(A-1) SCI veya SCI Expanded, SSCI, AHCI tarafından taranan dergilerde yayımlanan tam makale
1-) Zengin Talip, Abak Masud Başak, Önal-süzek Tuğba, 2024. TCGAnalyzeR: An Online Pan-Cancer Tool for Integrative Visualization of Molecular and Clinical Data of Cancer Patients for Cohort and Associated Gene Discovery. Cancers
2-) Salihoğlu Rana, Saraçoğlu Fatih, Sibai Mustafa, Zengin Talip, Abak Masud Başak, Karasoy Onur, Süzek Tuğba, 2023. CompCorona: A web application for comparative transcriptome analyses of
coronaviruses reveals SARS-CoV-2-specific host response. Turkish Journal of Biology
3-) Kurt Örs Özge, Zengin Talip, Üstün Yakup, 2023. Comparison of the effect of different glide path files on amount of apically extruded debris in curved root canals. Australian Endodontic Journal
4-) Göktürk Tolga, Zengin Talip, Hökelek Tuncer, Topkaya Cansu, Güp Ramazan, 2023. Synthesis, Crystal Structure, Hirshfeld Surface Analysis, DNA/BSA Interaction and Molecular Docking Studies of 2-(6-(4-chlorophenyl)-1,2,4-triazin-3-yl)quinoline. Journal of Molecular Structure
5-) Rahmad Akbar, Habib Bashour, Puneet Rawat, Philippe A. Robert, Eva Smorodina, Tudor-stefan Cotet, Karine Flem-karlsen, Robert Frank, Brij Bhushan Mehta, Mai Ha Vu, Talip Zengin, Jose Gutierrez-marcos, Fridtjof Lund-johansen, Jan Terje Andersen & Victor Greiff, 2022. Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies. mAbs
6-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2021. Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma. Journal of Personalized Medicine
7-) Talip Zengin, Tuğba Önal-süzek, 2020. Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma. BMC Bioinformatics
8-) Talip Zengin, Burcu Ekinci, Cansu Kucukkose, Ozden Yalcin-ozuysal, 2015. IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling. PLOS ONE
(A-5) SCI veya SCI Expanded, SSCI, AHCI dışındaki uluslararası indexler tarafından taranan dergilerde yayımlanan tam makale
1-) Talip Zengin, Sercan Kılıç, Ufuk Yenigün, Serhat Erdoğmuş, Ömür Baysal, 2017. A Smart Way for Talking With Proteins; Proteomics. MOJ Proteomics & Bioinformatics
(A-7) ULAKBİM tarafından taranan ulusal hakemli dergilerde
yayımlanmış makale
1-) Mehmet Cihan Sakman, Talip Zengin, Deniz Kurşun, Tuğba Süzek, 2022. A Personalized Oncology Mobile Application Integrating Clinical and Genomic Features to Predict the Risk Stratification of Lung Cancer Patients via Machine Learning. Mugla Journal of Science and Technology
(B-1) Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda sözlü olarak sunulan ve tam metin olarak yayımlanan bildiri
1-) Talip Zengin, Tuğba Süzek, 2019. A Meta-Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations in Lung Adenocarcinoma. The 6th International Workshop on Computational Network Biology: Modeling, Analysis, and Control (CNB-MAC 2019)
2-) Arzıman Süleyman, Zengin Talip, Baysal Ömür, Baştaş Kubilay Kurtuluş, 2017. In-silico analysis on gene sequence encoding type III effector proteins reflect similar host- speciation for bacterial pathogens infecting tomato. 4th ICSAE
(B-3) Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi
bilimsel, sanatsal toplantılarda poster şeklinde sunulan
ve özet metin olarak yayımlanan bildiri.
1-) Talip Zengin, Tuğba Süzek, 2019. Meta-Analysis Pipeline for Genomics and Transcriptomics Variations in TCGA Data. The 12th International Symposium on Health Informatics And Bioinformatics
2-) Talip Zengin, Tuğba Süzek, 2018. TCGA Lung Cancer Analysis Pipeline. Proceedings of the 2018 ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics - BCB ’xx18
3-) Kıvrak Seçil, Galatalı Selın, Aşan Melih, Işık Serdar, Tokgöz Hilal Büşra, Kaya Yeşim, Zengin Talip, Kaya Ergun, 2017. Genetic Stability Confirmation of Cryopreserved Three Different Mentha × piperita L. Cultivars Using ISSR Markers. Green Biotechnology 2017
4-) Zengin Talip, Yalçın Özuysal Özden, 2013. IRF6 is a downstream mediator of Notch signaling in breast epithelial cells. VII. Notch Meeting
5-) Zengin Talip, Yalçın Özuysal Özden, 2013. IRF6 is a downstream mediator of Notch signaling in breast epithelial cells. II. International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey
(B-5) Ulusal kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel,
sanatsal toplantılarda sözlü sunulan ve özet metin olarak
yayımlanan bildiri.
1-) Zengin Talip, Abak Masud Başak, Süzek Tuğba, 2023. TCGAnalyzeR: Pan-Kanser Kohort Ve Gen Keşfi İçin Moleküler Ve Klinik Veri Görselleştirmesi İçin Bir Web Aracı.. 18. Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
2-) Yalçın Özuysal Özden, Zengin Talip, 2013. Interferon Regulatory Factor 6 nın meme epitelyal hücrelerindeki rolü. XIII. Ulusal Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
(C-4) Alanında tanınmış ulusal yayınevlerince yayımlanan kitaplarda bölüm yazarlığı
1-) Balta, E., Boz, S., Rende, U., Zengin, T., Erbaşol, I., 2012. Biyoenformatik I - Dizi Kıyaslamaları. Yayın Evi: Nobel Akademik Yayıncılık Editör Adı: Jens Allmer, Canan Has, Şule Yılmaz
(E-1) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından
taranan dergilerde olmak üzere adayın yazar olarak yer
almadığı SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI
tarafından taranan yayınlarda adayın eserlerine yapılan
atıf.
1-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 12
2-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
3-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3
4-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 14
5-) Comparison of the effect of different glide path files on amount of apically extruded debris in curved root canals - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
6-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 8
7-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 5
8-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 10
9-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 6
10-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 2
11-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 5
12-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
13-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 3
14-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 5
15-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 2
16-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 2
(E-4) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışındaki
uluslararası indekslerde taranan dergilerde adayın yazar
olarak yer almadığı yayınlarda, adayın eserlerine yapılan
atıf.
1-) Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
2-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 2
3-) Comprehensive Profiling of Genomic and Transcriptomic Differences between Risk Groups of Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Cell Carcinoma - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1
4-) Progress and challenges for the machine learning-based design of fit-for-purpose monoclonal antibodies - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1
5-) IRF6 Is Involved in the Regulation of Cell Proliferation and Transformation in MCF10A Cells Downstream of Notch Signaling - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
(G-2) Uluslar arası kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev(araştırmacı, eğitmen, danışman, vb. olarak)
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Avrupa Birliği. Kolorektal Peritonal Metastazlar İçin Periton İmmün Modülasyonu. 2023--1
(G-4) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB, (1002 ve 3001 hariç tüm
projeler)SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel
kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev
(araştırmacı, eğitmen, danışman vb. olarak)
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1004. Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER). 2022--1
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: 2209A. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Makine Öğrenimi ile Kanser Risk Tahmini Yapan ve Risk Sonucuna Göre Kanser Karşıtı Yaşam Önerileri Sunan Web Sitesi Oluşturulması. 2021-2022
3-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Bursiyer. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1004. Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER). 2021-2022
4-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: TÜSEB. Genetik, Transkriptomik ve Sağkalım Verileri Kullanılarak Oluşturulacak Kanser Kohortlarına Özgü İlaç Yeniden Konumlandırma Analizi İçin Bir Web Platformunun Geliştirilmesi. 2020-2023
5-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Bursiyer. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. IRF6 nın Notch Yolağının Hücre Bölünmesini Engelleyici Yada Uyarıcı Etkilerindeki Belirleyici Rolünün Araştırılması. 2011-2014
(G-8) Tamamlanmış Bilimsel Araştırma Projelerinde (BAP)
görev alma (araştırmacı, eğitmen, danışman vb. olarak)
1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Küratörlü Bir TCGA Pan-Kanser Klinik Veri Kaynağı. 2021-2022
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Tüm Genom Sekans Analizinden Yeni Tasarlanmış Mikrosatellit Bölgelerine Spesifik Primerler Yardımıyla Restriksiyon Haritası Oluşturularak Bakterilerin Tür İçi Ayrımı. 2019-2020
3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Biyoteknolojik Yöntemler Kullanılarak Patojen Elma Mozaik Virüsü (ApMV)'nin Fındık (Corylus avellana L.) Bitkisinden Eliminasyonu, Revers Transkriptaz PCR (RT-PCR) tekniği ile Virüsten Ari Bitkilerin Doğrulanması ve Sağlıklı Fidelerin Üretilmesi. 2017-2019
(I-20) Yurt Dışı Araştırma (Puansız)
1-) Antikor-antijen moleküler kenetleme. Norveç. . 2022
2-) Antikor-antijen komplekslerinin kürasyonu. Norveç. . 2022