-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 2
(E-3)
1-) Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 1
2-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 1
3-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 10
(E-4)
1-) Tissue Microbiome Associated with Human Diseases by Whole Transcriptome Sequencing and 16S Metagenomics - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 1
2-) Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 1
3-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 5
(E-6)
1-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3
2-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 1
3-) In Silico Validation of ncRNA-ncRNA Interaction Sites with ncRNAs Represented by k-mers Features - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 1
(F-1) Administered PhD/B.S./B.A. Dissertations.
1-) Tez Adı: Detection of immune targetable cancer biomarkers in The Cancer Genome Atlas datasets. Konu: Detection of immune targetable cancer biomarkers in The Cancer Genome Atlas datasets. TALİP-ZENGİN. 2023
(F-2) Administered graduate dissertations
1-) Tez Adı: TCGAnalyzeR: A Web Portal for Visualization of Pan-Cancer Molecular Patient Data. Konu: TCGAnalyzeR: A Web Portal for Visualization of Pan-Cancer Molecular Patient Data. BAŞAK-ABAK. 2022
2-) Tez Adı: Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma. Konu: Bioinformatics. TALİP-ZENGİN. 2019
(F-3)
1-) Tez Adı: HOLOCENE ENVIRONMENTAL RECONSTRUCTION OF LAKE BAFA (SW, ANATOLIA) BY STATISTICAL ANALYSES OF OSTRACOD AND BENTHIC FORAMINIFER ASSEMBLAGES. Konu: HOLOCENE ENVIRONMENTAL RECONSTRUCTION OF LAKE BAFA (SW, ANATOLIA) BY STATISTICAL ANALYSES OF OSTRACOD AND BENTHIC FORAMINIFER ASSEMBLAGES. Rana-Salihoğlu. 2019
2-) Tez Adı: UNDERSTANDING NEURODEGENERATION: PATHWAY ANALYSIS OF NEURODEGENERATIVE DISORDERS BY MERGED AND META-ANALYZED GENE EXPRESSION DATA. Konu: UNDERSTANDING NEURODEGENERATION: PATHWAY ANALYSIS OF NEURODEGENERATIVE DISORDERS BY MERGED AND META-ANALYZED GENE EXPRESSION DATA. Abdulahad-Bayraktar. 2019
3-) Tez Adı: BOR MADENLERİNDEN İZOLE EDİLEN BAZI ZHİHENGLİUELLA SUŞLARININ TUZ TOLERANS GENLERİNİN ARAŞTIRILMASI. Konu: BOR MADENLERİNDEN İZOLE EDİLEN BAZI ZHİHENGLİUELLA SUŞLARININ TUZ TOLERANS GENLERİNİN ARAŞTIRILMASI. Esra-Esmeray. 2018
(G-1) Principle Researcher in projects supported by international institutions
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: https://transcan.eu/the-project/objectives/project-objectives.kl. Proje Türü: AB. Kolorektal Peritonal Metastazlar İçin Periton İmmün Modülasyonu. 2023--1
(G-2) Being part of a project supported by international institutions (researcher, trainer, advisor, etc.)
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Women TechEU. Proje Türü: H2020. Early Detection and Prediction of Skeletal Orthodontic Malocclusions from Profile Photos with Deep Learning. 2023--1
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: PubChem Molecular Libraries Small Molecule Repository, https://projectreporter.nih.gov/project_info_history.cfm?aid=7594477&icde=46624463 . Proje Türü: Diğer(Uluslararası). NIH Molecular Libraries Program. 2006-2022
(G-3)
1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: İskeletsel Sendromların Erken Teşhisi İçin Bir Sistem ve Yöntem. Proje Türü: Diğer kamu kuruluşları (Yükseköğretim Kurumları hariç). Kosgeb AR-GE, İskeletsel Sendromların Erken Teşhisi İçin Bir Sistem ve Yöntem. 2022-2023
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Tübitak 1512. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Tübitak 1512 BİGG, Yapay Zeka ile Profil Fotoğraflarından İskelet Sınıf III Maloklüzyon Erken Tahmin Mobil Uygulaması. 2021-2022
3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: TÜSEB. Genetik, Transkriptomik ve Sağkalım Verileri Kullanılarak Oluşturulacak Kanser Kohortlarına Özgü İlaç Yeniden Konumlandırma Analizi İçin Bir Web Platformunun Geliştirilmesi. 2020-2023
4-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: TUBITAK 2223D, I Immunogenomics Workshop. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. TÜBİTAK ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri NIH İşbirliği. 2015-2016
5-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Tubitak 2232. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Tubitak 2232 - Kemoenformatik modelleme veritabanından anahtar kelime ayıklanması için metin madenciliği tekniklerinin geliştirilmesi. 2014-2016
(G-4)
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1001. Burkitt Lenfomada ARID1A'nın Tümör Baskılayıcı Rolünün Araştırılması. 2023-2023
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: 2209A. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. TCGA Klinik ve Moleküler Verilerine Dayanarak Akciğer Adenokarsinom Ve Akciğer Skuamöz Hücre Karsinomu Hastalarının Risk Tahmini İçin Mobil Uygulama Geliştirilmesi, Mehmet Cİhan Sakman. 2021-2022
3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: 2209A. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. İlköğretime Başlangıçta Okuma ve Yazma Desteği İçin Resimli-Sesli-Dokunma Takipli Okuma Kartları Mobil Uygulaması. 2021-2021
4-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1001. Yaygın Ve Sınırlı Evre Küçük Hücreli Akciğer Kanserlerinde Eksozomal Rna Içeriği Ile Eksozomların Kanser Gelişimindeki Olası Rollerinin Belirlenmesi. 2021-2023
5-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Tübitak 1004. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER). 2021--1
6-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: 2209A. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Glokom Teşhisi İçin Bir Karar Destek Web Arayüzü Tasarlanması. 2021-2022
7-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: Küçük ve Orta Ölçekli İşletmeler için Açık Kaynak Kodlu ve Ücretsiz bir ERP Yazılımı Geliştirilmesi”. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. TÜBİTAK 2209B, Küçük ve Orta Ölçekli İşletmeler için Açık Kaynak Kodlu ve Ücretsiz bir ERP Yazılımı Geliştirilmesi”. 2020-2021
8-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: 2209A. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Pandemi Yayılımı Önlemi Olarak Bir Sosyal Medya ve Bluetooth İle İç Mekan Popülasyon Yoğunluğu Tespiti Uygulaması. 2020-2021
9-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Danışman. Konu: Tarımda Üretici, Tüketici ve Taşımacıyı Ülke Çapında Birleştiren Ağ Uygulamas. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. 2209A Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Desteği. 2020--1
10-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: İnteraktif Sanal Dünyada Egzersize Teşvik Eden Mobil Oyun. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. İnteraktif Sanal Dünyada Egzersize Teşvik Eden Mobil Oyun. 2020-2020
11-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: Alzheimer Hastalarının Takibi ve Hastalığın İlerlemesini Yavaşlatma Amaçlı Bileklik Uyumlu Mobil Uygulama Geliştirilmesi. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. 2209A Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Destekleme Programı. 2020-2020
12-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: Profil Fotoğraflarından Mobil Uygulama ile İskeletsel Sınıf III Maloklüzyon Erken Teşhis ve Tahmini. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. 2209A Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Desteği. 2020--1
13-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1001. Tübitak 1001, Ortodontik Tedavi Gören Bireylerde Besin Ödül İlişkisi Değişimi Analizi. 2019--1
14-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Pankreas kanserinde elongasyon inisiyasyon faktör 2 alfa eIF2a nın siRNA small interfering RNA ile susturulması in vitro ve in vivo sonrasında hücre ölümünün araştırılması. Proje Türü: -Tübitak 1001. Pankreas kanserinde elongasyon inisiyasyon faktör 2 alfa eIF2a nın siRNA small interfering RNA ile susturulması in vitro ve in vivo sonrasında hücre ölümünün araştırılması. 2015-2017
(G-7)
1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: BAP ArGe. Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Melanoma için İmmün Tedavilerine İmmün Yanıtı Öngören Biyobelirteç Adaylarının İn siliko Tanımlanması. 2016-2018
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: 9 Uluslararası Sağlık Bilişimi ve Biyoinformatik Sempozyumu HIBIT konferansı. Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. 9 Uluslararası Sağlık Bilişimi ve Biyoinformatik Sempozyumu HIBIT konferansı. 2015-2016
(I-1) Assignment in international art and design jury
1-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2017
(I-12)
1-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. . . 2021
2-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2020
3-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2019
4-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2018
5-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2018
(I-13)
1-) Bilgisayar Mühendisliği Bölüm Başkan Yardımcılığı. Türkiye. . 2019
2-) Bilgisayar Mühendisliği Bölüm Başkan Yardımcılığı. Türkiye. . 2018
3-) Bilgisayar Mühendisliği Bölüm Başkan Yardımcılığı. Türkiye. . 2017
4-) Bilgisayar Mühendisliği. Türkiye. . 2015
(I-14)
1-) Programming Languages. Muğla. . 2019
(I-15)
1-) Uluslararası Yaz Okulu Komisyonu. Muğla. . 2019
2-) Uluslararası Ortak Program Komisyonu. Muğla. . 2019
(I-20)
1-) ORISE Fellowship. ABD. . 2020
(I-3)
1-) I.Immunogenomics Workshop. Turkiye. . 2015
2-) HIBIT 2015. Muğla. . 2015
(I-5)
1-) HIBIT 2019. İzmir. . 2019
2-) HIBIT2018. Türkiye. . 2018
3-) HIBIT2017. Kıbrıs. . 2017
(I-6)
1-) TOK2019. Türkiye. . 2019
(I-7)
1-) CNB-MAC 2019. ABD. . 2019
2-) HIBIT2017 ,10th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics. KKTC. . 2017
(I-9)
1-) IAESTE Staj Kordinatörlüğü. Türkiye. . 2021
2-) IAESTE Staj Kordinatörlüğü. Türkiye. . 2020
3-) COST ML4Microbiome Brussels Workgroup Meeting. Belçika. . 2020
4-) ICPerMed Workshop, Sağlık Bakanlığı. İspanya. . 2019
5-) COST ML4Microbiome FORTH Crete Management Commitee Meeting. Yunanistan. . 2019