(A-1) SCIE veya SSCI kapsamındaki dergide yayımlanmış makale
1-) Türk Erdem, Karabulut Onur Can, Khaled Abdullah Al-alie Al-shaima, Süzek Barış Ethem, 2025. Machine Learning-based Host–Pathogen Protein–Protein Interaction Prediction. Current Clinical Microbiology Reports
2-) Ibrahim Ahmad Hassan, Karabulut Onur Can, Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2023. A correlation coefficient-based feature selection approach for virus-host protein-protein interaction prediction. PLOS ONE
3-) Türk Erdem, Yüksek Ayhan, Ayaz Akif, Süzek Barış Ethem, 2023. DEVOUR: Deleterious Variants on Uncovered Regions in Whole-Exome Sequencing. PEERJ
4-) Karabulut Onur Can, Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Ibrahım Ahmad Hassan, Süzek Barış Ethem, 2021. ML-AdVInfect: A Machine-Learning Based Adenoviral Infection Predictor. Frontiers in Molecular Biosciences
(A-4) ESCI, Scopus veya SPORT Discus kapsamındaki dergide yayımlanmış makale
1-) Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2019. Taxonomic diversity-based domain interaction prediction. Pamukkale University Journal of Engineering Sciences
(A-7) TR Dizin kapsamındaki dergide yayımlanmış makale
1-) Özkaraca Osman, Acar Ethem, Peker Musa, Türk Erdem, 2018. ACİL SERVİSLER İÇİN BULANIK MANTIK TABANLI BİR KLİNİK KARAR DESTEK SİSTEMİ. Mühendislik Bilimleri ve Tasarım Dergisi
(B-4) Ulusal bilimsel/sanatsal toplantıda sözlü/poster olarak sunulan ve tam metni basılı/elektronik olarak yayımlanmış çalışma
1-) Türk, E., Başar, M.E., Mutlu, O., Karaarslan, E., 2014. Üniversite için Android Tabanlı Mobil Uygulaması ve Geliştirme Sürecinde Öğrenilenler. Akademik Bilişim
(B-5) Ulusal bilimsel/sanatsal toplantıda sözlü/poster olarak sunulan ve özet metni basılı/elektronik olarak yayımlanmış çalışma
1-) Süzek Barış Ethem, Ayaz Akif, Abak Masud Başak, Darwısh Sinem, Türk Erdem, 2023. Klinikte Yeni Nesil Dizilemenin Kullanımını Destekleyen Biyoinformatik Yaklaşımları. 18. Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
2-) Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2023. Evrimsel Korunma ile Çelişen İnsanda Hastalıkla İlişkili Varyantların Tespit Edilmesi. 25. Ulusal Biyoloji Kongresi
3-) Uslular Göksu, Türk Erdem, Özaydın Sinan, Pembeci İzzet, 2017. Magmatik Kayaç Jeokimyası Verilerinin Yorumlanması Için Yeni Bir Web Tabanlı Uygulama: Öncel Modeller. 70. Türkiye Jeoloji Kurultayı
(B-3) Uluslararası bilimsel/sanatsal toplantıda sözlü/poster şeklinde sunulan ve özet metni basılı/elektronik olarak yayımlanmış çalışma
1-) Küçükyılmaz Cansel Hatice, Ibrahim Ahmed Hassan, Aksoy Selahattin, Karabulut Onur Can, Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2022. VIRBIOHUB: A Central Resource for Virus Bioinformatics Research. HIBIT2022-15th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics
2-) Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Karabulut Onur Can, Ibrahim Ahmad Hassan, Süzek Barış Ethem, 2022. A Coronavirus Infection and Host-Shift Predictor. The 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)
3-) Ibrahım Ahmad Hassan, Türk Erdem, Karpuzcu Betül Asiye, Aksoy Selahattin, Karabulut Onur Can, Süzek Barış Ethem, 2021. Assessment of a Novel Feature Selection Algorithm for Virus-Host Protein-Protein Interaction. Intelligent Systems for Molecular Biology - European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB) 2021)
4-) Türk Erdem, Arıt Türkan, Susuz Delikanlı Mertcan, Uçar İlayda, Süzek Barış Ethem, 2018. ProSetComp: A Platform for Protein Set Comparisons. Proceedings of the 2018 ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics - BCB ’xx18
5-) Türk Erdem, Arıt Türkan, Susuz Delikanlı Mertcan, Uçar İlayda, Süzek Barış Ethem, 2018. A Bioinformatics Platform for Creation and Functional Analysis of Protein Sets. International Conference of Genomics and Bioinformatics (ICGB)
6-) Arıt Türkan, Türk Erdem, Susuz Delikanlı Mertcan, Uçar İlayda, Süzek Barış Ethem, 2018. A Platform for Comparing Protein Sets and Their Functional Annotations. HIBIT18 - 11th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT)
7-) Türk Erdem, Süzek Barış Ethem, 2017. Leveraging Taxonomic Ranks for Improving MirrorTree-based Protein Interaction Prediction. HIBIT2017 - 10th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT)
8-) Türk, E., Süzek, B., 2016. Assessing Impact of Taxonomic Diversity and Sequence Conservation-based Filters on Mirrortree Method. Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2016
9-) Türk, E., Süzek, B., Çöl, B., 2015. Detecting Boron Related Transmembrane Proteins in Bacillus Boroniphilus. HIBIT2015 - 9th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics
(C-5) Diğer uluslararası yayınevleri tarafından yayımlanmış bilimsel kitapta bölüm
1-) Karpuzcu Betül Asiye, Türk Erdem, Ibrahim Ahmad Hassan, Karabulut Onur Can, Süzek Barış Ethem, 2023. Protein-Protein Interactions Methods and Protocols/Machine Learning Methods for Virus–Host Protein–Protein Interaction Prediction. Yayın Evi: Springer Science+Business Media/Humana Editör Adı: Mukhtar, Shahid
(E-1) SCIE veya SSCI tarafından taranan ve %10’luk dilimde yer alan dergide yapılan atıf
1-) ML-AdVInfect: A Machine-Learning Based Adenoviral Infection Predictor - Atıf Yılı: 2024 Atıf Sayısı: 4
2-) Taxonomic diversity-based domain interaction prediction - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1
3-) ML-AdVInfect: A Machine-Learning Based Adenoviral Infection Predictor - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3
4-) ML-AdVInfect: A Machine-Learning Based Adenoviral Infection Predictor - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 3
5-) Taxonomic diversity-based domain interaction prediction - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1
6-) ML-AdVInfect: A Machine-Learning Based Adenoviral Infection Predictor - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 1
(E-5) Diğer uluslararası hakemli dergide yapılan atıf
1-) ACİL SERVİSLER İÇİN BULANIK MANTIK TABANLI BİR KLİNİK KARAR DESTEK SİSTEMİ - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 2
(G-9) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede G.7 ve G.8 kapsamı dışında görev almak
1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Bursiyer. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1002. İnsan Tüm Ekzom Dizileme Tekniklerinin Kapsamadığı Klinik Önemi Olan Varyantları Tespit Eden ve Anlamlandıran Sistem. 2021-2022
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Bursiyer. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 3501. Adenoviruslerde konak-özgüllüğü ve türler arası olası geçiş olaylarının tahmini için bir biyoenformatik sistemi geliştirilmesi. 2020-2023
(G-4) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB, (1002 ve 3001 hariç tüm
projeler)SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel
kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev
(araştırmacı, eğitmen, danışman vb. olarak)
1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Bursiyer. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1004. Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER): Akut Lenfoblastik Lösemide CAR-T Hücre Tedavilerine Yönelik Yeni Nesil Dizileme Temelli Genetik Analiz Kiti Geliştirilmesi. 2021-2026
(L-10) Dekanlık/Müdürlük tarafından oluşturulan kurul ve komisyonlarda görev almak (her yıl için)
1-) Mühendislik Fakültesi Kalite Komisyonu Üyeliği. Türkiye. . 2024
(L-12) Bölüm Başkanlığı/Disiplinler arası ABD/ASD Başkanlığı, Dekan Yardımcılığı, Yüksekokul/Enstitü Müdür Yardımcılığı yapmak (her yıl için)
1-) Mühendislik Fakültesi Dekan Yardımcılığı. Türkiye. . 2024
(L-13) Bölüm Başkan Yardımcılığı ve Anabilim/Anasanat Dalı Başkanlığı yapmak (her yıl için)
1-) Bilgisayar Mühendisliği Bölüm Başkan Yardımcılığı. Türkiye. . 2024
(I-5) Uluslararası sempozyum, kongre, çalıştay, festival,
bilimsel yaz okulu, bienal, trienal gibi bilimsel, sanatsal
ve tasarıma yönelik etkinliklerde görev almak;
uluslararası spor organizasyonlarında hakemlik,
antrenörlük, idarecilik yapmak.
1-) HIBIT2015 - 9th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics. Turkey. . 2015
(L-9) Rektörlük tarafından kurum içi/kurum dışı oluşturulan kurul ve komisyonlarda görev almak (her yıl için)
1-) Yapay Zeka Üst Komisyonu ve Çalışma Grubu. Türkiye. . 2024
2-) Engelli Öğrenci Birimi Koordinatörlüğü Yönetim Kurulu Üyesi. Türkiye. . 2024
3-) Staj, Uygulamalı Dersler ve İşletmede Mesleki EğitimYönetmeliği Hazırlama Komisyonu. Türkiye. . 2024
4-) Engelli Öğrenci Birimi Koordinatörlüğü Yönetim Kurulu Üyesi. Türkiye. . 2023
5-) Engelli Öğrenci Birimi Koordinatörlüğü Yönetim Kurulu Üyesi. Türkiye. . 2022
6-) Engelli Öğrenci Birimi Koordinatörlüğü Yönetim Kurulu Üyesi. Türkiye. . 2021
7-) Engelli Öğrenci Birimi Koordinatörlüğü Yönetim Kurulu Üyesi. Türkiye. . 2020