Personel

Doktor Öğretim Üyesi BARIŞ ETHEM SÜZEK
Doktor Öğretim Üyesi
Barış Ethem Süzek
@ E-posta
barissuzek@mu.edu.tr
Telefon

Kadro Bilgileri

Görev Birimi

Mühendislik Fakültesi / Bilgisayar Mühendisliği Bölümü / Bilgisayar Donanımı Abd

Kadro Birimi

Mühendislik Fakültesi / Bilgisayar Mühendisliği Bölümü / Bilgisayar Donanımı Abd

Öğrenim Bilgileri

Lisans

Orta Doğu Teknik Üniversitesi Mühendislik Bilgisayar Mühendisliği 1997

Yüksek Lisans

Johns Hopkins University School of Engineering Computer Science 2000

Doktora

George Mason University School of System Biology Bioinformatics and Computational Biology 2012

Yayin Bilgileri

(A-1) SCI veya SCI Expanded, SSCI, AHCI tarafından taranan dergilerde yayımlanan tam makale

1-) Samy Asmaa, Süzek Barış Ethem, Özdemir Mehmet Kemal, Şensoy Özge, 2020. In Silico Analysis of a Highly Mutated Gene in Breast Cancer ProvidesInsight Into Abnormal mRNA Splicing: Splicing Factor 3B Subunit 1-K700E Mutant. Biomolecules
2-) Demircan Turan, Hacıbektaşoğlu Harbiye, Sibai Mustafa, Fesçioğlu Ece Cana, Altuntaş Ebru, Öztürk Gürkan, Süzek Barış Ethem, 2020. Preclinical Molecular Signatures of Spinal Cord Functional Restoration: Optimizing the Metamorphic Axolotl (Ambystoma mexicanum) Model in Regenerative Medicine. OMICS: A Journal of Integrative Biology
3-) Sibai Mustafa, Altuntaş Ebru, Süzek Barış Ethem, Şahin Betül, Parlayan Cüneyd, Öztürk Gürkan, Baykal Ahmet Tarık, Demircan Turan, 2019. Comparison of protein expression profile of limb regeneration between neotenic and metamorphic axolotl. Biochemical and Biophysical Research Communications
4-) Süzek Barış Ethem, Wang Y, Huang H, Mcgarvey P B, Wu C H, Uniprot Consortium, 2015. UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches. Bioinformatics
5-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2015. UniProt a hub for protein information. Nucleic Acids Research
6-) Mcgarvey Peter B, Süzek Barış Ethem, Baraniuk James N, Shruti Rao, Conkright Brian, Lababidi Samir, Sutherland Andrea, Forshee Richard, Madhavan Subha, 2014. In silico analysis of autoimmune diseases and genetic relationships to vaccination against infectious diseases. BMC Immunology
7-) Chen C, Li Z, Huang H, Süzek Barış Ethem, Wu Ch, 2013. A fast Peptide Match service for UniProt Knowledgebase. Bioinformatics
8-) Buckler Andrew J, Liu Tiffany Ting, Savig Erica, Süzek Barış Ethem, Rubin Daniel L, Paik David, 2013. Quantitative Imaging Biomarker Ontology QIBO for Knowledge Representation of Biomedical Imaging Biomarkers. Journal of Digital Imaging
9-) Buckler Andrew J, Paik David, Ouellette Matt, Danagoulian Jovanna, Wernsing Gary, Süzek Barış Ethem, 2013. A Novel Knowledge Representation Framework for the Statistical Validation of Quantitative Imaging Biomarkers. Journal of Digital Imaging
10-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2013. Activities at the Universal Protein Resource UniProt. Nucleic Acids Research
11-) Freimuth Robert R, Freund Elaine T, Schick Lisa, Sharma Mukesh K, Stafford Grace A, Süzek Barış Ethem, Hernandez Joyce, Hipp Jason, Kelley Jenny M, Rokicki Konrad, Pan Sue, Buckler Andrew, Stokes Todd H, Fernandez Anna, Fore Ian, Buetow Kenneth H, Klemm Juli D, 2012. Life sciences domain analysis model. Journal of the American Medical Informatics Association
12-) Mcgarvey Pb, Ladwa S, Oberti M, Dragomir A D, Hedlund Ek, Tanenbaum Dm, Süzek Barış Ethem, Madhavan S, 2012. Informatics and data quality at collaborative multicenter Breast and Colon Cancer Family Registries. Journal of the American Medical Informatics Association
13-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2012. Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013. Nucleic Acids Research
14-) Huang H, Mcgarvey Pb, Süzek Barış Ethem, Mazumder R, Zhang J, Chen Y, Wu Ch, 2011. A comprehensive protein centric ID mapping service for molecular data integration. Bioinformatics
15-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2011. Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt. Nucleic Acids Research
16-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2010. Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource. Nucleic Acids Research
17-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2009. The Universal Protein Resource UniProt in 2010. Nucleic Acids Research
18-) Jain Eric, Bairoch Amos, Duvaud Severine, Phan Isabelle, Redaschi Nicole, Süzek Barış Ethem, Martin Maria J, Mcgarvey Peter, Gasteiger Elisabeth, 2009. Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website. BMC Bioinformatics
19-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2009. The Universal Protein Resource UniProt 2009. Nucleic Acids Research
20-) Süzek Barış Ethem, Huang H, Mcgarvey P, Mazumder R, Wu Ch, 2007. UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters. Bioinformatics
21-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2007. The Universal Protein Resource UniProt. Nucleic Acids Research
22-) Uniprot Consortium (baris E. Suzek Ortak Yazar), 2007. The Universal Protein Resource UniProt. Nucleic Acids Research
23-) Wu C H, Apweiler R, Bairoch A, Natale Da, Barker Wc, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, Magrane M, Martin Mj, Mazumder R, Odonovan C, Redaschi N, Süzek Barış Ethem, 2006. The Universal Protein Resource UniProt an expanding universe of protein information. Nucleic Acids Research
24-) Wu C H, Nikolskaya A, Huang H, Yeh Ls, Natale Da, Vinayaka Cr, Hu Zz, Mazumder R, Kumar S, Kourtesis P, Ledley Rs, Süzek Barış Ethem, Arminski L, Chen Y, Zhang J, Cardenas Jl, Chung S, Castroalvear J, Dinkov G, Barker Wc, 2004. PIRSF family classification system at the Protein Information Resource. Nucleic Acids Research
25-) Wu C H, Yeh Ls, Huang H, Arminski L, Castroalvear J, Chen Y, Hu Z, Kourtesis P, Ledley Rs, Süzek Barış Ethem, Vinayaka Cr, Zhang J, Barker Wc, 2003. The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research
26-) Wu C H, Huang H, Arminski L, Castroalvear J, Chen Y, Hu Zz, Ledley Rs, Lewis Kc, Mewes Hw, Orcutt Bc, Süzek Barış Ethem, Tsugita A, Vinayaka Cr, Yeh Ls, Zhang J, Barker Wc, 2002. The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins. Nucleic Acids Research
27-) Süzek Barış Ethem, Ermolaeva M D, Schreiber M, Salzberg S L, 2001. A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes. Bioinformatics

(A-3-Eski) SCI veya SCI Expanded, SSCI, AHCI dışındaki uluslararası indexler tarafından taranan dergilerde yayımlanan tam makale

1-) Huang H, Hu Zz, Süzek Barış Ethem, Wu Ch, 2004. The PIR integrated protein databases and data retrieval system. Data Science Journal

(A-7) ULAKBİM tarafından taranan ulusal hakemli dergilerde yayımlanmış makale

1-) Kılıç Özgür, Susuz Delikanlı Mertcan, Süzek Barış Ethem, 2019. A QUALITY CONTROL SYSTEM PROTOTYPE FOR DETECTING KNOT DEFECTS IN THE WOODEN PANEL MANUFACTURING. Mugla Journal of Science and Technology
2-) Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2018. Taxonomic diversity-based domain interaction prediction. Pamukkale Üniversitesi Mühendislik Bilimleri Dergisi

(B-2) Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda sözlü olarak sunulan ve özet metin olarak yayımlanan bildiri.

1-) Ucar Ilayda, Ramona Britto, Bursteinas Borisas, Süzek Barış Ethem, Martin Maria, 2019. Assessing the Impact of Proteome Redundancy Mınimization In UnıprotKB. The 12th Internatıonal Symposıum on Health Informatıcs and Bıoınformatıcs
2-) Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2017. Leveraging Taxonomic Ranks for Improving MirrorTree-based Protein Interaction Prediction. HIBIT2017 - 10th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT)
3-) Süzek Barış Ethem, 2015. Locating disease associated single amino acid polymorphisms on proteins. International Conference on Transcriptomics
4-) Madduri Ravi, Tan Wei, Keshav Kiran, Süzek Barış Ethem, Oster Scott, Foster Ian, 2008. Orchestrating caGrid Services in Taverna. 2008 IEEE International Conference on Web Services

(B-3) Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda poster şeklinde sunulan ve özet metin olarak yayımlanan bildiri.

1-) Samy Asmaa, Süzek Barış Ethem, Ozdemir Mehmet Kemal, Sensoy Ozge, 2019. Characterizing Impact of Somatic Mutations in Breast Cancer: SF3B1 Case Study. The 12th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatic
2-) Bayraktar Abdulahad, Süzek Tuğba, Süzek Barış Ethem, Baysal Ömür, 2019. A Meta-analysis of Gene Expression Data in Neurodegenerative Diseases. The 6th International Workshop onComputational Network Biology: Modeling, Analysis, and Control(CNB-MAC 2019)
3-) Türk Erdem, Arıt Türkan, Susuz Delikanlı Mertcan, Uçar İlayda, Süzek Barış Ethem, 2018. ProSetComp: A Platform for Protein Set Comparisons. Proceedings of the 2018 ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics - BCB ’xx18
4-) Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2016. Assessing Impact of Taxonomic Diversity and Sequence Conservation based Filters on Mirrortree Method. The annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)
5-) Baraniuk James N, Mcgarvey Peter, Süzek Barış Ethem, Rao Shruti, Lababidi Samir, Andrea Sutherland, Forshee Richard, Madhavan Subha, 2015. In silico Analysis of Vaccination Adverse Events. Annual Meeting of the American-Academy-of-Allergy-Asthma-and-Immunology
6-) Mcgarvey Peter, Süzek Barış Ethem, Rao Shruti, Madhavan Subha, Baraniuk James N, Lababidi Samir, Sutherland Andrea, 2013. In silico analysis of autoimmune diseases and genetic relationships to vaccination against infectious diseases. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics - BCB'13
7-) Wang Y, Yang X, Huang H, Mirokhin Y, Rudnick P, Blonder N, Süzek Barış Ethem, Stein S, Wu C, 2012. Using UniRef Clusters to Build Model Organism Protein Databases forNIST Peptide MS MS Library Development. US-HUPO 8th Annual Conference
8-) Suzek B, Wang M, Huang H, McGarvey P, Wu .C. UniRef: UniProt Reference Clusters. Bioinformatics Research Infrastructure for the Life Sciences.,The First 10 Years of UniProt. ECCB'12 Satellite Symposium. Basel, Switzerland, Eylül 8 2012. - 2012
9-) Rao S, Singh S, Suzek B, McGarvey P, Baranuik J, Barbo A, , Madhavan S. Genetics of Autoimmune Diseases for Vaccine Safety Signal Detection Project. ,The 1st Annual ICBI Biomedical Informatics Symposium, Washington, DC, Ekim 12, 2012 - 2012
10-) Freimuth, R, Stafford G, Suzek B, Sharma M, Schick L, Hernandez J, McCusker J, Heiskanen M, De Coronado S, Klemm J. The Life Sciences Domain Analysis Model.,NIH Research Festival, Bethesda, MD, Ekim 9-12 2012. - 2012
11-) Süzek Barış Ethem, Fore I, Klemm J, Helsley A, Dennis R, Humphries J, Lander Wb, Winkler R, Sharma M, Fearn P, 2011. Cancer Bench to Bedside A Tool to Enable Data Discovery and Aggregation for Prostate Cancer Biospecimen Informatics Network. Pathology Informatics 2011
12-) Freimuth R, Freund, E, Pan S, Rokicki K, Sharma M, Stafford G, Suzek B, Thomas, D., Kelley J. Klemm J. Information Representation Working Group Information Model Development To Support ECCF.,The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting, Washington DC, Eylül 13-15, 2010 - 2010
13-) Suzek B, Humphries J, Ketchum K, Shinohara A, Tanenbaum D, Pipenbring C, Goldstein S, Madhavan S. cancer Bench-to-Bed (caB2B): Current State and Future Directions.,The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting, Washington DC, Eylül 13-15, 2010. - 2010
14-) Freimuth R, Freund, E, Pan S, Rokicki K, Sharma M, Stafford G, Suzek B. caBIG Life Sciences Domain Business Architecture and Domain Analysis Models. ,BioIT World, Boston MA, Nisan 20-22, 2010 - 2010
15-) Suzek B, Harris M, Hedlund E, Clarke R, Weiner L, Madhavan S, Riggins R. Georgetown Database of Cancer (GDOC).,The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting, Washington DC, Temmuz 20-22, 2009. - 2009
16-) Freimuth R, Freund, E, Pan S, Rokicki K, Sharma M, Stafford G, Suzek B. Harmonizing Integrative Cancer Research Information Models. ,The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting, Washington DC, Temmuz 20-22, 2009 - 2009
17-) Schick L, Prior F, Sharma M, Suzek B. Life Sciences Domain Analysis Model (LSDAM). ,The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting, Washington DC, Temmuz 20-22, 2009. - 2009
18-) Keshav K, McConnell P, Madduri R, Tan W, Nedzel J, Suzek B, Freund E, Klemm J. Enabling Workflows in the Integrative Cancer Research. ,The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting, Washington DC., Haziran 23-25, 2008. - 2008
19-) Liefeld T, Suzek B, McConnell P, Nedzel J, Mungal S, Keshav K, Morgan M, Davis B, Wolfe C, Freund E. ICR Analysis Services Best Practices Working Group. ,The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting, Washington DC., Haziran 23-25, 2008. - 2008
20-) Suzek B, McGarvey P, Reeves D, Keller M, Shanbhag A, Komatsoulis G. Training Module: End-to-end Process of Developing a Silver Level Compatible caGrid Data Service. ,The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting, Washington DC., Haziran 23-25, 2008. - 2008
21-) Suzek BE, Huang H, Chung S, Hua H, McGarvey P, Hu Z, Wu CH, Gilman B ,Street C, Nayak V, Overby C, Fenstermacher D. Grid-Enablement of PIR/UniProt Data Source. ,The cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Annual Meeting 2005, Bethesda, MD, Nisan 2005. - 2005
22-) Süzek Barış Ethem, Huang H, Chung S, Hua H, Mcgarvey P, Hu Z, Wu C, 2005. Web Services for PIR UniProt Databases. 13th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2005
23-) Yeh L-S, Barker WC, Huang H, Natale, DA, Nikolskaya A, Vinayaka CR, Hu Z, Mazumder R, Kumar S, Suzek BE, Kourtesis P, Arminski L, Chen Y, Zhang J, Cardenas J, Chung S, Castro-Alvear J, Wu CH. The Protein Information Resource (PIR). ,NIH NISTI Symposium – Digital Biology: The Emerging Paradigm, Bethesda, MD, Kasım 2003. - 2003
24-) Logan B, Moreno P, Süzek Barış Ethem, Weng Z, Kasif S, 2002. Remote Homology Detection Using Feature Vectors Formed Using Alignments of Small Motifs. 6th International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB)
25-) Süzek Barış Ethem, Huang H, Orcutt Bc, Chen Y, Hu Z, Zhang J, Wu Ch, 2002. PIR Non Redundant Reference Protein Database PIR NREF. 6th International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB),

(B-4) Ulusal kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda sözlü olarak sunulan ve tam metin olarak yayımlanan bildiri

1-) Arıt Türkan, Türk Erdem, Susuz Delikanlı Mertcan, Uçar İlayda, Süzek Barış Ethem, 2018. A Platform for Comparing Protein Sets and Their Functional Annotations. HIBIT18 - 11th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT)
2-) Süzek Barış Ethem, 2018. Axolotl Transcriptome Analysis Challenges and Lessons Learned. The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, (HIBIT)

(B-5) Ulusal kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda sözlü sunulan ve özet metin olarak yayımlanan bildiri.

1-) Süzek Barış Ethem, 2019. Challenges in Next Generation Sequencing Analysis and Solution Approache. XVI. Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
2-) Fındık Sinan, Bayraktar Abdulahad, Yüksel Zafer, Süzek Barış Ethem, 2018. Usage Of The Human Phenotype Ontology in Request Platforms and Analysis of Clinical Genetic Sequencing Tests in Turkey. 11th National Congress of Medical Informatics
3-) Türk Erdem, Arıt Türkan, Susuz Delikanlı Mertcan, Uçar İlayda, Süzek Barış Ethem, 2018. A Bioinformatics Platform for Creation and Functional Analysis of Protein Sets. Uluslararası Genomik ve Biyoinformatik Konferansı
4-) Süzek Barış Ethem, Karaca Irem, Uluoğlu Ömer, 2017. Görme Engelli Bireylerin Kamusal Alandaki İşaret ve Dökümanları Okumasına Yardım Eden Sistem. 19. AKADEMİK BİLİŞİM KONFERANSI

(D-10) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan dergilerde hakemlik

1-) Distributed and Parallel Databases. 2018. Hakemlik Sayısı: 1
2-) BMC Genomics. 2016. Hakemlik Sayısı: 1
3-) Turkish Journal of Electrical Engineering & Computer Sciences. 2015. Hakemlik Sayısı: 1
4-) SpringerPlus. 2015. Hakemlik Sayısı: 1
5-) BMC Bioinformatics. 2013. Hakemlik Sayısı: 1
6-) Database:The Journal of Biological Databases and Curation.. 2012. Hakemlik Sayısı: 2

(D-12) Diğer bilimsel, sanatsal ya da mesleki hakemli hakemlik

1-) Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi. 2019. Hakemlik Sayısı: 1
2-) Pamukkale Üniversitesi Mühendislik Bilimleri Dergisi. 2018. Hakemlik Sayısı: 1

(D-13) Uluslararası projeler ile kamu veya özel teşekküllerce desteklenen ulusal projelerde hakemlik, izleyicilik ve panalistlik

1-) Tip 2 Diyabetes Mellitusta Özbakım Ve Hastalığın Yönetimi İçin Yenilikçi Bir Çözüm. 2019. Hakemlik Sayısı:
2-) Öğrenme Tabanlı Yoğun Bakım Klinik Bilgi Yönetimi Ve Karar Destek Sistemi. 2019. Hakemlik Sayısı:

(D-5) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafında taranan dergilerde yardımcı editörlük/ alan editörlüğü ya da yayın kurulu üyeliği.

1-) Mugla Journal of Science and Technology - 2015

(E-1) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan dergilerde olmak üzere adayın yazar olarak yer almadığı SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan yayınlarda adayın eserlerine yapılan atıf.

1-) Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 4
2-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 16
3-) UniProt a hub for protein information - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 52
4-) A fast Peptide Match service for UniProt Knowledgebase - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
5-) Activities at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 9
6-) Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013 - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 2
7-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 6
8-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
9-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 8
10-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
11-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 1
12-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 1
13-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 4
14-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 32
15-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 7
16-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 50
17-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 4
18-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 4
19-) A comprehensive protein centric ID mapping service for molecular data integration - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 3
20-) Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 11
21-) Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013 - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 14
22-) A fast Peptide Match service for UniProt Knowledgebase - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 9
23-) Activities at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 33
24-) UniProt a hub for protein information - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 300
25-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 77
26-) Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 29
27-) Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 42
28-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 60
29-) UniProt a hub for protein information - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 413
30-) A fast Peptide Match service for UniProt Knowledgebase - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 7
31-) Activities at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 42
32-) Quantitative Imaging Biomarker Ontology QIBO for Knowledge Representation of Biomedical Imaging Biomarkers - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 1
33-) Informatics and data quality at collaborative multicenter Breast and Colon Cancer Family Registries - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 1
34-) Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013 - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 18
35-) Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 12
36-) A comprehensive protein centric ID mapping service for molecular data integration - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 2
37-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 25
38-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 8
39-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 5
40-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 40
41-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 8
42-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 9
43-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 1
44-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 9
45-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 2
46-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 7
47-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 39
48-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 3
49-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 4
50-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 59
51-) Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 19
52-) Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013 - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 34
53-) Life sciences domain analysis model - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 1
54-) Quantitative Imaging Biomarker Ontology QIBO for Knowledge Representation of Biomedical Imaging Biomarkers - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 2
55-) Activities at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 93
56-) UniProt a hub for protein information - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 720
57-) A fast Peptide Match service for UniProt Knowledgebase - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 5
58-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 47
59-) Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 39
60-) Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 54
61-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 30
62-) A fast Peptide Match service for UniProt Knowledgebase - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 7
63-) UniProt a hub for protein information - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 555
64-) A Novel Knowledge Representation Framework for the Statistical Validation of Quantitative Imaging Biomarkers - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 1
65-) Quantitative Imaging Biomarker Ontology QIBO for Knowledge Representation of Biomedical Imaging Biomarkers - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 1
66-) Activities at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 189
67-) Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013 - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 59
68-) Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 26
69-) A comprehensive protein centric ID mapping service for molecular data integration - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 2
70-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 63
71-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 10
72-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 6
73-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 44
74-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 8
75-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 6
76-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 2
77-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 5
78-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 3
79-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 4
80-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 29
81-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 43
82-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 11
83-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 64
84-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 6
85-) Life sciences domain analysis model - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 1
86-) A comprehensive protein centric ID mapping service for molecular data integration - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 3
87-) Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 41
88-) Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013 - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 89
89-) Activities at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 335
90-) Informatics and data quality at collaborative multicenter Breast and Colon Cancer Family Registries - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 1
91-) A Novel Knowledge Representation Framework for the Statistical Validation of Quantitative Imaging Biomarkers - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 2
92-) A fast Peptide Match service for UniProt Knowledgebase - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 2
93-) UniRef clusters a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 4
94-) UniProt a hub for protein information - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 142
95-) Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 97
96-) Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 225
97-) Activities at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 120
98-) Informatics and data quality at collaborative multicenter Breast and Colon Cancer Family Registries - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 3
99-) Life sciences domain analysis model - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 1
100-) Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013 - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 246
101-) A comprehensive protein centric ID mapping service for molecular data integration - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 4
102-) Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 37
103-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 4
104-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 45
105-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 5
106-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 66
107-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 33
108-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 24
109-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 7
110-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 10
111-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 22
112-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 40
113-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 88
114-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 12
115-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 1
116-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 63
117-) Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 82
118-) A comprehensive protein centric ID mapping service for molecular data integration - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 2
119-) Update on activities at the Universal Protein Resource UniProt in 2013 - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 40
120-) Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 405
121-) Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource UniProt - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 104
122-) Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 181
123-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 4
124-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 55
125-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 13
126-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 136
127-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 81
128-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 28
129-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 3
130-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 12
131-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 9
132-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 17
133-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 3
134-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 64
135-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 30
136-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 130
137-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 69
138-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 6
139-) Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 64
140-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 3
141-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 14
142-) Infrastructure for the life sciences design and implementation of the UniProt website - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 28
143-) The Universal Protein Resource UniProt in 2010 - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 73
144-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 25
145-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 157
146-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 4
147-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 2
148-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 4
149-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 5
150-) The Universal Protein Resource UniProt 2009 - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 58
151-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 14
152-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 6
153-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 12
154-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 7
155-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 9
156-) UniRef comprehensive and non redundant UniProt reference clusters - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 20
157-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 9
158-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 10
159-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 3
160-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 11
161-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 16
162-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 10
163-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 8
164-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 33
165-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 9
166-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 13
167-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 18
168-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 31
169-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 8
170-) PIRSF family classification system at the Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 10
171-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2004 Atıf Sayısı: 12
172-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2004 Atıf Sayısı: 31
173-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2004 Atıf Sayısı: 22
174-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2003 Atıf Sayısı: 38
175-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2003 Atıf Sayısı: 5
176-) The Protein Information Resource - Atıf Yılı: 2003 Atıf Sayısı: 6
177-) A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes - Atıf Yılı: 2002 Atıf Sayısı: 4
178-) The Protein Information Resource an integrated public resource of functional annotation of proteins - Atıf Yılı: 2002 Atıf Sayısı: 10

(F-2) Yönetiminde tamamlanmış yükseklisans tezleri.

1-) Tez Adı: In silico Karşılaştırmalı Analizler İçin Açık Kaynaklı Proteomiks Platformu. Konu: -. Erdem-Türk. 2019

(F-3) Lisansüstü/Tıpta Uzmanlık/ Sanatta Yeterlilik tez çalışmaları savunma sınavlarında jüri üyesi olarak görev almak

1-) Tez Adı: COMBINED NETWORK ANALYSIS AND MOLECULAR DY- NAMICS SIMULATIONS STUDY FOR CHARACTERIZATION OF PREVALENT SOMATIC MUTATIONS IN BREAST CANCER: SF3B1 CASE STUDY. Konu: Bioinformatics. Asmaa-Samy. 2020
2-) Tez Adı: An integrative gene-expression analysis of axolotl limb wound healing and regeneration . Konu: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik . Mustafa-Sibai. 2019
3-) Tez Adı: Repetatif manyetik situmulasyon (RTMS) frekans ve uygulama bölge farklılıklarının sağlıklı farelerin kilo değişimi ve mikrobiyotası üzerine etkileri. Konu: Biyoloji, Mikrobiyoloji,Moleküler Tıp. Nur Damla-KORKMAZ. 2019
4-) Tez Adı: Aksolotta omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemleri ile tanımlanması. Konu: Biyoloji, Tibbi Biyoloji. Ece Cana -FESÇİOĞLU. 2018
5-) Tez Adı: Aksolot'da omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların yeni-nesil RNA dizileme ile tanımlanması. Konu: Biyoloji. Harbiye -HACIBEKTAŞOĞLU. 2018

(G-1) Uluslar arası kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanmış proje yürütücülüğü

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: Diğer(Uluslararası). cancer Bench to Bed (caB2B). 2010-2012
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: Diğer(Uluslararası). Participation in design and development activities for cancer Biomedical Informatics . 2007-2012

(G-2) Uluslar arası kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev(araştırmacı, eğitmen, danışman, vb. olarak)

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Diğer(Uluslararası). Georgetown-Howard Universities Center for Clinical and Translational Science (GHUCCTS). 2013-2016
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Diğer(Uluslararası). Genetics of Autoimmune Diseases for Vaccine Safety Signal Detection Project . 2011-2013
3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Diğer(Uluslararası). Breast and Colon Cancer Family Registries Informatics Support Center. 2010-2012
4-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Diğer(Uluslararası). cancer Biomedical Informatics Grid In silico Research Centers. 2009-2009
5-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Diğer(Uluslararası). The UniProt Protein Sequence and Function Knowledgebase (UniProt). 2003-2013

(G-3) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB (1002 ve 3001 hariç tüm projeler)SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan proje yürütücülüğü

1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 3501. Adenoviruslerde konak-özgüllüğü ve türler arası olası geçiş olaylarının tahmini için bir biyoenformatik sistemi geliştirilmesi. 2020--1
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. İnsan Proteinleri için En Doğru Çoklu Dizi Hizalamalarının Hesaplanması ve Hastalığa Neden Olan Bilinen Tek Amino Asit Polimorfizmleri SAP Tahmini. 2013-2015

(G-4) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB, (1002 ve 3001 hariç tüm projeler)SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev (araştırmacı, eğitmen, danışman vb. olarak)

1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Danışman. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Aksolot Kol Rejenerasyonu Sürecinde Mikrobiyota Etkisinin Mikrobiyom ve Transkriptom Dinamiği Açısından Araştırılması. 2018--1
2-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Danışman. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Parkinson Demansının Erken Teşhisinde Kullanılabilecek İnvaziv Olmayan, Yenilikçi ve Kombinatoryal Biyobelirteçler. 2017--1

(G-5) TÜBİTAK 1002 veya 3001 kapsamında desteklenen ve tamamlanan proje yürütücülüğü

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. In Silico Karşılaştırmalı Analizler Için Açık Kaynaklı Proteomiks Platformu. 2017--1

(G-7) Tamamlanmış Bilimsel Araştırma Projelerinde (BAP) yürütücülük

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Danışman. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Mugla Sitkı Kocman Universitesi, Bilimsel Etkinlik Duzenleme Projesi, Mayis 2015 . 2015-2015

(G-8) Tamamlanmış Bilimsel Araştırma Projelerinde (BAP) görev alma (araştırmacı, eğitmen, danışman vb. olarak)

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: . Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Melanoma için Bakteriyel İmmün Tedavilerine İmmün Yanıtı Öngören Biyobelirteç Adaylarının İn siliko Tanımlanması. 2016-2018

(Ğ-2) Alanında ulusal bilimsel nitelikli ödül almak

1-) Kurum Adı: . Collaboration Award, cancer Biomedical Informatics Grid. 2009
2-) Kurum Adı: . Outstanding Achievement Award,,cancer Biomedical Informatics Grid. 2008
3-) Kurum Adı: . Change Agent Award, cancer Biomedical Informatics Grid. 2008
4-) Kurum Adı: . Patent Disclosure Award. 2001

(H-1) Yurtdışı patent

1-) Patent Sahibi: Hewlett-Packard Development Company, L.P. (Houston, TX), SIMON KASIF , BETH T LOGAN, PEDRO J MORENO , BARIS SUZEK. Computer method and apparatus for uniform representation of genome sequences. Filing date: Nov 28, 2000. US Patent Number: 7047137.. 2006

(H-2) Yurtiçi patent

1-) Patent Sahibi: BARIŞ ETHEM SÜZEK,ÖMER ULUOĞLU,İREM KARACA. GÖRME ENGELLİLERİN KULLANIMI İÇİN YAZILI İLAN, İŞARET VE LEVHALARI, GÖRSEL İŞARETLEYİCİ YARDIMI İLE VİDEODA GERÇEK ZAMANLI TESPİT EDEREK, İÇERİKLERİNİ SESLİ OLARAK BİLDİREN SİSTEM. 2018

(I-12) Bölüm başkanlığı, Dekan/Yüksekokul/Enstitü yardımcılığı (her yıl için

1-) Fen Bilimleri Enstitusu Mudur Yardimciligi. Turkiye. . 2014

(I-15) Rektörlük tarafından oluşturulan kurul ve komisyonlarda görev almak (her yıl için)

1-) Egitim Komisyonu Uyeligi. Turkiye. . 2019
2-) Fen, Sağlık ve Mühendislik Alanları Koordinatörlüğü Yonetim Kurulu Uyeligi. Turkiye. . 2019
3-) Teknoloji Transfer Ofisi Yonetim Kurulu Uyeligi. Turkiye. . 2019
4-) Üniversite - Sanayi İşbirliği Kapsamında Proje ve Faaliyet Değerlendirme Komisyonu Uyeligi. Turkiye. . 2019
5-) Üniversite - Sanayi İşbirliği Kapsamında Proje ve Faaliyet Değerlendirme Komisyonu Uyeligi. Turkiye. . 2018

(I-5) Uluslararası sempozyum, kongre, çalıştay, festival, bilimsel yaz okulu, bienal, trienal gibi bilimsel, sanatsal ve tasarıma yönelik etkinliklerde görev almak; uluslararası spor organizasyonlarında hakemlik, antrenörlük, idarecilik yapmak.

1-) The Fifth International Biocuration Conference 2012 Organizasyon Komitesi, Kayıt Başkanı, Nisan 2-4,2012. Nisan. ABD. 2012
2-) ACM International Health Informatics Symposium 2010 Organizasyon Komitesi, Yerel Düzenleme Başkanı, Kasim11-12, 2010. Kasim. ABD. 2010

(I-6) Ulusal sempozyum, kongre, çalıştay, festival, bilimsel yaz okulu, bienal, trienal gibi bilimsel, sanatsal ve tasarıma yönelik etkinliklerde görev almak; ulusal spor organizasyonlarında hakemlik, antrenörlük, idarecilik yapmak.

1-) Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Fen Bilimleri Araştırma Sempozyumu. Mayıs. Turkiye. 2015

(I-8) Alanı ile ilgili olarak; ulusal panel, konferans, seminer, kurs, açık oturum ve söyleşi gibi etkinliklerde davetli konuşmacı ya da panelist olarak görev almak.

1-) XVI. Tıbbi Biyoloji Ve Genetik Kongresi. Turkiye. . 2019
2-) HIBIT 2018. The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics,.. Antalya. . 2018

Verdiği Dersler

BINF5090 2019-2020 Bahar

SEMINAR

BINF5520 2019-2020 Bahar

BIOLOGICAL SEQUENCE ANALYSIS

BINF5704 2019-2020 Bahar

SPECIAL STUDIES

BINF6701 2019-2020 Bahar

SPECIAL STUDIES

BINF6702 2019-2020 Bahar

SPECIAL STUDIES

CENG 3001 2019-2020 Bahar

Summer Practice I

CENG 3004 2019-2020 Bahar

Software Engineering

CENG 3522 2019-2020 Bahar

Applied Machine Learning

CENG 4001 2019-2020 Bahar

Summer Practice II

CENG 4011 2019-2020 Bahar

Senior Design Project I

CENG 4012 2019-2020 Bahar

Senior Design Project II

CENG 1003 2019-2020 Güz

Programming Fundamentals

CENG 3001 2019-2020 Güz

Summer Practice I

CENG 3004 2019-2020 Güz

Software Engineering

CENG 4001 2019-2020 Güz

Summer Practice II

CENG 4005 2019-2020 Güz

Formal Languages and Abstract Machines

CENG 4011 2019-2020 Güz

Senior Design Project I

CENG 4012 2019-2020 Güz

Senior Design Project II

BINF5520 2018-2019 Bahar

BIOLOGICAL SEQUENCE ANALYSIS

CENG 3004 2018-2019 Bahar

Software Engineering

CENG 3522 2018-2019 Bahar

Applied Machine Learning

CENG 4011 2018-2019 Bahar

Senior Design Project I

CENG 4012 2018-2019 Bahar

Senior Design Project II

CENG 1003 2018-2019 Güz

Programming Fundamentals

CENG 3004 2018-2019 Güz

Software Engineering

CENG 4005 2018-2019 Güz

Formal Languages and Abstract Machines

CENG 4011 2018-2019 Güz

Senior Design Project I

CENG 4012 2018-2019 Güz

Senior Design Project II