Personel

Doktor Öğretim Üyesi Tuğba Süzek
Doktor Öğretim Üyesi
Tuğba Süzek
@ E-posta
tugbasuzek@mu.edu.tr
Telefon
0 252 211 5484

Kadro Bilgileri

Görev Birimi

Mühendislik Fakültesi

Kadro Birimi

Mühendislik Fakültesi / Bilgisayar Mühendisliği Bölümü / Bilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalı

Öğrenim Bilgileri

Lisans

Orta Doğu Teknik Universitesi Mühendislik Fakültesi Bilgisayar Mühendisliği 1997

Yüksek Lisans

Johns Hopkins University Whiting School of Engineering Bilgisayar Bilimleri 2000

Doktora

George Mason University School of Systems Biology Bioinformatics and Computational Biology 2012

Yayin Bilgileri

SCI veya SCI Expanded, SSCI, AHCI tarafından taranan dergilerde yayımlanan tam makale

1-) Süzek Tuğba, 2017. Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora. TURKISH JOURNAL OF ELECTRICAL ENGINEERING & COMPUTER SCIENCES
2-) Wang.,Y., Suzek.,T., Zhang.,J., Wang.,J., He.,S., Cheng.,T., Shoemaker.,B., Gindulyte.,A., Bryant.,S., 2014. PubChem BioAssay: 2014 update,Nucleic Acids Research, 2014 Jan;42 : D1075-82. doi: 10.1093/nar/gkt978. Nucleic Acids Research
3-) Wang Y, Süzek Tuğba, Zhang J, Wang J, He S, Cheng T, Shoemaker B A, Gindulyte A, Bryant S H, 2013. PubChem BioAssay 2014 update. Nucleic Acids Research
4-) Wang.,Y., Xiao.,J., Onal.,T., zhang.,j., wang.,j., zhou.,z., Han.,L., Karapetyan.,K., Dracheva.,S., Shoemaker.,B., Bolton.,E., Gindulyte.,A., Bryant.,S., 2012. PubChem's BioAssay Database. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40 . Nucleic Acids Research
5-) Wang Y, Xiao J, Süzek Tuğba, Zhang J, Wang J, Zhou Z, Han L, Karapetyan K, Dracheva S, Shoemaker B A, Bolton E, Gindulyte A, S H Bryant, 2011. PubChem s BioAssay Database. Nucleic Acids Research
6-) Han L, Süzek Tuğba, Wang Yanli, Bryant S H, 2010. The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis. BMC Bioinformatics
7-) Han.,L., Suzek.,T., Wang.,Y., Bryant.,S., 2010. The Text-mining based PubChem Bioassay neighboring analysis. BMC Bioinformatics
8-) Wang.,Y., Bolton.,E., Dracheva.,S., Karapetyan.,K., Shoemaker.,A., Suzek.,O., Wang.,J., Xiao.,J., Zhang.,J., Bryant.,S., 2010. An overview of the PubChem BioAssay resource. Nucleic Acids Research
9-) Wang.,Y., Xiao.,J., Suzek.,T., Zhang.,J., Wang.,J., Bryant.,S., 2009. PubChem: a public information system for analyzing bioactivities of small molecules. Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue):W623-33. . Nucleic Acids Research
10-) Wang Yanli, Xiao Jewen, Süzek Tuğba, Zhang Jian, Wang Jiyao, Bryant Stephen H, 2009. An overview of the PubChem BioAssay resource. Nucleic Acids Research
11-) Wheeler D L, Barrett T, Benson D A, Bryant S H, Canese K, Chetvernin V, Church D M, Dicuccio M, Edgar R, Federhen S, Geer L Y, Helmberg Wolfgang, Kapustin Y, Khovayko O, Landsman D, Lipman D J, Madden T L, Maglott D R, Miller V, Ostell J, Pruitt K D, Schriml L M, Schuler G D, Sequeira E, Sherry S T, Sherry S T, Sirotkin K, Souvorov A, Starchenko G, Kenton D, O Suzek Tugba, Tatusov R L, Tatusova T A, Wagner L, Yaschenko E, 2006. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research
12-) Wheeler David, Church Deanna, Edgar Ron, Federhen Scott, Helmberg Wolfgang, Madden Thomas L, Pontius Joan U, Schuler Gregory D, Schriml Lynn M, Sequeira Edwin, Süzek Tuğba, Tatusova Tatiana A, Wagner Lucas, 2004. Database resources of the National Center for Biotechnology Information update. Nucleic Acids Research
13-) Bober Michael, Wiehe Kevin, Yung Christina, Süzek Tuğba, Lin Matthew, Baumgartner William, Winslow Raimond, 2002. CaGE Cardiac gene expression knowledgebase. Bioinformatics

SCI veya SCI-Expanded , SSCI, AHCI tarafından taranan dergilerde yayımlanan teknik not, editöre mektup, tartışma, vaka takdimi ve özet türünden yayınlar

1-) Ergin Kemal, Erdogan A M, Gokmen Esra, Armagan Güliz, Olgun Hatice Nur, Aktas Safiye, Sehne Merve, Süzek Tuğba, Ozpolat Bulent, 2016. Changing the Face of Modern Medicine: Stem Cells and Gene Therapy Florence. Human Gene Therapy

Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda özet metin olarak yayımlanan bildiri

1-) Süzek Tuğba, 2017. Bridging cheminformatics and bioinformatics with public tools. The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics
2-) Ergin Kemal, Erdogan A M, Gokmen E, Armagan Gd, Olgun Hd, Aktas Sg, Sehne M, Süzek Tuğba, Ozpolat Bulent, 2016. Investigation of the cell death in pancreatic cancer after silencing of elongation factor 2 alpha by siRNA. Changing the Face of Modern Medicine: Stem Cells and Gene Therapy

Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda poster olarak sergilenen bildiri

1-) Süzek Tuğba, 2016. Using Latent Semantic Analysis for Automated Keyword Extraction from Large Document Corpora. The 24rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
2-) Süzek Tuğba, Wang Yanli, 2015. A text mining based comparison of RNAi screening assays to NIH chemical probes. International Conference on Transcriptomics
3-) Bober M.b., Suzek To., Wiehe K., Winslow R.l, 2001. The human cardiac gene expression knowledgebase. 5th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB)

Ulusal kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda poster olarak sergilenen bildiri

1-) Bakar Dertlioğlu Selma, Erol Şen Deniz, Edgünlü Tuba, Süzek Tuğba, 2017. Discussion of ECM1 gene mutations in patients with lipoid proteinosis LP diseases. Ulusal Tibbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
2-) Turkmen Durdane, Sen Seyma, Ön Zeki Bora, Akçer Ön Sena, Süzek Tuğba, 2015. Jeoloji Verilerinin Mobil Telefonlarla Aktarılması ve Saklanması Projes. Genç Yerbilimciler Kongresi

Diğer bilimsel, sanatsal ya da mesleki hakemli hakemlik

1-) Editörlük Türü: Bildiri Kitabı. 2016. Kanser Moleküler Biyolojisi.
2-) Editörlük Türü: Bildiri Kitabı. 2015. 9th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT2015).

SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan dergilerde yardımcı editörlük yada yayın kurulu editörlüğü

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2016. Turkish Journal Electrical Engineering Computer Sciences.

SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışındaki uluslararası indexlerde taranan dergilerde yardımcı editörlük yada yayın kurulu editörlüğü

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2015. Mugla Journal of Science and Technology.

SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan dergilerde hakemlik

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2015. Computers in Biology and Medicine.
2-) Editörlük Türü: Dergi. 2005. Bioinformatics.

SCI veya SCI-Expanded, SSCI, AHCI, tarafından taranan dergilerde adayın yazar olarak yer almadığı yayınlarda, adayın eserlerine yapılan atıf

1-) PubChem BioAssay: 2014 update,Nucleic Acids Research, 2014 Jan;42 : D1075-82. doi: 10.1093/nar/gkt978 - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı:37
2-) PubChem: a public information system for analyzing bioactivities of small molecules. Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue):W623-33. - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı:41
3-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı:11
4-) The Text-mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı:1
5-) PubChem's BioAssay Database. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40 - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı:35

TÜBİTAK, TÜBA, DPT, KOSGEB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev(araştırmacı, eğitmen, danışman vb, olarak)

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: TIP Genetik Biyoenformatik. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Pankreas kanserinde elongasyon inisiyasyon faktör 2 alfa eIF2a nın siRNA small interfering RNA ile susturulması in vitro ve in vivo sonrasında hücre ölümünün araştırılması. 2014-2017

Bilimsel Araştırma Projelerinde (BAP) Yürütücülük

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Melanoma için Bakteriyel İmmün Tedavilerine İmmün Yanıtı Öngören Biyobelirteç Adaylarının İn siliko Tanımlanması. 2016-2017

Uluslar arası sempozyum, kongre, çalıştay, festival, bilimsel yaz okulu, bienal, trienal,gibi bilimsel, sanatsal ve tasarıma yönelik etkinliklerde başkanlık yapmak

1-) 9th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics.. Turkiye. . 2015
2-) I.Immunogenomics Workshop. Turkiye. . 2015

Alanı ile ilgili olarak; uluslar arası panel, konferans, seminer, kurs, açık oturum ve söyleyişi gibi etkinliklerde davetli konuşmacı ya da panelist olarak görev almak

1-) HIBIT2017 ,10th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics. KKTC. . 2017

Verdiği Dersler

CENG 2008 2017-2018 Bahar

Database Management Systems

CENG 4001 2017-2018 Bahar

Summer Practice II

CENG 2002 2017-2018 Bahar

Programming Language Concepts

CENG 4012 2017-2018 Bahar

Senior Design Project II

CENG 3001 2017-2018 Güz

Summer Practice I

CENG 3521 2017-2018 Güz

Data Mining

CENG 4001 2017-2018 Güz

Summer Practice II

CENG 3003 2017-2018 Güz

Design and Analysis of Algorithms

CENG 4011 2017-2018 Güz

Senior Design Project I

BINF5099 2017-2018 Güz

SCIENTIFIC RESEARCH TECHNIQUES AND PUBLICATION ETHICS

BINF5090 2016-2017 Bahar

SEMINAR

CENG 4012 2016-2017 Bahar

Senior Design Project II

BINF5700 2016-2017 Bahar

SPECIAL STUDIES

CENG 2002 2016-2017 Bahar

Programming Language Concepts

CENG 2008 2016-2017 Bahar

Database Management Systems

BINF5000 2016-2017 Bahar

THESIS

CENG 2008 2016-2017 Bahar

Database Management Systems

BINF5510 2016-2017 Bahar

ALGORITHMS IN BIOINFORMATICS

BINF5514 2016-2017 Güz

RESEARCH ETHICS

BINF5504 2016-2017 Güz

BIOINFORMATICS PROGRAMMING

CENG 3003 2016-2017 Güz

Design and Analysis of Algorithms

CENG 2002 2016-2017 Güz

Programming Language Concepts

CENG 2008 2016-2017 Güz

Database Management Systems

CENG 4012 2016-2017 Güz

Senior Design Project II

CENG 1003 2016-2017 Güz

Programming Fundamentals

CENG 4011 2016-2017 Güz

Senior Design Project I

CENG 4011 2016-2017 Güz

Senior Design Project I

CENG 3001 2016-2017 Güz

Summer Practice I

CENG 4001 2016-2017 Güz

Summer Practice II

CENG 3507 2016-2017 Güz

Web Development and Programming

CENG 3521 2016-2017 Güz

Data Mining

CENG 4011 2015-2016 Bahar

Senior Design Project I

CENG 4012 2015-2016 Bahar

Senior Design Project II

CENG 2008 2015-2016 Bahar

Database Management Systems

CENG 2008 2015-2016 Bahar

Database Management Systems

BINF5700 2015-2016 Bahar

SPECIAL STUDIES

CENG 4012 2015-2016 Güz

Senior Design Project II

CENG 4011 2015-2016 Güz

Senior Design Project I

CENG 4001 2015-2016 Güz

Summer Practice II

CENG 4525 2015-2016 Güz

Introduction to Bioinformatics

CENG 3001 2015-2016 Güz

Summer Practice I

BINF 5700 2015-2016 Güz

SPECIAL STUDIES

CENG 2008 2015-2016 Güz

Database Management Systems

CENG 3003 2015-2016 Güz

Design and Analysis of Algorithms

CENG 3521 2015-2016 Güz

Data Mining

CENG 3530 2014-2015 Bahar

Information Retrieval Systems

CENG 2008 2014-2015 Bahar

Database Management Systems

CENG 4012 2014-2015 Bahar

Senior Design Project II

CENG 3001 2014-2015 Güz

Summer Practice I

CENG 4001 2014-2015 Güz

Summer Practice II

CENG 3521 2014-2015 Güz

Data Mining

CENG 4525 2014-2015 Güz

Introduction to Bioinformatics

CENG 3003 2014-2015 Güz

Design and Analysis of Algorithms

CENG 4011 2014-2015 Güz

Senior Design Project I