(A-1) SCIE veya SSCI kapsamındaki dergide yayımlanmış makale
1-) Ghafoor Naeem Abdul, , Kırboğa Kevser Kübra, Baysal Ömür, Süzek Barış Ethem, Silme Ragıp Soner, 2023. Data mining and molecular dynamics analysis to detect HIV-1 reverse transcriptase RNase H activity inhibitor.. Molecular diversity
2-) Demircan Turan, Süzek Barış Ethem, 2023. The Dynamic Landscapes of Circular RNAs in Axolotl, a Regenerative Medicine Model, with Implications for Early Phase of Limb Regeneration. OMICS: A Journal of Integrative Biology
3-) Türk Erdem, Ayaz Akif, Yüksek Ayhan, Süzek Barış Ethem, 2023. DEVOUR: Deleterious Variants on Uncovered Regions in Whole-Exome Sequencing. PeerJ
4-) Ibrahim Ahmad Hassan, Karabulut Onur Can, Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2023. A correlation coefficient-based feature selection approach for virus-host protein-protein interaction prediction. PLOS ONE
5-) Ayaz Akif, Doğru Zeynep, Kılıç Betül, Süzek Barış Ethem, 2022. First case with RANBP2 biallelic mutation and severe acute necrotizing encephalopathy phenotype. Clinical Neurology and Neurosurgery
6-) Karabulut Onur Can, Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Ibrahim Ahmad Hassan, Süzek Barış Ethem, 2021. ML-AdVInfect: A Machine-Learning Based Adenoviral Infection Predictor. Frontiers in Molecular Biosciences
7-) Sibai Mustafa, Altuntaş Ebru, Süzek Barış Ethem, Şahin Betül, Parlayan Cüneyd, Öztürk Gürkan, Baykal Ahmet Tarık, Demircan Turan, 2020. Comparison of protein expression profile of limb regeneration between neotenic and metamorphic axolotl. BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
8-) Samy Asmaa, Süzek Barış Ethem, Özdemir Mehmet Kemal, Şensoy Özge, 2020. In Silico Analysis of a Highly Mutated Gene in Breast Cancer ProvidesInsight Into Abnormal mRNA Splicing: Splicing Factor 3B Subunit 1-K700E Mutant. Biomolecules
9-) Demircan Turan, Hacıbektaşoğlu Harbiye, Sibai Mustafa, Fesçioğlu Ece Cana, Altuntaş Ebru, Öztürk Gürkan, Süzek Barış Ethem, 2020. Preclinical Molecular Signatures of Spinal Cord Functional Restoration: Optimizing the Metamorphic Axolotl (Ambystoma mexicanum) Model in Regenerative Medicine. OMICS: A Journal of Integrative Biology
10-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2015. UniProt a hub for protein information. Nucleic Acids Research
11-) Süzek Barış Ethem, Wang Y, Huang H, Mcgarvey P B, Wu C H, Uniprot Consortium, 2015. UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches. Bioinformatics
12-) Mcgarvey Peter B, Süzek Barış Ethem, Baraniuk James N, Shruti Rao, Conkright Brian, Lababidi Samir, Sutherland Andrea, Forshee Richard, Madhavan Subha, 2014. In silico analysis of autoimmune diseases and genetic relationships to vaccination against infectious diseases. BMC Immunology
13-) Buckler Andrew J, Liu Tiffany Ting, Savig Erica, Süzek Barış Ethem, Rubin Daniel L, Paik David, 2013. Quantitative Imaging Biomarker Ontology QIBO for Knowledge Representation of Biomedical Imaging Biomarkers. Journal of Digital Imaging
14-) Chen C, Li Z, Huang H, Süzek Barış Ethem, Wu Ch, 2013. A fast Peptide Match service for UniProt Knowledgebase. Bioinformatics
15-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2013. Activities at the Universal Protein Resource UniProt. Nucleic Acids Research
16-) Buckler Andrew J, Paik David, Ouellette Matt, Danagoulian Jovanna, Wernsing Gary, Süzek Barış Ethem, 2013. A Novel Knowledge Representation Framework for the Statistical Validation of Quantitative Imaging Biomarkers. Journal of Digital Imaging
17-) Freimuth Robert R, Freund Elaine T, Schick Lisa, Sharma Mukesh K, Stafford Grace A, Süzek Barış Ethem, Hernandez Joyce, Hipp Jason, Kelley Jenny M, Rokicki Konrad, Pan Sue, Buckler Andrew, Stokes Todd H, Fernandez Anna, Fore Ian, Buetow Kenneth H, Klemm Juli D, 2012. Life sciences domain analysis model. Journal of the American Medical Informatics Association
18-) Mcgarvey Pb, Ladwa S, Oberti M, Dragomir A D, Hedlund Ek, Tanenbaum Dm, Süzek Barış Ethem, Madhavan S, 2012. Informatics and data quality at collaborative multicenter Breast and Colon Cancer Family Registries. Journal of the American Medical Informatics Association
19-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2012. Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013. Nucleic Acids Research
20-) Huang H, Mcgarvey Pb, Süzek Barış Ethem, Mazumder R, Zhang J, Chen Y, Wu Ch, 2011. A comprehensive protein centric ID mapping service for molecular data integration. Bioinformatics
21-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2011. Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt. Nucleic Acids Research
22-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2010. Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource. Nucleic Acids Research
23-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2009. The Universal Protein Resource UniProt in 2010. Nucleic Acids Research
24-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2009. The Universal Protein Resource UniProt 2009. Nucleic Acids Research
25-) Jain Eric, Bairoch Amos, Duvaud Severine, Phan Isabelle, Redaschi Nicole, Süzek Barış Ethem, Martin Maria J, Mcgarvey Peter, Gasteiger Elisabeth, 2009. Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website. BMC Bioinformatics
26-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2007. The Universal Protein Resource UniProt. Nucleic Acids Research
27-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2007. The Universal Protein Resource UniProt. Nucleic Acids Research
28-) Süzek Barış Ethem, Huang H, Mcgarvey P, Mazumder R, Wu Ch, 2007. UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters. Bioinformatics
29-) Wu C H, Apweiler R, Bairoch A, Natale Da, Barker Wc, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, Magrane M, Martin Mj, Mazumder R, Odonovan C, Redaschi N, Süzek Barış Ethem, 2006. The Universal Protein Resource UniProt an expanding universe of protein information. Nucleic Acids Research
30-) Wu C H, Nikolskaya A, Huang H, Yeh Ls, Natale Da, Vinayaka Cr, Hu Zz, Mazumder R, Kumar S, Kourtesis P, Ledley Rs, Süzek Barış Ethem, Arminski L, Chen Y, Zhang J, Cardenas Jl, Chung S, Castroalvear J, Dinkov G, Barker Wc, 2004. PIRSF family classification system at the Protein Information Resource. Nucleic Acids Research
31-) Wu C H, Yeh Ls, Huang H, Arminski L, Castroalvear J, Chen Y, Hu Z, Kourtesis P, Ledley Rs, Süzek Barış Ethem, Vinayaka Cr, Zhang J, Barker Wc, 2003. The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research
32-) Wu C H, Huang H, Arminski L, Castroalvear J, Chen Y, Hu Zz, Ledley Rs, Lewis Kc, Mewes Hw, Orcutt Bc, Süzek Barış Ethem, Tsugita A, Vinayaka Cr, Yeh Ls, Zhang J, Barker Wc, 2002. The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins. Nucleic Acids Research
33-) Süzek Barış Ethem, Ermolaeva M D, Schreiber M, Salzberg S L, 2001. A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes. Bioinformatics
(A-4) ESCI, Scopus veya SPORT Discus kapsamındaki dergide yayımlanmış makale
1-) Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2019. Taxonomic diversity-based domain interaction prediction. Pamukkale Üniversitesi Mühendislik Bilimleri Dergisi
2-) Kılıç Özgür, Susuz Delikanlı Mertcan, Süzek Barış Ethem, 2019. A QUALITY CONTROL SYSTEM PROTOTYPE FOR DETECTING KNOT DEFECTS IN THE WOODEN PANEL MANUFACTURING. Mugla Journal of Science and Technology
(A-5) Diğer uluslararası hakemli dergide yayımlanmış makale
1-) Huang H, Hu Zz, Süzek Barış Ethem, Wu Ch, 2004. The PIR integrated protein databases and data retrieval system. Data Science Journal
(B-3) Uluslararası bilimsel/sanatsal toplantıda sözlü/poster şeklinde sunulan ve özet metni basılı/elektronik olarak yayımlanmış çalışma
1-) Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Karabulut Onur Can, Ibrahim Ahmad Hassan, Süzek Barış Ethem, 2022. A Coronavirus Infection and Host-Shift Predictor. The 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)
2-) Bayraktar Abdulahad, Süzek Tuğba, Süzek Barış Ethem, Baysal Ömür, 2019. A Meta-analysis of Gene Expression Data in Neurodegenerative Diseases. The 6th International Workshop onComputational Network Biology: Modeling, Analysis, and Control(CNB-MAC 2019)
3-) Türk Erdem, Arıt Türkan, Susuz Delikanlı Mertcan, Uçar İlayda, Süzek Barış Ethem, 2018. ProSetComp: A Platform for Protein Set Comparisons. Proceedings of the 2018 ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics - BCB ’xx18
4-) Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2016. Assessing Impact of Taxonomic Diversity and Sequence Conservation based Filters on Mirrortree Method. The annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)
5-) Baraniuk James N, Mcgarvey Peter, Süzek Barış Ethem, Rao Shruti, Lababidi Samir, Andrea Sutherland, Forshee Richard, Madhavan Subha, 2015. In silico Analysis of Vaccination Adverse Events. Annual Meeting of the American-Academy-of-Allergy-Asthma-and-Immunology
6-) Süzek Barış Ethem, 2015. Locating disease associated single amino acid polymorphisms on proteins. International Conference on Transcriptomics
7-) Mcgarvey Peter, Süzek Barış Ethem, Rao Shruti, Madhavan Subha, Baraniuk James N, Lababidi Samir, Sutherland Andrea, 2013. In silico analysis of autoimmune diseases and genetic relationships to vaccination against infectious diseases. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics - BCB'13
8-) Genetics of Autoimmune Diseases for Vaccine Safety Signal Detection Project - 2012
9-) The Life Sciences Domain Analysis Model - 2012
10-) UniRef: UniProt Reference Clusters. - 2012
11-) Wang Y, Yang X, Huang H, Mirokhin Y, Rudnick P, Blonder N, Süzek Barış Ethem, Stein S, Wu C, 2012. Using UniRef Clusters to Build Model Organism Protein Databases for NIST Peptide MS MS Library Development. US-HUPO 8th Annual Conference
12-) Süzek Barış Ethem, Fore I, Klemm J, Helsley A, Dennis R, Humphries J, Lander Wb, Winkler R, Sharma M, Fearn P, 2011. Cancer Bench to Bedside A Tool to Enable Data Discovery and Aggregation for Prostate Cancer Biospecimen Informatics Network. Pathology Informatics 2011
13-) cancer Bench-to-Bed (caB2B): Current State and Future Directions - 2010
14-) Information Representation Working Group Information Model Development To Support ECCF., - 2010
15-) caBIG Life Sciences Domain Business Architecture and Domain Analysis Models - 2010
16-) Harmonizing Integrative Cancer Research Information Models, Washington DC, Temmuz 20-22, 2009 - 2009
17-) Georgetown Database of Cancer (GDOC) - 2009
18-) Life Sciences Domain Analysis Model (LSDAM) - 2009
19-) Madduri Ravi, Tan Wei, Keshav Kiran, Süzek Barış Ethem, Oster Scott, Foster Ian, 2008. Orchestrating caGrid Services in Taverna. 2008 IEEE International Conference on Web Services
20-) The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting - 2008
21-) Enabling Workflows in the Integrative Cancer Research. - 2008
22-) ICR Analysis Services Best Practices Working Group - 2008
23-) Grid-Enablement of PIR/UniProt Data Source - 2005
24-) Süzek Barış Ethem, Huang H, Chung S, Hua H, Mcgarvey P, Hu Z, Wu C, 2005. Web Services for PIR UniProt Databases. 13th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2005
25-) The Protein Information Resource (PIR). , Bethesda, MD, Kasım 2003. - 2003
26-) Süzek Barış Ethem, Huang H, Orcutt Bc, Chen Y, Hu Z, Zhang J, Wu Ch, 2002. PIR Non Redundant Reference Protein Database PIR NREF. 6th International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB),
27-) Logan B, Moreno P, Süzek Barış Ethem, Weng Z, Kasif S, 2002. Remote Homology Detection Using Feature Vectors Formed Using Alignments of Small Motifs. 6th International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB)
(B-4) Ulusal bilimsel/sanatsal toplantıda sözlü/poster olarak sunulan ve tam metni basılı/elektronik olarak yayımlanmış çalışma
1-) Ibrahim Ahmad Hassan, Türk Erdem, Karpuzcu Betül Asiye, Aksoy Selahattin, Karabulut Onur Can, Süzek Barış Ethem, 2021. Assessment of a Novel Feature Selection Algorithm for Virus-Host Protein-Protein Interaction. International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) and the European Conference on Computational Biology (ECCB) ISMB/ECCB 2021
2-) Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2017. Leveraging Taxonomic Ranks for Improving MirrorTree-based Protein Interaction Prediction. HIBIT2017 - 10th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT)
(B-5) Ulusal bilimsel/sanatsal toplantıda sözlü/poster olarak sunulan ve özet metni basılı/elektronik olarak yayımlanmış çalışma
1-) Küçükyılmaz Cansel Hatice, Ibrahim Ahmed Hassan, Aksoy Selahattin, Karabulut Onur Can, Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2022. VIRBIOHUB: A Central Resource for Virus Bioinformatics Research. HIBIT2022-15th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics
2-) Samy Asmaa, Süzek Barış Ethem, Ozdemir Mehmet Kemal, Sensoy Ozge, 2019. Characterizing Impact of Somatic Mutations in Breast Cancer: SF3B1 Case Study. The 12th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatic
3-) Ucar Ilayda, Ramona Britto, Bursteinas Borisas, Süzek Barış Ethem, Martin Maria, 2019. Assessing the Impact of Proteome Redundancy Mınimization In UnıprotKB. The 12th Internatıonal Symposıum on Health Informatıcs and Bıoınformatıcs
4-) Fındık Sinan, Bayraktar Abdulahad, Yüksel Zafer, Süzek Barış Ethem, 2018. Usage Of The Human Phenotype Ontology in Request Platforms and Analysis of Clinical Genetic Sequencing Tests in Turkey. 11th National Congress of Medical Informatics
5-) Arıt Türkan, Türk Erdem, Susuz Delikanlı Mertcan, Uçar İlayda, Süzek Barış Ethem, 2018. A Platform for Comparing Protein Sets and Their Functional Annotations. HIBIT18 - 11th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT)
6-) Süzek Barış Ethem, Karaca Irem, Uluoğlu Ömer, 2017. Görme Engelli Bireylerin Kamusal Alandaki İşaret ve Dökümanları Okumasına Yardım Eden Sistem. 19. AKADEMİK BİLİŞİM KONFERANSI
(B-6) Uluslararası bilimsel/sanatsal toplantıda davetli konuşmacı olarak sunulan bildiri
1-) Süzek Barış Ethem, 2023. Disruptive Technologies: Past, Present, and Future Implications. Uluslararası Çağdaş Eğitim Araştırmaları Kongresi
(B-7) Ulusal bilimsel/sanatsal toplantıda davetli konuşmacı olarak sunulan bildiri
1-) Süzek Barış Ethem, 2023. Virus-Konak Etkileşim Tahmininde Makine Öğrenmesi. 9. Türk Tıp Dünyası Kurultayı
2-) Süzek Barış Ethem, 2019. Challenges in Next Generation Sequencing Analysis and Solution Approaches. XVI. Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
3-) Süzek Barış Ethem, 2018. Axolotl Transcriptome Analysis Challenges and Lessons Learned. The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT)
(C-5) Diğer uluslararası yayınevleri tarafından yayımlanmış bilimsel kitapta bölüm
1-) Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Ibrahim Ahmad Hassan, Karabulut Onur Can, Süzek Barış Ethem, 2023. Protein-Protein Interactions Methods and Protocols/Machine Learning Methods for Virus–Host Protein–Protein Interaction Prediction. Yayın Evi: Humana Press / Springer Science+Business Media LLC Editör Adı: Mukhtar, Shahid
(D-14) SCIE veya SSCI kapsamındaki dergilerde hakemlik
1-) Distributed and Parallel Databases. 2018. Hakemlik Sayısı: 1
2-) BMC Genomics. 2016. Hakemlik Sayısı: 1
3-) Turkish Journal of Electrical Engineering & Computer Sciences. 2015. Hakemlik Sayısı: 1
4-) BMC Bioinformatics. 2013. Hakemlik Sayısı: 1
5-) Database:The Journal of Biological Databases and Curation.. 2012. Hakemlik Sayısı: 2
(D-15) AHCI, ESCI, Scopus veya SPORT Discus kapsamındaki dergilerde hakemlik
1-) Pamukkale Üniversitesi Mühendislik Bilimleri Dergisi. 2018. Hakemlik Sayısı: 1
(D-17) Diğer bilimsel, sanatsal ya da mesleki dergilerde hakemlik
1-) Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi. 2019. Hakemlik Sayısı: 1
(E-2) SCIE, SSCI veya AHCI tarafından taranan dergide yapılan atıf
1-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 112
2-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 122
3-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 118
4-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 89
5-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 78
6-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 60
7-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 45
8-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 29
(F-1) Yönetiminde tamamlanmış doktora/tıpta uzmanlık veya sanatta yeterlik tezleri
1-) Tez Adı: Computational approaches for improving analysis of diagnostic next-generation sequencing. Konu: Biyoinformatik. ERDEM-TÜRK. 2024
(F-2) Yönetiminde tamamlanmış yüksek lisans tezleri
1-) Tez Adı: ADENOVİRÜSLERİN KONAK ÖZGÜLLÜĞÜNÜ TAHMİN ETMEDE KULLANILACAK BİR HESAPLAMA YÖNTEMİ. Konu: Biyoinformatik. ONUR CAN-KARABULUT. 2020
2-) Tez Adı: In silico Karşılaştırmalı Analizler İçin Açık Kaynaklı Proteomiks Platformu. Konu: Biyoinformatik. Erdem-Türk. 2019
(F-3) Lisansüstü/tıpta uzmanlık/sanatta yeterlik tez çalışmaları savunma sınavlarında jüri üyeliği
1-) Tez Adı: Creating a viral enzymatic reaction library using bioinformatics databases and designing a prototype biosensor for an analyte to be prioritized. Konu: Biyoinformatik. HÜSEYİN FURKAN-KIYIKÇI. 2024
2-) Tez Adı: Değişik yöntemlerle derlenen (manuel, alet ve kamera desteği ile) ayak, ayakkabı ölçüleri ve adım uzunluğundan boy ve cinsiyet tahmini. Konu: Adli Tıp. MUAZZEZ ELÇİN-ÖZKAN. 2022
3-) Tez Adı: COMBINED NETWORK ANALYSIS AND MOLECULAR DY- NAMICS SIMULATIONS STUDY FOR CHARACTERIZATION OF PREVALENT SOMATIC MUTATIONS IN BREAST CANCER: SF3B1 CASE STUDY. Konu: Bioinformatics. Asmaa-Samy. 2020
4-) Tez Adı: An integrative gene-expression analysis of axolotl limb wound healing and regeneration . Konu: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik . Mustafa-Sibai. 2019
5-) Tez Adı: Repetatif manyetik situmulasyon (RTMS) frekans ve uygulama bölge farklılıklarının sağlıklı farelerin kilo değişimi ve mikrobiyotası üzerine etkileri. Konu: Biyoloji, Mikrobiyoloji,Moleküler Tıp. Nur Damla-KORKMAZ. 2019
6-) Tez Adı: Aksolotta omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemleri ile tanımlanması. Konu: Biyoloji, Tibbi Biyoloji. Ece Cana -FESÇİOĞLU. 2018
7-) Tez Adı: Aksolot'da omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların yeni-nesil RNA dizileme ile tanımlanması. Konu: Biyoloji. Harbiye-HACIBEKTAŞOĞLU. 2018
(G-11) Tamamlanmış Bilimsel Araştırma Projelerinde (BAP) görev almak
1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Değişik yöntemlerle derlenen (manuel, alet ve kamera desteği) ayak, ayakkabı ölçüleri ve adım uzunluğundan boy ve cinsiyet tahmini. 2020-2022
(G-7) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projelerde yürütücülük/koordinatörlük/danışmanlık yapmak
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Danışman. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1001. Aktive Mikrogliadan Salınan Trna Parçacıklarının Mikroglia-Nöron Etkileşimindeki Rolü. 2022-1900
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: İnsan Tüm Ekzom Dizileme Teknikleri. Proje Türü: -Tübitak 1002. İnsan Tüm Ekzom Dizileme Tekniklerinin Kapsamadığı Klinik Önemi Olan Varyantları Tespit Eden ve Anlamlandıran Sistem. 2021-2022
3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 3501. Adenoviruslerde konak-özgüllüğü ve türler arası olası geçiş olaylarının tahmini için bir biyoenformatik sistemi geliştirilmesi. 2020-2023
4-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1002. In Silico Karşılaştırmalı Analizler Için Açık Kaynaklı Proteomiks Platformu. 2017-2018
(G-8) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede araştırmacı olmak
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER). 2021-1900
(G-9) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede G.7 ve G.8 kapsamı dışında görev almak
1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Aksolotl Kol Rejenerasyonu. Proje Türü: -Tübitak 1002. Aksolotl Kol Rejenerasyonu Sürecinde Dolaşımdaki miRNA Profilinin Tanımlanması ve Tanımlanacak miRNA'ların In-Siliko Analizi. 2021-2022
2-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Proje önerisi ile varmak istediğimiz temel amacımız kanser tedavisinde yeni aday genleri biyoinformatik yollarla araştırıp, hedef genlerin fonksiyonlarını in-vitro valide etmektir. Bu amaç doğrultusunda TCGA veribankasına yüklenmiş hasta ve sağlıklı bireylerin verilerinin işleneceği bir biyoinformatik ardışık düzen (pipeline) kodlanması, akciğer ve meme kanserlerinin model kanserleri olarak seçilmesi, bu kanserler için epitranskriptom yolağı genlerindeki mutasyon ve gen ifadesi değişikliklerinin araştırılması ve hedef genlerin kanser hücre hatlarında CRISPR ile modüle edilmesi hedeflenmektedir.. Proje Türü: Diğer (Ulusal). Kanser Tedavisinde Aday Hedef Epitranskriptomik Yolak Genlerinin Biyoinformatik Yöntemleri ile Tespiti ve CRISPR Yöntemiyle in Vitro Validasyonu. 2020-2022
3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Aksolot Kol Rejenerasyonu Sürecinde Mikrobiyota Etkisinin Mikrobiyom ve Transkriptom Dinamiği Açısından Araştırılması. 2018-2022
4-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Parkinson Demansının Erken Teşhisinde Kullanılabilecek İnvaziv Olmayan, Yenilikçi ve Kombinatoryal Biyobelirteçler. 2017-1900
(Ğ-7) Uluslararası bilim/sanat kurumları tarafından verilen bilim, sanat, tasarım, başarı veya araştırma ödülü
1-) Kurum Adı: . Collaboration Award, cancer Biomedical Informatics Grid. 2009
2-) Kurum Adı: . Outstanding Achievement Award,,cancer Biomedical Informatics Grid. 2008
3-) Kurum Adı: . Change Agent Award, cancer Biomedical Informatics Grid. 2008
4-) Kurum Adı: . Patent Disclosure Award. 2001
(H-10) Alanında ulusal patent başvurusu
1-) Patent Sahibi: İSTANBUL MEDİPOL ÜNİVERSİTESİ, MUĞLA SITKI KOÇMAN ÜNİVERSİTESİ. KLİNİK TANI İÇİN ÇOKLU GÖRÜNÜMLER SUNAN TÜM EKZOM DİZİLEME ANALİZİ YÖNTEMİ. 2021
2-) Patent Sahibi: MUĞLA SITKI KOÇMAN ÜNİVERSİTESİ, ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJELERİ KOORDİNASYON BİRİMİ. DUYGUSAL ZEKA TEST SİSTEMİ. 2020
3-) Patent Sahibi: İSTANBUL MEDİPOL ÜNİVERSİTESİ, MUĞLA SITKI KOÇMAN ÜNİVERSİTESİ. RNA BİRLEŞTİRME İŞLEMİNDE SOMATİK KANSER MUTASYONLARININ ETKİSİNİ DEĞERLENDİRMEYE YÖNELİK METODOLOJİ. 2020
(H-4) Alanında ulusal tescillenmiş patent
1-) Patent Sahibi: Barış E. Süzek, İrem Karaca Uluoğlu, Öner Uluoğlu. GÖRME ENGELLİLERİN KULLANIMI İÇİN YAZILI İLAN, İŞARET VE LEVHALARI, GÖRSEL İŞARETLEYİCİ YARDIMI İLE VİDEODA GERÇEK ZAMANLI TESPİT EDEREK, İÇERİKLERİNİ SESLİ OLARAK BİLDİREN SİSTEM. 2024
(L-12) Bölüm Başkanlığı/Disiplinler arası ABD/ASD Başkanlığı, Dekan Yardımcılığı, Yüksekokul/Enstitü Müdür Yardımcılığı yapmak (her yıl için)
1-) Bilgisayar Mühendisliği Bölüm Başkanı. Turkiye. . 2024
2-) Fen Bilimleri Enstitusu Mudur Yardimciligi. Turkiye. . 2014
(L-9) Rektörlük tarafından kurum içi/kurum dışı oluşturulan kurul ve komisyonlarda görev almak (her yıl için)
1-) Yapay Zeka Üst Komisyonu ve Çalışma Grubu. Turkiye. . 2024
2-) ArGe Üst Kurulu. Turkiye. . 2024
3-) Üniversite - Sanayi İşbirliği Kapsamında Proje ve Faaliyet Değerlendirme Komisyonu Uyeligi. Turkiye. . 2019
4-) Egitim Komisyonu Uyeligi. Turkiye. . 2019
5-) Fen, Sağlık ve Mühendislik Alanları Koordinatörlüğü Yonetim Kurulu Uyeligi. Turkiye. . 2019
6-) Teknoloji Transfer Ofisi Yonetim Kurulu Uyeligi. Turkiye. . 2019
7-) Üniversite - Sanayi İşbirliği Kapsamında Proje ve Faaliyet Değerlendirme Komisyonu Uyeligi. Turkiye. . 2018