Personel

Doktor Öğretim Üyesi Tuğba Süzek
Doktor Öğretim Üyesi
Tuğba Süzek
@ E-posta
tugbasuzek@mu.edu.tr
Telefon
0 252 211 5484

Kadro Bilgileri

Görev Birimi

Mühendislik Fakültesi

Kadro Birimi

Mühendislik Fakültesi / Bilgisayar Mühendisliği Bölümü / Bilgisayar Yazılımı Abd

Öğrenim Bilgileri

Lisans

Orta Doğu Teknik Universitesi Mühendislik Fakültesi Bilgisayar Mühendisliği 1997

Yüksek Lisans

Johns Hopkins University Whiting School of Engineering Bilgisayar Bilimleri 2000

Doktora

George Mason University School of Systems Biology Bioinformatics and Computational Biology 2012

Yayin Bilgileri

SCI veya SCI Expanded, SSCI, AHCI tarafından taranan dergilerde yayımlanan tam makale

1-) Bakar Dertlioğlu Selma, Edgünlü Tuba, Şen Deniz, Süzek Tuğba, 2019. Extracellular Matrix Protein 1 Gene Mutations In Turkish Patients With Lipoid Proteinosis. Indian Journal of Dermatology
2-) Süzek Tuğba, 2017. Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora. TURKISH JOURNAL OF ELECTRICAL ENGINEERING & COMPUTER SCIENCES
3-) Wang.,Y., Suzek.,T., Zhang.,J., Wang.,J., He.,S., Cheng.,T., Shoemaker.,B., Gindulyte.,A., Bryant.,S., 2014. PubChem BioAssay: 2014 update,Nucleic Acids Research, 2014 Jan;42 : D1075-82. doi: 10.1093/nar/gkt978. Nucleic Acids Research
4-) Wang.,Y., Xiao.,J., Onal.,T., zhang.,j., wang.,j., zhou.,z., Han.,L., Karapetyan.,K., Dracheva.,S., Shoemaker.,B., Bolton.,E., Gindulyte.,A., Bryant.,S., 2012. PubChem's BioAssay Database. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40 . Nucleic Acids Research
5-) Wang Y, Xiao J, Süzek Tuğba, Zhang J, Wang J, Zhou Z, Han L, Karapetyan K, Dracheva S, Shoemaker B A, Bolton E, Gindulyte A, S H Bryant, 2011. PubChem s BioAssay Database. Nucleic Acids Research
6-) Han L, Süzek Tuğba, Wang Yanli, Bryant S H, 2010. The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis. BMC Bioinformatics
7-) Han.,L., Suzek.,T., Wang.,Y., Bryant.,S., 2010. The Text-mining based PubChem Bioassay neighboring analysis. BMC Bioinformatics
8-) Wang.,Y., Bolton.,E., Dracheva.,S., Karapetyan.,K., Shoemaker.,A., Suzek.,O., Wang.,J., Xiao.,J., Zhang.,J., Bryant.,S., 2010. An overview of the PubChem BioAssay resource. Nucleic Acids Research
9-) Wang.,Y., Xiao.,J., Suzek.,T., Zhang.,J., Wang.,J., Bryant.,S., 2009. PubChem: a public information system for analyzing bioactivities of small molecules. Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue):W623-33. . Nucleic Acids Research
10-) Wang Yanli, Xiao Jewen, Süzek Tuğba, Zhang Jian, Wang Jiyao, Bryant Stephen H, 2009. An overview of the PubChem BioAssay resource. Nucleic Acids Research
11-) Wheeler D L, Barrett T, Benson D A, Bryant S H, Canese K, Chetvernin V, Church D M, Dicuccio M, Edgar R, Federhen S, Geer L Y, Helmberg Wolfgang, Kapustin Y, Khovayko O, Landsman D, Lipman D J, Madden T L, Maglott D R, Miller V, Ostell J, Pruitt K D, Schriml L M, Schuler G D, Sequeira E, Sherry S T, Sherry S T, Sirotkin K, Souvorov A, Starchenko G, Kenton D, O Suzek Tugba, Tatusov R L, Tatusova T A, Wagner L, Yaschenko E, 2006. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research
12-) Wheeler David, Church Deanna, Edgar Ron, Federhen Scott, Helmberg Wolfgang, Madden Thomas L, Pontius Joan U, Schuler Gregory D, Schriml Lynn M, Sequeira Edwin, Süzek Tuğba, Tatusova Tatiana A, Wagner Lucas, 2004. Database resources of the National Center for Biotechnology Information update. Nucleic Acids Research
13-) Bober Michael, Wiehe Kevin, Yung Christina, Süzek Tuğba, Lin Matthew, Baumgartner William, Winslow Raimond, 2002. CaGE Cardiac gene expression knowledgebase. Bioinformatics

SCI veya SCI-Expanded , SSCI, AHCI tarafından taranan dergilerde yayımlanan teknik not, editöre mektup, tartışma, vaka takdimi ve özet türünden yayınlar

1-) Ergin Kemal, Erdogan A M, Gokmen Esra, Armagan Güliz, Olgun Hatice Nur, Aktas Safiye, Sehne Merve, Süzek Tuğba, Ozpolat Bulent, 2016. Changing the Face of Modern Medicine: Stem Cells and Gene Therapy Florence. Human Gene Therapy

Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda sözlü olarak sunulan ve tam metin olarak yayımlanan bildiri

1-) Yousef Malik, Khaelifa Walid, Süzek Tuğba, 2019. In Silico Validation of ncRNA-ncRNA Interaction Sites with ncRNAs Represented by k-mers Features. BIOSTEC 2019 Proceedings of the12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies

Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda özet metin olarak yayımlanan bildiri

1-) Abak Basak, Süzek Tuğba, 2019. TCGA Drug Summary Interface. Big Data Training School for Life Sciences Second edition - EU COST CHARME
2-) Süzek Tuğba, 2017. Bridging cheminformatics and bioinformatics with public tools. The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics
3-) Ergin Kemal, Erdogan A M, Gokmen E, Armagan Gd, Olgun Hd, Aktas Sg, Sehne M, Süzek Tuğba, Ozpolat Bulent, 2016. Investigation of the cell death in pancreatic cancer after silencing of elongation factor 2 alpha by siRNA. Changing the Face of Modern Medicine: Stem Cells and Gene Therapy
4-) Winslow Rainbow, Baumgartner Jr William, Helm Patrick, Scollan David, Yung Christina, Süzek Tuğba, 2001. A Heart Failure Knowledgebase Combining Experimental Data with Tools for Integrative Biological Modeling. Workshop on Integration of Diverse Biological Data, Center for Discrete Mathematics and Computer Science

Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda poster olarak sergilenen bildiri

1-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2018. TCGA Lung Cancer Analysis Pipeline. Proceedings of the 2018 ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics - BCB ’xx18
2-) Süzek Tuğba, 2016. Using Latent Semantic Analysis for Automated Keyword Extraction from Large Document Corpora. The 24rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
3-) Süzek Tuğba, Wang Yanli, 2015. A text mining based comparison of RNAi screening assays to NIH chemical probes. International Conference on Transcriptomics
4-) Bober M.b., Suzek To., Wiehe K., Winslow R.l, 2001. The human cardiac gene expression knowledgebase. 5th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB)

Ulusal kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda poster olarak sergilenen bildiri

1-) Bakar Dertlioğlu Selma, Erol Şen Deniz, Edgünlü Tuba, Süzek Tuğba, 2017. Discussion of ECM1 gene mutations in patients with lipoid proteinosis LP diseases. Ulusal Tibbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
2-) Turkmen Durdane, Sen Seyma, Ön Zeki Bora, Akçer Ön Sena, Süzek Tuğba, 2015. Jeoloji Verilerinin Mobil Telefonlarla Aktarılması ve Saklanması Projes. Genç Yerbilimciler Kongresi

Diğer bilimsel, sanatsal ya da mesleki hakemli hakemlik

1-) Editörlük Türü: Bildiri Kitabı. 2016. Kanser Moleküler Biyolojisi.
2-) Editörlük Türü: Bildiri Kitabı. 2015. 9th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT2015).

SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışındaki uluslararası indexlerde taranan dergilerde baş editörlük

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2018. Mugla Journal of Science and Technology.

SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan dergilerde yardımcı editörlük yada yayın kurulu editörlüğü

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2016. Turkish Journal Electrical Engineering Computer Sciences.

SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışındaki uluslararası indexlerde taranan dergilerde yardımcı editörlük yada yayın kurulu editörlüğü

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2015. Mugla Journal of Science and Technology.

SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan dergilerde hakemlik

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2018. TÜRK TIP BİLİMLERİ DERGİSİ.
2-) Editörlük Türü: Dergi. 2018. Plos One.
3-) Editörlük Türü: Dergi. 2018. Scientometrics.
4-) Editörlük Türü: Dergi. 2015. Computers in Biology and Medicine.
5-) Editörlük Türü: Dergi. 2005. Bioinformatics.

SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışındaki uluslararası indexlerde taranan dergilerde hakemlik

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2018. Meta Gene.

SCI veya SCI-Expanded, SSCI, AHCI, tarafından taranan dergilerde adayın yazar olarak yer almadığı yayınlarda, adayın eserlerine yapılan atıf

1-) PubChem BioAssay: 2014 update,Nucleic Acids Research, 2014 Jan;42 : D1075-82. doi: 10.1093/nar/gkt978 - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı:37
2-) PubChem: a public information system for analyzing bioactivities of small molecules. Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue):W623-33. - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı:41
3-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı:11
4-) The Text-mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı:1
5-) PubChem's BioAssay Database. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40 - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı:35

Uluslar arası kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev(araştırmacı, eğitmen, danışman, vb. olarak)

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: PubChem Molecular Libraries Small Molecule Repository. Proje Türü: ARAŞTIRMA PROJESİ. NIH Molecular Libraries Program. 2006-2013

TÜBİTAK, TÜBA, DPT, KOSGEB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan proje yürütücülüğü

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: TUBITAK 2223D, I Immunogenomics Workshop. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. TÜBİTAK ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri NIH İşbirliği. 2015-2016
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Tubitak 2232. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Tubitak 2232 - Kemoenformatik modelleme veritabanından anahtar kelime ayıklanması için metin madenciliği tekniklerinin geliştirilmesi. 2014-2016

TÜBİTAK, TÜBA, DPT, KOSGEB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev(araştırmacı, eğitmen, danışman vb, olarak)

1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Tubitak 1001-Bezmialem Vakıf Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi Ortodonti Anabilim Dalı -Mugla Sitki Kocman Universitesi Biyoinformatik Anabilim Dali . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Bezmialem Vakıf Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi Ortodonti Anabilim Dalı . 2019--1
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Tubitak 1001. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Tubitak 1001 -Pankreas kanserinde elongasyon inisiyasyon faktör 2 alfa eIF2a nın siRNA small interfering RNA ile susturulması in vitro ve in vivo sonrasında hücre ölümünün araştırılması. 2014-2017

Bilimsel Araştırma Projelerinde (BAP) Yürütücülük

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: BAP ArGe. Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Melanoma için İmmün Tedavilerine İmmün Yanıtı Öngören Biyobelirteç Adaylarının İn siliko Tanımlanması. 2016-2018

Uluslar arası sempozyum, kongre, çalıştay, festival, bilimsel yaz okulu, bienal, trienal,gibi bilimsel, sanatsal ve tasarıma yönelik etkinliklerde başkanlık yapmak

1-) 9th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics.. Turkiye. . 2015
2-) I.Immunogenomics Workshop. Turkiye. . 2015

Alanı ile ilgili olarak; uluslar arası panel, konferans, seminer, kurs, açık oturum ve söyleyişi gibi etkinliklerde davetli konuşmacı ya da panelist olarak görev almak

1-) HIBIT2017 ,10th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics. KKTC. . 2017

Verdiği Dersler

BINF5524 2019-2020 Güz

BIOINFORMATICS PROGRAMMING

CENG 3001 2019-2020 Güz

Summer Practice I

CENG 3003 2019-2020 Güz

Design and Analysis of Algorithms

CENG 4001 2019-2020 Güz

Summer Practice II

CENG 4011 2019-2020 Güz

Senior Design Project I

CENG 4012 2019-2020 Güz

Senior Design Project II

CENG 2008 2018-2019 Güz

Database Management Systems

CENG 3003 2018-2019 Güz

Design and Analysis of Algorithms

CENG 3521 2018-2019 Güz

Data Mining

CENG 4011 2018-2019 Güz

Senior Design Project I

CENG 4012 2018-2019 Güz

Senior Design Project II

CENG 4525 2018-2019 Güz

Introduction to Bioinformatics

CENG 2002 2018-2019 Bahar

Programming Language Concepts

CENG 2008 2018-2019 Bahar

Database Management Systems

CENG 3001 2018-2019 Bahar

Summer Practice I

CENG 4001 2018-2019 Bahar

Summer Practice II

CENG 4012 2018-2019 Bahar

Senior Design Project II

BINF5099 2017-2018 Güz

SCIENTIFIC RESEARCH TECHNIQUES AND PUBLICATION ETHICS

CENG 3001 2017-2018 Güz

Summer Practice I

CENG 3003 2017-2018 Güz

Design and Analysis of Algorithms

CENG 3521 2017-2018 Güz

Data Mining

CENG 4001 2017-2018 Güz

Summer Practice II

CENG 4011 2017-2018 Güz

Senior Design Project I

CENG 2002 2017-2018 Bahar

Programming Language Concepts

CENG 2008 2017-2018 Bahar

Database Management Systems

CENG 4001 2017-2018 Bahar

Summer Practice II

CENG 4012 2017-2018 Bahar

Senior Design Project II