Personel

Doktor Öğretim Üyesi TUĞBA SÜZEK
Doktor Öğretim Üyesi
Tuğba Süzek
@ E-posta
tugbasuzek@mu.edu.tr
Telefon
0252 211 5484

Kadro Bilgileri

Görev Birimi

Mühendislik Fakültesi / Bilgisayar Mühendisliği Bölümü / Bilgisayar Yazılımı Abd

Kadro Birimi

Mühendislik Fakültesi / Bilgisayar Mühendisliği Bölümü / Bilgisayar Yazılımı Abd

Öğrenim Bilgileri

Lisans

Orta Doğu Teknik Universitesi Mühendislik Fakültesi Bilgisayar Mühendisliği 1997

Yüksek Lisans

Johns Hopkins University Whiting School of Engineering Bilgisayar Bilimleri 2000

Doktora

George Mason University School of Systems Biology Bioinformatics and Computational Biology 2012

Yayin Bilgileri

(A-1) SCI veya SCI Expanded, SSCI, AHCI tarafından taranan dergilerde yayımlanan tam makale

1-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2020. Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma. BMC Bioinformatics
2-) Bakar Dertlioğlu Selma, Edgünlü Tuba, Şen Deniz, Süzek Tuğba, 2019. Extracellular Matrix Protein 1 Gene Mutations In Turkish Patients With Lipoid Proteinosis. Indian Journal of Dermatology
3-) Süzek Tuğba, 2017. Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora. TURKISH JOURNAL OF ELECTRICAL ENGINEERING & COMPUTER SCIENCES
4-) Wang Y, Süzek Tuğba, Zhang J, Wang J, He S, Cheng T, Shoemaker B A, Gindulyte A, Bryant S H, 2014. PubChem BioAssay: 2014 update. Nucleic Acids Research
5-) Wang Y, Xiao J, Süzek Tuğba, Zhang J, Wang J, Zhou Z, Han L, Karapetyan K, Dracheva S, Shoemaker B A, Bolton E, Gindulyte A, S H Bryant, 2011. PubChem s BioAssay Database. Nucleic Acids Research
6-) Han L, Süzek Tuğba, Wang Yanli, Bryant S H, 2010. The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis. BMC Bioinformatics
7-) Wang Yanli, Xiao Jewen, Süzek Tuğba, Zhang Jian, Wang Jiyao, Bryant Stephen H, 2009. An overview of the PubChem BioAssay resource. Nucleic Acids Research
8-) Wang Y, Xiao J, Süzek Tuğba, Zhang J, Wang J, Bryant S H, 2009. PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules. Nucleic Acids Research
9-) Wheeler D L, Barrett T, Benson D A, Bryant S H, Canese K, Chetvernin V, Church D M, Dicuccio M, Edgar R, Federhen S, Geer L Y, Helmberg Wolfgang, Kapustin Y, Khovayko O, Landsman D, Lipman D J, Madden T L, Maglott D R, Miller V, Ostell J, Pruitt K D, Schriml L M, Schuler G D, Sequeira E, Sherry S T, Sherry S T, Sirotkin K, Souvorov A, Starchenko G, Kenton D, O Suzek Tugba, Tatusov R L, Tatusova T A, Wagner L, Yaschenko E, 2006. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research
10-) Barrett T, Süzek Tuğba, Troup D B, Wilhite S E, Ngau W C, Ledoux P, Rudnev D, Lash A E, Fujibuchi W, Edgar R, 2005. NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools. Nucleic Acids Research
11-) Wheeler D L, Barrett T, Benson D A, Bryant S H, Canese K, Church D M, Dicuccio M, Edgar R, Federhen S, Helmberg Wolfgang, Kenton D L, Khovayko O, Lipman D J, Madden T L, Maglott D R, Ostell J, Pontius J U, Pruitt Kd, Schuler Gregory, Schriml L M, Sequeira Edwin, Sherry S, Sirotkin K, Souvorov A, Starchenko G, Süzek Tuğba, Tatusov R, Tatusova T A, Wagner Lukas, Yaschenko E, 2004. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research
12-) Wheeler David, Church Deanna, Edgar Ron, Federhen Scott, Helmberg Wolfgang, Madden Thomas L, Pontius Joan U, Schuler Gregory D, Schriml Lynn M, Sequeira Edwin, Süzek Tuğba, Tatusova Tatiana A, Wagner Lucas, 2004. Database resources of the National Center for Biotechnology Information update. Nucleic Acids Research
13-) Bober Michael, Wiehe Kevin, Yung Christina, Süzek Tuğba, Lin Matthew, Baumgartner William, Winslow Raimond, 2002. CaGE Cardiac gene expression knowledgebase. Bioinformatics

(A-2) SCI veya SCI-Expanded , SSCI, AHCI tarafından taranan dergilerde yayımlanan teknik not, editöre mektup, tartışma, vaka takdimi ve özet türünden yayınlar

1-) Ergin Kemal, Erdogan A M, Gokmen Esra, Armagan Güliz, Olgun Hatice Nur, Aktas Safiye, Sehne Merve, Süzek Tuğba, Ozpolat Bulent, 2016. Changing the Face of Modern Medicine: Stem Cells and Gene Therapy Florence. Human Gene Therapy

(B-1) Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda sözlü olarak sunulan ve tam metin olarak yayımlanan bildiri

1-) Demircan Gül Sude, Kılıç Banu, Süzek Tuğba, 2020. Early Diagnosis and Prediction of Skeletal Class III Malocclusion from Profile Photos using Artificial Intelligence. 8th European Medical and Biological Engineering Conference (EMBEC 2020)
2-) Yousef Malik, Khaelifa Walid, Süzek Tuğba, 2019. In Silico Validation of ncRNA-ncRNA Interaction Sites with ncRNAs Represented by k-mers Features. BIOSTEC 2019 Proceedings of the12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies
3-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2019. A Meta-Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations in Lung Adenocarcinoma. The 6th International Workshop onComputational Network Biology: Modeling, Analysis, and Control(CNB-MAC 2019)
4-) Bayraktar Abdulahad, Süzek Tuğba, Süzek Barış Ethem, Baysal Ömür, 2019. A Meta-analysis of Gene Expression Data in Neurodegenerative Diseases. The 6th International Workshop onComputational Network Biology: Modeling, Analysis, and Control(CNB-MAC 2019)

(B-2) Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda sözlü olarak sunulan ve özet metin olarak yayımlanan bildiri.

1-) Abak Basak, Süzek Tuğba, 2019. TCGA Drug Summary Interface. Big Data Training School for Life Sciences Second edition - EU COST CHARME
2-) Süzek Tuğba, 2017. Bridging cheminformatics and bioinformatics with public tools. The International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics
3-) Ergin Kemal, Erdogan A M, Gokmen E, Armagan Gd, Olgun Hd, Aktas Sg, Sehne M, Süzek Tuğba, Ozpolat Bulent, 2016. Investigation of the cell death in pancreatic cancer after silencing of elongation factor 2 alpha by siRNA. Changing the Face of Modern Medicine: Stem Cells and Gene Therapy
4-) Winslow Rainbow, Baumgartner Jr William, Helm Patrick, Scollan David, Yung Christina, Süzek Tuğba, 2001. A Heart Failure Knowledgebase Combining Experimental Data with Tools for Integrative Biological Modeling. Workshop on Integration of Diverse Biological Data, Center for Discrete Mathematics and Computer Science

(B-3) Uluslararası kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda poster şeklinde sunulan ve özet metin olarak yayımlanan bildiri.

1-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2018. TCGA Lung Cancer Analysis Pipeline. Proceedings of the 2018 ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics - BCB ’xx18
2-) Süzek Tuğba, 2016. Using Latent Semantic Analysis for Automated Keyword Extraction from Large Document Corpora. The 24rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
3-) Süzek Tuğba, Wang Yanli, 2015. A text mining based comparison of RNAi screening assays to NIH chemical probes. International Conference on Transcriptomics
4-) Ceren Mikail, Demir Caner, Gunal Hazim Alpay, Süzek Tuğba, 2015. Özel Eğitim Kurumları Otomasyonu Projesi. The seventh International Congress of Educational Research
5-) Bober M.b., Suzek To., Wiehe K., Winslow R.l, 2001. The human cardiac gene expression knowledgebase. 5th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB)

(B-5) Ulusal kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda sözlü sunulan ve özet metin olarak yayımlanan bildiri.

1-) Esmeray Esra, Hatipoğlu Tevfik, Şeyhanlı Ahmet, Yuan Hongling, Olgun Aybüke, Taşkıran Emin, Hu Xiaozhou, Alacacıoğlu İnci, Erşen Danyeli Ayça, Özkal Şermin, Süzek Tuğba, Özcan Mehmet Ali, Küçük Can, 2020. Foliküler lenfoma olgularında somatik varyanların mutect2 biyoinformatik iş akışı kullanılarak belirlenmesi. V. Türkiye in vitro Diyagnostik Sempozyumu

(B-6) Ulusal kongre, sempozyum, panel, çalıştay gibi bilimsel, sanatsal toplantılarda poster şeklinde sunulan ve özet metin olarak yayımlanan bildiri.

1-) Zengin Talip, Süzek Tuğba, 2019. Meta-Analysis Pipeline for Genomics and Transcriptomics Variations in TCGA Data. The 12th International Symposium on Health Informatics And Bioinformatics
2-) Bakar Dertlioğlu Selma, Erol Şen Deniz, Edgünlü Tuba, Süzek Tuğba, 2017. Discussion of ECM1 gene mutations in patients with lipoid proteinosis LP diseases. Ulusal Tibbi Biyoloji ve Genetik Kongresi
3-) Turkmen Durdane, Sen Seyma, Ön Zeki Bora, Akçer Ön Sena, Süzek Tuğba, 2015. Jeoloji Verilerinin Mobil Telefonlarla Aktarılması ve Saklanması Projesi. Genç Yerbilimciler Kongresi

(D-10) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan dergilerde hakemlik

1-) PeerJ – The Journal of Life and Environmental Sciences. 2020. Hakemlik Sayısı: 1
2-) Plos One. 2018. Hakemlik Sayısı: 1
3-) Scientometrics. 2018. Hakemlik Sayısı: 1
4-) TÜRK TIP BİLİMLERİ DERGİSİ. 2018. Hakemlik Sayısı: 1
5-) Computers in Biology and Medicine. 2015. Hakemlik Sayısı: 1
6-) Bioinformatics. 2005. Hakemlik Sayısı: 2

(D-11) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışındaki uluslararası indexlerde taranan dergilerde hakemlik

1-) Meta Gene. 2018. Hakemlik Sayısı: 3

(D-12) Diğer bilimsel, sanatsal ya da mesleki hakemli hakemlik

1-) Türkiye Bilişim Vakfı Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Dergisi. 2020. Hakemlik Sayısı: 1
2-) UBMK. 2018. Hakemlik Sayısı: 4
3-) 9th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT2015). 2015. Hakemlik Sayısı: 5

(D-2) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışındaki uluslararası indexlerde taranan dergilerde baş editörlük

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2018. Mugla Journal of Science and Technology.

(D-5) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafında taranan dergilerde yardımcı editörlük/ alan editörlüğü ya da yayın kurulu üyeliği.

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2016. Turkish Journal Electrical Engineering Computer Sciences.

(D-6) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışındaki uluslararası indekslerde taranan dergilerde yardımcı editörlük/ alan editörlüğü ya da yayın kurulu üyeliği

1-) Editörlük Türü: Dergi. 2015. Mugla Journal of Science and Technology.

(E-1) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan dergilerde olmak üzere adayın yazar olarak yer almadığı SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan yayınlarda adayın eserlerine yapılan atıf.

1-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
2-) Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
3-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 10
4-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 11
5-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 3
6-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
7-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1
8-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 3
9-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 3
10-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 15
11-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 58
12-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 29
13-) Using latent semantic analysis for automated keyword extraction from large document corpora - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 1
14-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 14
15-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 1
16-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 13
17-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 4
18-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 7
19-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 26
20-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 1
21-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 22
22-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 58
23-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 24
24-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 2
25-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 44
26-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 6
27-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 3
28-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 59
29-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 20
30-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 39
31-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 9
32-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 5
33-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 6
34-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 7
35-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 11
36-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 1
37-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 53
38-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 28
39-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 75
40-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 4
41-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 33
42-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 3
43-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 2
44-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 37
45-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 3
46-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 78
47-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 30
48-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 1
49-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 52
50-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 1
51-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 9
52-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 19
53-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 27
54-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 17
55-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 48
56-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 7
57-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 29
58-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 62
59-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 11
60-) PubChem BioAssay: 2014 update - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 12
61-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 3
62-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 3
63-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 10
64-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 74
65-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 36
66-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 5
67-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 49
68-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 29
69-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 12
70-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 13
71-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 35
72-) PubChem s BioAssay Database - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 18
73-) The Text mining based PubChem Bioassay neighboring analysis - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 1
74-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 68
75-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 28
76-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 13
77-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2012 Atıf Sayısı: 6
78-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 10
79-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 4
80-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 33
81-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 2
82-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 62
83-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 40
84-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2011 Atıf Sayısı: 17
85-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 22
86-) An overview of the PubChem BioAssay resource - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 10
87-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 46
88-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 37
89-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 8
90-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2010 Atıf Sayısı: 15
91-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 9
92-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 21
93-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 7
94-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 53
95-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 1
96-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2009 Atıf Sayısı: 34
97-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 42
98-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 48
99-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 21
100-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2008 Atıf Sayısı: 7
101-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 45
102-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 14
103-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 105
104-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 1
105-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2007 Atıf Sayısı: 109
106-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 1
107-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 61
108-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 99
109-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 109
110-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2006 Atıf Sayısı: 50
111-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 102
112-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 63
113-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2005 Atıf Sayısı: 34
114-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2004 Atıf Sayısı: 2
115-) Database resources of the National Center for Biotechnology Information update - Atıf Yılı: 2004 Atıf Sayısı: 38
116-) CaGE Cardiac gene expression knowledgebase - Atıf Yılı: 2003 Atıf Sayısı: 2

(E-3) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI tarafından taranan dergilerde olmak üzere adayın yazar olarak yer almadığı SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışında taranan yayınlarda adayın eserlerine yapılan atıf

1-) PubChem a public information system for analyzing bioactivities of small molecules - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 10

(E-4) SCI veya SCI-Expanded, SSCI ve AHCI dışındaki uluslararası indekslerde taranan dergilerde adayın yazar olarak yer almadığı yayınlarda, adayın eserlerine yapılan atıf.

1-) NCBI GEO mining millions of expression profiles database and tools - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 5

(F-2) Yönetiminde tamamlanmış yükseklisans tezleri.

1-) Tez Adı: Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma. Konu: Bioinformatics. TALİP-ZENGİN. 2019

(F-3) Lisansüstü/Tıpta Uzmanlık/ Sanatta Yeterlilik tez çalışmaları savunma sınavlarında jüri üyesi olarak görev almak

1-) Tez Adı: HOLOCENE ENVIRONMENTAL RECONSTRUCTION OF LAKE BAFA (SW, ANATOLIA) BY STATISTICAL ANALYSES OF OSTRACOD AND BENTHIC FORAMINIFER ASSEMBLAGES. Konu: HOLOCENE ENVIRONMENTAL RECONSTRUCTION OF LAKE BAFA (SW, ANATOLIA) BY STATISTICAL ANALYSES OF OSTRACOD AND BENTHIC FORAMINIFER ASSEMBLAGES. Rana-Salihoğlu. 2019
2-) Tez Adı: UNDERSTANDING NEURODEGENERATION: PATHWAY ANALYSIS OF NEURODEGENERATIVE DISORDERS BY MERGED AND META-ANALYZED GENE EXPRESSION DATA. Konu: UNDERSTANDING NEURODEGENERATION: PATHWAY ANALYSIS OF NEURODEGENERATIVE DISORDERS BY MERGED AND META-ANALYZED GENE EXPRESSION DATA. Abdulahad-Bayraktar. 2019
3-) Tez Adı: BOR MADENLERİNDEN İZOLE EDİLEN BAZI ZHİHENGLİUELLA SUŞLARININ TUZ TOLERANS GENLERİNİN ARAŞTIRILMASI. Konu: BOR MADENLERİNDEN İZOLE EDİLEN BAZI ZHİHENGLİUELLA SUŞLARININ TUZ TOLERANS GENLERİNİN ARAŞTIRILMASI. Esra-Esmeray. 2018

(G-2) Uluslar arası kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev(araştırmacı, eğitmen, danışman, vb. olarak)

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Pankreas kanserinde elongasyon inisiyasyon faktör 2 alfa eIF2a nın siRNA small interfering RNA ile susturulması in vitro ve in vivo sonrasında hücre ölümünün araştırılması. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Pankreas kanserinde elongasyon inisiyasyon faktör 2 alfa eIF2a nın siRNA small interfering RNA ile susturulması in vitro ve in vivo sonrasında hücre ölümünün araştırılması. 2015-2017
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: PubChem Molecular Libraries Small Molecule Repository. Proje Türü: ARAŞTIRMA PROJESİ. NIH Molecular Libraries Program. 2006-2013

(G-3) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB (1002 ve 3001 hariç tüm projeler)SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan proje yürütücülüğü

1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Kanser ilaç yeniden konumlandırma için web platformu geliştirilmesi . Proje Türü: Diğer kamu kuruluşları (Yükseköğretim Kurumları hariç). TÜSEB - Sistem Biyolojisi ve Biyoinformatik Stratejik Ar-Ge Proje Çağrısı (2019-TA-01). 2020-2022
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: TUBITAK 2223D, I Immunogenomics Workshop. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. TÜBİTAK ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri NIH İşbirliği. 2015-2016
3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Tubitak 2232. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Tubitak 2232 - Kemoenformatik modelleme veritabanından anahtar kelime ayıklanması için metin madenciliği tekniklerinin geliştirilmesi. 2014-2016

(G-4) TÜBİTAK, TÜBA, KOSGEB, (1002 ve 3001 hariç tüm projeler)SBB, Bakanlıklar vb. kamu kurumları veya özel kuruluşlarca desteklenen ve tamamlanan projede görev (araştırmacı, eğitmen, danışman vb. olarak)

1-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Danışman. Konu: Küçük ve Orta Ölçekli İşletmeler için Açık Kaynak Kodlu ve Ücretsiz bir ERP Yazılımı Geliştirilmesi”. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. TÜBİTAK 2209B, Küçük ve Orta Ölçekli İşletmeler için Açık Kaynak Kodlu ve Ücretsiz bir ERP Yazılımı Geliştirilmesi”. 2020-2020
2-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Danışman. Konu: İnteraktif Sanal Dünyada Egzersize Teşvik Eden Mobil Oyun. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. 2209A Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Destekleme Programı. 2020-2020
3-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Danışman. Konu: Alzheimer Hastalarının Takibi ve Hastalığın İlerlemesini Yavaşlatma Amaçlı Bileklik Uyumlu Mobil Uygulama Geliştirilmesi. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. 2209A Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Destekleme Programı. 2020--1
4-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Danışman. Konu: Tarımda Üretici, Tüketici ve Taşımacıyı Ülke Çapında Birleştiren Ağ Uygulamas. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. 2209A Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Desteği. 2020--1
5-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Danışman. Konu: Profil Fotoğraflarından Mobil Uygulama ile İskeletsel Sınıf III Maloklüzyon Erken Teşhis ve Tahmini. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. 2209A Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Desteği. 2020-2020
6-) Proje Durum: Devam Ediyor. Projedeki Görev: Araştırmacı. Konu: Orthodontics. Proje Türü: -Tübitak 1001. 119S125. 2019--1

(G-7) Tamamlanmış Bilimsel Araştırma Projelerinde (BAP) yürütücülük

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: BAP ArGe. Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. Melanoma için İmmün Tedavilerine İmmün Yanıtı Öngören Biyobelirteç Adaylarının İn siliko Tanımlanması. 2016-2018
2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: 9 Uluslararası Sağlık Bilişimi ve Biyoinformatik Sempozyumu HIBIT konferansı. Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları tarafından destekli bilimsel araştırma projesi. 9 Uluslararası Sağlık Bilişimi ve Biyoinformatik Sempozyumu HIBIT konferansı. 2015-2016

(I-1) Uluslar arası sanat ve tasarım yarışma jürilerinde görev almak

1-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2017
2-) Bilgisayar Mühendisliği Bölüm Başkan Yardımcılığı. Türkiye. . 2017
3-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2016
4-) Biyoinformatik Anabilim Dalı. Türkiye. . 2015

(I-12) Bölüm başkanlığı, Dekan/Yüksekokul/Enstitü yardımcılığı (her yıl için

1-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2020
2-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2019
3-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2018
4-) Biyoinformatik Anabilim Dalı Başkanlığı. Türkiye. . 2018

(I-13) Bölüm başkan yardımcılığı ve anabilim dalı başkanlığı (her yıl için)

1-) Bilgisayar Mühendisliği Bölüm Başkan Yardımcılığı. Türkiye. . 2019
2-) Bilgisayar Mühendisliği Bölüm Başkan Yardımcılığı. Türkiye. . 2018

(I-14) Azami ders saati dışında verilen dersler (her yarıyıl için ders başına) (toplamda yıllık 30 puanı geçemeyecek şekilde)

1-) Programming Languages. Muğla. . 2019

(I-15) Rektörlük tarafından oluşturulan kurul ve komisyonlarda görev almak (her yıl için)

1-) Uluslararası Yaz Okulu Komisyonu. Muğla. . 2019
2-) Uluslararası Ortak Program Komisyonu. Muğla. . 2019

(I-3) Uluslararası sempozyum, kongre, çalıştay, festival, bilimsel yaz okulu, bienal, trienal gibi bilimsel, sanatsal ve tasarıma yönelik etkinliklerde başkanlık yapmak. uluslararası sportif organizasyonlarında yöneticilik, düzenleme kurulu üyeliği yapmak.

1-) I.Immunogenomics Workshop. Turkiye. . 2015
2-) HIBIT 2015. Muğla. . 2015

(I-5) Uluslararası sempozyum, kongre, çalıştay, festival, bilimsel yaz okulu, bienal, trienal gibi bilimsel, sanatsal ve tasarıma yönelik etkinliklerde görev almak; uluslararası spor organizasyonlarında hakemlik, antrenörlük, idarecilik yapmak.

1-) HIBIT 2019. İzmir. . 2019
2-) HIBIT2018. Türkiye. . 2018
3-) HIBIT2017. Kıbrıs. . 2017

(I-6) Ulusal sempozyum, kongre, çalıştay, festival, bilimsel yaz okulu, bienal, trienal gibi bilimsel, sanatsal ve tasarıma yönelik etkinliklerde görev almak; ulusal spor organizasyonlarında hakemlik, antrenörlük, idarecilik yapmak.

1-) TOK2019. Türkiye. . 2019

(I-7) Alanı ile ilgili olarak; uluslararası panel, konferans, seminer, kurs, açık oturum ve söyleşi gibi etkinliklerde davetli konuşmacı ya da panelist olarak görev almak.

1-) CNB-MAC 2019. ABD. . 2019
2-) HIBIT2017 ,10th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics. KKTC. . 2017

(I-9) Alanı ile ilgili kurum içi yada kurumdışı komisyon veya kurullarda görev yapmak (her yıl için )

1-) COST ML4Microbiome Brussels Workgroup Meeting. Belçika. . 2020
2-) ICPerMed Workshop, Sağlık Bakanlığı. İspanya. . 2019
3-) COST ML4Microbiome FORTH Crete Management Commitee Meeting. Yunanistan. . 2019

Verdiği Dersler

BINF5090 2019-2020 Bahar

SEMINAR

BINF5701 2019-2020 Bahar

SPECIAL STUDIES

BINF5702 2019-2020 Bahar

SPECIAL STUDIES

BINF5704 2019-2020 Bahar

SPECIAL STUDIES

BINF6090 2019-2020 Bahar

SEMINAR

BINF6701 2019-2020 Bahar

SPECIAL STUDIES

BINF6702 2019-2020 Bahar

SPECIAL STUDIES

CENG 2008 2019-2020 Bahar

Database Management Systems

CENG 3001 2019-2020 Bahar

Summer Practice I

CENG 4011 2019-2020 Bahar

Senior Design Project I

CENG 4012 2019-2020 Bahar

Senior Design Project II

BINF5524 2019-2020 Güz

BIOINFORMATICS PROGRAMMING

CENG 3001 2019-2020 Güz

Summer Practice I

CENG 3003 2019-2020 Güz

Design and Analysis of Algorithms

CENG 4011 2019-2020 Güz

Senior Design Project I

CENG 4012 2019-2020 Güz

Senior Design Project II

CENG 2002 2018-2019 Bahar

Programming Language Concepts

CENG 2008 2018-2019 Bahar

Database Management Systems

CENG 3001 2018-2019 Bahar

Summer Practice I

CENG 4001 2018-2019 Bahar

Summer Practice II

CENG 4012 2018-2019 Bahar

Senior Design Project II

CENG 2008 2018-2019 Güz

Database Management Systems

CENG 3001 2018-2019 Güz

Summer Practice I

CENG 3003 2018-2019 Güz

Design and Analysis of Algorithms

CENG 3521 2018-2019 Güz

Data Mining

CENG 4001 2018-2019 Güz

Summer Practice II

CENG 4011 2018-2019 Güz

Senior Design Project I

CENG 4012 2018-2019 Güz

Senior Design Project II

CENG 4525 2018-2019 Güz

Introduction to Bioinformatics