1-) Barcın Güzeldere Hatice Kübra, Aksoy Meral, Demircan Turan, Yavuz Mervenur, Beler Mahmut, 2023. Association between the anthropometric measurements and dietary habits on telomere shortening in healthy older adults: A-cross-sectional study. Geriatrics and Gerontology International

2-) Yavuz Mervenur, Demircan Turan, 2023. A potent ion channel blocker, hydroquinidine, exhibits strong anti-cancer activity on colon, pancreatic, and hepatocellular cancer cells. Springer Science and Business Media LLC

3-) Bay Sadık, Öztürk Gürkan, Emekli Nesrin, Demircan Turan, 2023. Downregulation of Yap1 during limb regeneration results in defective bone formation in axolotl. Developmental Biology

4-) Yavuz Mervenur, Şahin Betül, Baykal Ahmet Tarık, Demircan Turan, 2023. Hydroquinidine displays a significant anticarcinogenic activity in breast and ovarian cancer cells via inhibiting cell-cycle and stimulating apoptosis. TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY

5-) Bölük Aydın, Yavuz Mervenur, Takanlou Maryam Sabour, Biray Avcı Çığır, Demircan Turan, 2023. In vitro anti-carcinogenic effect of andarine as a selective androgen receptor modulator on MIA-PaCa-2 cells by decreased proliferation and cell-cycle arrest at G0/G1 phase. Biochemical and Biophysical Research Communications

6-) Yavuz Mervenur, Demircan Turan, 2023. The Effect of Hydroquinidine on Proliferation and Apoptosis of TMZ-sensitive and -resistant GBM Cells. Bentham Science Publishers Ltd.

7-) Yavuz Mervenur, Takanlou Leila Sabour, Biray Avcı Çığır, Demircan Turan, 2023. A selective androgen receptor modulator, S4, displays robust anti-cancer activity on hepatocellular cancer cells by negatively regulating PI3K/AKT/mTOR signalling pathway.. Gene

8-) Demircan Turan, Süzek Barış Ethem, 2023. The Dynamic Landscapes of Circular RNAs in Axolotl, a Regenerative Medicine Model, with Implications for Early Phase of Limb Regeneration. OMICS: A Journal of Integrative Biology

9-) Bölük Aydın, Yavuz Mervenur, Demircan Turan, 2022. Axolotl: A resourceful vertebrate model for regeneration and beyond. Developmental Dynamics

10-) Demircan Turan, Sibai Mustafa, Avşaroğlu Mahmut Erhan, Altuntaş Ebru, Ovezmyradov Guvanchmyrat, 2021. The first report on circulating microRNAs at Pre- and Post-metamorphic stages of axolotls. Gene

11-) Demircan Turan, Yavuz Mervenur, Akgül Sıddıka, 2021. m6A Pathway Regulators Are Frequently Mutated in Breast Invasive Carcinoma and May Play an Important Role in Disease Pathogenesis. OMICS: A Journal of Integrative Biology

12-) Sibai Mustafa, Altuntaş Ebru, Süzek Barış Ethem, Şahin Betül, Parlayan Cüneyd, Öztürk Gürkan, Baykal Ahmet Tarık, Demircan Turan, 2020. Comparison of protein expression profile of limb regeneration between neotenic and metamorphic axolotl. BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS

13-) Demircan Turan, Hacıbektaşoğlu Harbiye, Sibai Mustafa, Fesçioğlu Ece Cana, Altuntaş Ebru, Öztürk Gürkan, Süzek Barış Ethem, 2020. Preclinical Molecular Signatures of Spinal Cord Functional Restoration: Optimizing the Metamorphic Axolotl (Ambystoma mexicanum) Model in Regenerative Medicine. OMICS: A Journal of Integrative Biology

14-) Sibai Mustafa, Altuntaş Ebru, Yıldırım Berna, Öztürk Gürkan, Yıldırım Süleyman, Demircan Turan, 2020. Microbiome and Longevity: High Abundance of Longevity-Linked Muribaculaceae in the Gut of the Long-Living Rodent Spalax leucodon. OMICS: A Journal of Integrative Biology

15-) Sibai Mustafa, Parlayan Cüneyd, Pelin Tuğlu, Öztürk Gürkan, Demircan Turan, 2019. Integrative Analysis of Axolotl Gene Expression Data from Regenerative and Wound Healing Limb Tissues. Scientific Reports

16-) Demircan Turan, İlhan Ayşe Elif, Ovezmyradov Guvanchmyrat, Öztürk Gürkan, Yıldırım Süleyman, 2019. Longitudinal 16S rRNA data derived from limb regenerative tissue samples of axolotl Ambystoma mexicanum. Scientific Data

17-) Demircan Turan, Ovezmyradov Guvanchmyrat, Yıldırım Berna, Keskin İlknur, İlhan Ayşe Elif, Fesçioğlu Ece Cana, Öztürk Gürkan, Yıldırım Süleyman, 2018. Experimentally induced metamorphosis in highly regenerative axolotl (ambystoma mexicanum) under constant diet restructures microbiota. Scientific Reports

18-) Keskin İlknur, Yıldırım Berna, Kolbaşı Bircan, Öztürk Gürkan, Demircan Turan, 2017. A Comparative Study of Fixatives for Axolotl Blastema Tissue. International Journal of Morphology

19-) Wudarski Jakub, Simanov Daniil, Ustyantsev Kirill, De Mulder Katrien, Grelling Margriet, Grudniewska Magda, Beltman Frank, Glazenburg Lisa, Demircan Turan, Wunderer Julia, Qi Weihong, Vizoso Dita B., Weissert Philipp M., Olivieri Daniel, Mouton Stijn, Guryev Victor, Aboobaker Aziz, Scharer Lukas, Ladurner Peter, Berezikov Eugene, 2017. Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano. NATURE COMMUNICATIONS

20-) Demircan Turan, İlhan Ayşe Elif, Aytürk Nilüfer, Yıldırım Berna, Öztürk Gürkan, Keskin İlknur, 2016. A histological atlas of the tissues and organs of neotenic and metamorphosed axolotl. Acta Histochemica

21-) Demircan Turan, Berezikov Eugene, 2013. The Hippo Pathway Regulates Stem Cells During Homeostasis and Regeneration of the Flatworm Macrostomum Lignano. Stem Cells and Development

22-) Demircan Turan, Akkaya Mahinur, 2010. Virus induced gene silencing in Brachypodium distachyon, a model organism for cereals. Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC)

1-) Jantsch Michael F, Quattrone Alessandro, O’xxconnell Mary, Helm Mark, Frye Michaela, Macias-gonzales Manuel, Ohman Marie, Ameres Stefan, Willems Luc, Fuks Francois, Oulas Anastasis, Vanacova Stepanka, Nielsen Henrik, Bousquet-antonelli Cecile, Motorin Yuri, Roignant Jean-yves, Balatsos Nikolaos, Dinnyes Andras, Baranov Pavel, Kelly Vincent, Lamm Ayelet, Rechavi Gideon, Pelizzola Mattia, Liepins Janis, Holodnuka Kholodnyuk Irina, Zammit Vanessa, Ayers Duncan, Drablos Finn, Dahl John Arne, Bujnicki Janusz, Jeronimo Carmen, Almeida Raquel, Neagu Monica, Costache Marieta, Bankovic Jasna, Banovic Bojana, Kyselovic Jan, Valor Luis Miguel, Selbert Stefan, Pir Pinar, Demircan Turan, Cowling Victoria, Schäfer Matthias, Rossmanith Walter, Lafontaine Denis, David Alexandre, Carre Clement, Lyko Frank, Schaffrath Raffael, Schwartz Schraga, Verdel Andre, Klungland Arne, Purta Elzbieta, Timotijevic Gordana, Cardona Fernando, Davalos Alberto, Ballana Ester, Ocarroll Donal, Ule Jernej, Fray Rupert, 2018. Positioning Europe for the EPITRANSCRIPTOMICS challenge. RNA Biology

2-) Demircan Turan, Keskin İlknur, Dumlu Seda Nilgün, Aytürk Nilüfer, Avşaroğlu Mahmut Erhan, Akgün Emel, Öztürk Gürkan, Baykal Ahmet Tarık, 2017. Detailed tail proteomic analysis of axolotl (Ambystoma mexicanum) using an mRNA-seq reference database. PROTEOMICS

3-) Schwank Gerald, Koo Bonkyoung, Sasselli Valentina, Dekkers Johanna F, Heo Inha, Demircan Turan, Sasaki Nobuo, Boymans Sander, Cuppen Edwin, Ent Cornelis K Van Der, Nieuwenhuis Edward Es, Beekman Jeffrey M, Clevers Hans, 2013. Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients. Cell Stem Cell

1-) Gümüş Evren, Temiz Ebru, Demircan Turan, Sarıkaya Baran, Yüksekdağ Özgür, Bozkurt Celal, Koyuncu İsmail, Öz Özlem, 2022. The Link between miR-96 Levels and the Developmental Dysplasia of the Hip. Gazi Medical Journal

2-) Demircan Turan, Yavuz Mervenur, Kaya Egemen, Akgül Sıddıka, Altuntaş Ebru, 2021. Cellular and Molecular Comparison of Glioblastoma Multiform Cell Lines. Cureus

3-) Demircan Turan, 2020. Dissecting the Molecular Signature of Spinal Cord Regeneration in the Axolotl Model. Cureus

1-) Demircan Turan, Sibai Mustafa, Altuntaş Ebru, 2020. Proteome data to explore the axolotl limb regeneration capacity at neotenic and metamorphic stages. Data in Brief

1-) Yavuz Mervenur, Akgül Sıddıka, Kaya Egemen, Demircan Turan, 2022. Conditioned Medium of Glioblastoma Cells Decreases the Viability of Each Other by Modulating Apoptosis- and Proliferation-Related Gene Expression. Jentashapir Journal of Cellular and Molecular Biology

1-) Demircan Turan, Avşaroğlu Mahmut Erhan, Öztürk Gürkan, Keskin İlknur, 2017. Aksolotl Rejenerasyonunun Farklı Evrelerinde miRNA Profilinin Bulunması ve Bulunan miRNA’xxların Görevlerinin In-siliko Analizi. Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıp Dergisi

2-) Demircan Turan, Keskin İlknur, Günal Mehmet Yalçın, İlhan Ayşe Elif, Aytürk Nilüfer, Kolbaşı Bircan, Öztürk Gürkan, 2016. Axolotl cells and tissues enhance cutaneous wound healing in mice. Journal of Experimental and Clinical Medicine

3-) Keskin İlknur, Demircan Turan, Bedri Nejda, Köroğlu Nadiye, 2016. FARE ÖSTRUS SİKLUSU’NUN FARKLI FAZLARINDAPLIN2 VE PLIN3 EKSPRESYONU. Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıp Dergisi

1-) Demircan Turan, 2019. Identification of Axolotl Circulating miRNA Profile Puring Limb Regeneration. 5th International Congress onNatural and Engineering Sciences

2-) Demircan Turan, 2019. Next-generation sequencing to identify the molecular regulators of spinal cord regeneration in axolotl. 2nd International Eurasian Conference onBiological and Chemical Sciences(EurasianBioChem 2019)

1-) Demircan Turan, 2022. Hastalıkta ve Sağlıkta Hücre Ölümü - Mekanizmaları ve Deneysel Araştırma Modelleri/Yüksek Rejenerasyon Kapasitesine Sahip Aksolotl Modelinin Rejeneratif Tıp Araştırmalarında Kullanımı. Yayın Evi: Manisa Celal bayar Üniversitesi Basımevi Editör Adı: Seda Vatansever

1-) OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2024. Hakemlik Sayısı: 1

2-) Comparative Biochemistry and Physiology - Part D: Genomics and Proteomics. 2024. Hakemlik Sayısı: 1

3-) Computational and Structural Biotechnology Journal. 2024. Hakemlik Sayısı: 1

4-) OMICS: A Journal of Integrative Biology . 2023. Hakemlik Sayısı: 1

5-) CNS & Neurological Disorders - Drug Targets. 2022. Hakemlik Sayısı: 1

6-) OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2022. Hakemlik Sayısı: 1

7-) Journal of Environmental Sciences. 2022. Hakemlik Sayısı: 1

8-) Developmental Dynamics. 2021. Hakemlik Sayısı: 1

9-) Zoological Research. 2021. Hakemlik Sayısı: 1

10-) OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2021. Hakemlik Sayısı: 1

11-) Experimental Eye Research. 2020. Hakemlik Sayısı: 1

12-) Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2020. Hakemlik Sayısı: 1

13-) Developmental Biology. 2020. Hakemlik Sayısı: 1

14-) OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2020. Hakemlik Sayısı: 1

1-) Microbiome and Longevity: High Abundance of Longevity-Linked Muribaculaceae in the Gut of the Long-Living Rodent Spalax leucodon - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 13

2-) Axolotl: A resourceful vertebrate model for regeneration and beyond - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

3-) Conditioned Medium of Glioblastoma Cells Decreases the Viability of Each Other by Modulating Apoptosis- and Proliferation-Related Gene Expression - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3

4-) Hydroquinidine displays a significant anticarcinogenic activity in breast and ovarian cancer cells via inhibiting cell-cycle and stimulating apoptosis - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

5-) Integrative Analysis of Axolotl Gene Expression Data from Regenerative and Wound Healing Limb Tissues - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3

6-) Comparison of protein expression profile of limb regeneration between neotenic and metamorphic axolotl - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

7-) The first report on circulating microRNAs at Pre- and Post-metamorphic stages of axolotls - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

8-) Dissecting the Molecular Signature of Spinal Cord Regeneration in the Axolotl Model - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 3

9-) Association between the anthropometric measurements and dietary habits on telomere shortening in healthy older adults: A-cross-sectional study - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

10-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 39

11-) Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 6

12-) Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 6

13-) m6A Pathway Regulators Are Frequently Mutated in Breast Invasive Carcinoma and May Play an Important Role in Disease Pathogenesis - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1

14-) Preclinical Molecular Signatures of Spinal Cord Functional Restoration: Optimizing the Metamorphic Axolotl (Ambystoma mexicanum) Model in Regenerative Medicine - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1

15-) Microbiome and Longevity: High Abundance of Longevity-Linked Muribaculaceae in the Gut of the Long-Living Rodent Spalax leucodon - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 23

16-) Dissecting the Molecular Signature of Spinal Cord Regeneration in the Axolotl Model - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 4

17-) Comparison of protein expression profile of limb regeneration between neotenic and metamorphic axolotl - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 1

18-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2022 Atıf Sayısı: 66

19-) Microbiome and Longevity: High Abundance of Longevity-Linked Muribaculaceae in the Gut of the Long-Living Rodent Spalax leucodon - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 8

20-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 112

21-) Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 9

22-) A histological atlas of the tissues and organs of neotenic and metamorphosed axolotl - Atıf Yılı: 2021 Atıf Sayısı: 3

23-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 105

24-) Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 7

25-) A histological atlas of the tissues and organs of neotenic and metamorphosed axolotl - Atıf Yılı: 2020 Atıf Sayısı: 1

26-) A histological atlas of the tissues and organs of neotenic and metamorphosed axolotl - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 1

27-) Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 8

28-) Positioning Europe for the EPITRANSCRIPTOMICS challenge - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 2

29-) Experimentally induced metamorphosis in highly regenerative axolotl (ambystoma mexicanum) under constant diet restructures microbiota - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 1

30-) Detailed tail proteomic analysis of axolotl (Ambystoma mexicanum) using an mRNA-seq reference database - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 2

31-) The Hippo Pathway Regulates Stem Cells During Homeostasis and Regeneration of the Flatworm Macrostomum Lignano - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 1

32-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2019 Atıf Sayısı: 88

33-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 108

34-) The Hippo Pathway Regulates Stem Cells During Homeostasis and Regeneration of the Flatworm Macrostomum Lignano - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 4

35-) Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 5

36-) A histological atlas of the tissues and organs of neotenic and metamorphosed axolotl - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 2

37-) Detailed tail proteomic analysis of axolotl (Ambystoma mexicanum) using an mRNA-seq reference database - Atıf Yılı: 2018 Atıf Sayısı: 2

38-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2017 Atıf Sayısı: 123

39-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 115

40-) The Hippo Pathway Regulates Stem Cells During Homeostasis and Regeneration of the Flatworm Macrostomum Lignano - Atıf Yılı: 2016 Atıf Sayısı: 4

41-) The Hippo Pathway Regulates Stem Cells During Homeostasis and Regeneration of the Flatworm Macrostomum Lignano - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 4

42-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2015 Atıf Sayısı: 88

43-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 49

44-) The Hippo Pathway Regulates Stem Cells During Homeostasis and Regeneration of the Flatworm Macrostomum Lignano - Atıf Yılı: 2014 Atıf Sayısı: 4

45-) Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients - Atıf Yılı: 2013 Atıf Sayısı: 1

1-) Microbiome and Longevity: High Abundance of Longevity-Linked Muribaculaceae in the Gut of the Long-Living Rodent Spalax leucodon - Atıf Yılı: 2023 Atıf Sayısı: 1

1-) Tez Adı: KOŞULLANDIRILMIŞ MEDYUM VE KİNİN BENZERİ MOLEKÜLLERİN GBM HÜCRELERİ ÜZERİNDEKİ ETKİSİNİN HÜCRESEL VE MOLEKÜLER ANALİZLERİ. Konu: GBM kanseri için anti karsinojenik yaklaşımların geliştirilmesi. MERVENUR-YAVUZ. 2022

2-) Tez Adı: Farklı Glioma Türlerinde Biyoinformatik Araçlar Kullanımıyla Epitranskriptom Penceresinden Biyobelirteçlerin Tanımlanması. Konu: GBM kanseri için anti karsinojenik yaklaşımların geliştirilmesi. GAYE-AÇCAN. 2022

1-) Tez Adı: Aksolotta omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemleri ile tanımlanması. Konu: Aksolot (Ambystoma mexicanum), amfibi sınıfı, semender grubuna mensup bir rejenerasyon kapasitesi son derece yüksek olan bir omurgalı canlı türüdür. Yenilenme ve doku tamir mekanizması hala tam olarak anlaşılmamakla birlikte, bir hasar durumunda uzuvlarını (ön ve arka ayaklarını), kuyruğunu, iç organlarını ve merkezi sinir sistemi organları olan beyin ile omuriliği yenileme yeteneğine sahiptir. Aksolotta ampute edilmiş bir organın tekrar oluşumunun başarılı olması rejenerasyona spesifik bir doku olan blastema dokusunun oluşmasıyla ilişkilidir. Aksolotların çok sayıda fonksiyonel ve yapısal protein ile sinyal yolağının memelilerle aynı olması aksolotlarla yapılan deneylerden elde edilecek bilgilerin memelilerde uygulanma potansiyelini artırmaktadır. Bu tez kapsamında omurilik hasarının sürecinde önemli roller oynayan mekanizmaların bulunabilmesi için neotenik ve metamorfik aksolotta omurilik hasarı sonrası farklı zaman aralıklarında (0.saat, 6.saat, 12.saat, 24.saat, 4.gün ve 7.gün) hasar bölgesinden blastema örnekleri alınmış, bu örneklerin proteomiks çalışmaları yapılarak, omurilik rejenerasyonunda rol oynayan proteinlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Cerrahi operasyonlar sonrasında hem neotenik hem de metamorfik aksolotların omuriliklerini rejenere edebildiği görülmüştür. Metamorfik aksolotlarda cerrahi operasyon sonrası abdomen bölgesinde sıvı birikimi gözlemlenmesinin, metamorfozu ile beraber değiştiği düşünülen immün sistem ile ilişkili olabileceği öne sürülmüştür. Buna ek olarak yapılan proteom dizi analizlerinde TRIzol protein izolasyonunu takiben izlenen FASP örnek hazırlama protokolü arasındaki uyumsuzluk olduğu görülmüştür. TRIzol protein izolasyonunu takiben FASP protokolüne geçilmesi tanımlanabilecek protein sayısını düşürdüğü, FASP protkolü hem protein izolasyonu ve hem de örnek hazırlığı için tercih edildiğinde ise tanımlanan protein sayısının arttığı görülmüştür.. ECE CANA-FESÇİOĞLU. 2018

2-) Tez Adı: Aksolot'da omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların yeni-nesil RNA dizileme ile tanımlanması. Konu: Aksolot beyin ve omurilik de dahil olmak üzere birçok organ ve uzuvlarını rejenere edebilme kapasitesi sayesinde araştırmacıların model organizma olarak kullandığı önemli bir canlıdır. Aksolotun böylesine bir rejeneratif kapasiteye sahip olmasının altında yatan moleküler mekanizmaların ne olduğu konusunda araştırmalar halen devam etmektedir. Memelilerin genel olarak rejenerasyon kapasitesinin kısıtlı olması ve özelde de merkezi sinir sistemi hasarlarını tamamen düzeltememelerine karşılık aksolotda merkezi sinir sistemi rejenerasyonu başarısını sağlayan gen ve yolaklar merak uyandırmaktadır. Transkriptom canlıların belirli bir organ, doku ya da hücre veya belirli bir zaman dilimi için ifade RNA profilinin tümüne verilen isimdir. Bu çalışmada da transkriptom analizinden faydalanarak sinir rejenerasyonunda yer alan çeşitli faktörlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Bunun için neotenik aksolotlar kuyruk bölgesinden kesilmiş olup; 0.gün, 1.gün, 4.gün ve 7.gün örnekleri alınarak bu örnekler için RNA dizileme çalışması yapılmıştır. Tanımlanan RNA’lardan anlamlı olarak ifade edilenler, PANTHER Sınıflandırma Sistemi’yle moleküler fonksiyon, biyolojik süreç, hücresel bileşen ve protein sınıf analizi belirlenmiş, STRING veri tabanı ile de protein-protein etkileşimi analiz edilmiştir.. HARBİYE-HACIBEKTAŞOĞLU. 2018

3-) Tez Adı: Aksolotl'da kuyruk rejenerasyonunu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemi ile tanımlanması. Konu: Ambystoma mexicanum(aksolotl) su semenderleri sınıfından yaşamı boyunca neotenik özelliğe sahip olan bir canlıdır. Deneysel araştırmalarda sahip olduğu yüksek rejenerasyon yeteneği ve kansere karşı gösterdiği dayanıklılık sebebiyle model organizma olarak kullanılmaktadır. Aksolotlar maruz kaldıkları hasarlar sonrası iç organlarını, ekstremitelerini, merkezi sinir sistemlerini ve omuriliklerini eski fonksiyonel özelliğini tekrardan gösterecek şekilde yenileyebilmektedirler. Sahip oldukları bu özelliğin moleküler ve hücresel sinyal mekanizmaları geçmiş dönemlerde teknolojik imkanların yetersiz olması sebebiyle tam olarak anlaşılamamıştır. Günümüzün çığır açan omiks teknolojisi insanlığa bu durumun üstesinden gelebilecek imkanlar sunmaktır. Omiks teknolojisinin en çok çalışılan dallarından birisi olan proteomiks teknolojisi, hücresel olayların ve etkileşimlerin protein düzeyinde anlaşılması için kullanılmaktadır. Bu çalışmada aksolotl canlısının sahip olduğu rejenerasyon yeteneğini anlaşılması için canlının omurilik içeren kuyruk bölgesi ampüte edilmiştir. Rejenerasyon süresince 0. gün, 1. gün , 4. gün ve 7. gün olacak şekilde farklı zaman aralıklarında alınan örneklerden hücresel olaylar ve etkileşimlerde görev alan proteinler proteomiks yöntemi ile tanımlanmış, aksolotl proteom veritabanı genişletilmiştir. Anlamlı düzeyde değiştiği tanımlanan proteinler içerisinden omurilik yenilenmesinde görev alabilecek sinirsel görev ile ilgili proteinler seçilerek gen ontoloji analizleri yapılmış; moleküler fonksiyon süreçlerinde, hücresel bileşen olarak katıldıkları süreçlerde ve biyolojik süreçlerde aldıkları görevler analiz edilmiştir.. MAHMUT ERHAN-AVŞAROĞLU. 2017

4-) Tez Adı: Metamorfik ve neotenik aksolotllar'ın metagenomiks analizinin yapılması ve karşılaştırılması. Konu: Memelilerin, doku ve organlarındaki kısıtlı rejenerasyon yeteneğine karGılık Amfibiler (Aksolotl ve Newt) kaybettikleri doku ve organlarını rejenere edebilmektedirler. Mikrobiyotanın, konak canlının metabolizma ve enerjisinin düzenlenmesine olan katkısının keGfedilmesinin ardından, hangi mekanizmayı nasıl etkilediği merak konusu olmuGtur. Yapılan araGtırmalarla mikrobiyotanın, coğrafik köken, yaG, beslenme Gekli ve dıG etkenlerle türden türe hatta aynı tür içindeki bireyden bireye farklılık gösterdiği gösterilmiGtir (1). Mikroorganizmaların konak canlılara olan birçok fizyolojik etkileri düGünüldüğünde, doğada kendi kendine metamorfoz geçiremeyen Aksolotlun indüklenme ile metamorfoz geçirdikten sonra canlıdaki mikroorganizmaların varlığı ve etkileri bizim için merak konusu olmuGtur. Beslenme ve ortam koGulları sabit tutulursa, sadece metamorfozla mikrobiyom değiGir hipoteziyle, metamorfoz öncesi ve sonrasında var olan mikrobiyota farklılığını incelemek adına tiroksin hormonu ile metamorfoza indüklediğimiz metamorfik Aksolotlların ve aynı sayıda Neotenik Aksolotlların bağırsak, mide, dıGkı ve deri örneklerinde bulunan mikroorganizmalar ve yoğunlukları incelenmiGtir. Yapılan çalıGmalar sonucunda; neotenik Aksolotl derisinde en çok görülen filumlar; Firmicutes ve Bacteroidetes, neotenik midesinde Proteobacteria ve Firmicutes, neotenik bağırsağında Firmicutes ve Verrucomicrobia, neotenik fekal maddesinde Bacteroides ve Firmicutes?tir. Metamorfik Aksolotl derisinide en çok görülen filumlar; Proteobacteria ve Actinobacteria, metamorfik midesinde Proteobacteria ve Cyanobacteria, metamorfik bağırsağında Firmicutes ve Bacteroideres, metamorfik fekal maddesinde Bacteroidetes ve Firmicutes?tir.. BERNA-YILDIRIM. 2017

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: Diğer Kamu Kuruluşları (Yükseköğretim Kurumları Hariç). Kanser Tedavisinde Aday Hedef Eptitranskriptomik Yolak Genlerinin BiyoinformatikYöntemleri ile Tespiti ve CRISPR Yöntemiyle in Vitro Validasyonu. 2020-2023

2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Proje önerisi ile varmak istediğimiz temel amacımız rejenerasyon ile epitranskriptom arasındaki ilişkiyi yüksek yenilenme kapasitesine sahip Aksolot modelinde araştırmaktır. Bu amaç doğrultusunda ampütasyon modeli oluşturacağımız hayvanlarda uzuv rejenerasyonunun farklı günlerinden elde edeceğimiz örnekleri kullanarak fonksiyonel restorasyonun erken evrelerinde epitranskriptom profilini çıkarmayı hedeflemekteyiz. Ayrıca RNA modifikasyonunda görev alan genlerin ifade düzeyinin düşürülmesinin rejenerasyona olan etkisinin araştırılması da proje önerisi ile varılmak istenen bir diğer amaçtır.. Proje Türü: COST. Aksolotl Kol Rejenerasyonu Sürecinde Epitranskriptom Değişiminin mRNA Modifikasyonları Seviyesinde Araştırılması. 2018-2021

3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Bu çalışmada, Axolotl’un rejeneratif potansiyelini kullanarak omurilik rejenerasyonu için sistemik ve mekanistik açıklamalar yapabilmeyi planlamaktayız. Bu hedefe varmak için, neotenik (wahşi tip-WT) Axolotl’larda omurilik yaralanması oluşturulacaktır. Omurilik zedelenmesi ardından yenilenme ve doku tamirinin farklı zaman aralıklarında, iyileşmenin olduğu bölgeden doku örnekleri alınacak ve bu örnekler için transkriptomik ve proteomik çalışmalar yapılacaktır. Neotenik Axolotl’ların omurilik tamiri sırasında farklı şekilde ifade edilmiş gen ve protein profilinin bulunması ile bu genlerin fonksiyonel çalışmaları transgenik yöntemler, gen edisyonu metotları ve immu¨no boyama (IHC) aracılığı ile yapılacaktır. Bu çalışmanın sonuçları ile merkezi sinir sistemindeki hasarların tamirine dair bilginin u¨retilmesine ve memeli sisteminde omurilik rejenerasyonunu mu¨mku¨n kılacak bilimsel çabalara katkı sunulması hedeflenmektedir. Proje Türü: Diğer(Uluslararası). Axololt’da Omurilik Hasarı Sonrası Rejenerasyonu Sağlayan Moleküler Mekanizmaların Yeni-Nesil Rna Dizileme Ve Protemoiks Yöntemleri Ile Tanımlanması. 2017-2019

4-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Yaşlanma, canlı organizmaların DNA yapısında, hücrelerinde, dokularında, organlarında ve sistemlerinde zamanın ilerlemesiylende ortaya çıkan, yapısal ve işlevsel değişikliklerin tümüdür. Yaşlanma ile beraber hücre içindeki moleküller arasında ve hücreler arası iletişimde zayıflamalar meydana gelir ve homeostatik denge kararlı olmaktan çıkar. Bu durumu ortaya çıkaran moleküler mekanizmaların anlaşılması yaşlanma ile ortaya çıkan akut ve kronik hastalıklarla baş etmemizde, yaşlanmayı geciktirmemizde, durdurmamızda ve hatta geriye döndürmemizde bize yardımcı olacak teorik birikimi ve pratik uygulama alanlarının oluşmasını sağlayacaktır. Bu çalışmada yassı solucan modeli kullanılarak kök hücrelerin genç ve yaşlı evrelerini karşılaştırmak ve bu hücrelerdeki RNA, protein ve epigenetik düzeydeki değişimleri tespit etmek hedeflemektedir.. Proje Türü: TÜBİTAK PROJESİ. Yassı Solucan Modeli Kullanılarak Kök Hücre Yaşlanmasının Moleküler Mekanizmalarının Anlaşılması. 2014-2016

1-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Dolaşımında bulunan miRNA çeşitliliğinin uzuv rejenerasyonu sürecindeki değişimini profillemek ve profillediğimiz miRNA’ların olası görevlerini in-siliko olarak analiz etmek projenin temel amaçlarıdır.. Proje Türü: Diğer (Ulusal). Aksolotl Kol Rejenerasyonu Sürecinde Dolaşımdaki miRNA Profilinin Tanımlanması ve Tanımlanacak miRNA'ların In-Siliko Analizi. 2021-2022

2-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: . Proje Türü: -Tübitak 1002. Aksolotlda Dairesel RNA'ların Tanımlanması ve Bu RNA'ların Kol Rejenerasyonu Sürecinde Değişim Dinamiğinin Incelenmesi. 2020-2022

3-) Proje Durum: Tamamlandı. Projedeki Görev: Yürütücü. Konu: Rejenerasyon ile canlılar doku, organ veya uzuvlarında oluşan hasarları fonksiyone olarak restore edebilmektedirler. Bu süreç farklı canlılarda farklı düzeylerde görülmektedir. Özellikle omurgalı canlılarda kompleksite arttıkça yenilenme yeteneğinde azalma gözlemlenir. Omurgalı hayvanlar arasında ikili yaşamlılar (amfibiler) yu¨ksek bir yenilenme yeteneğine sahip canlılardır. Su semenderlerinden olan Axolotl’lar, larva ve erişkin yaşan döngülerinde ayaklarını, kuyruğunu, kalp de dahil olmak u¨zere iç organlarını, beyin ve omurilik dahil olmak u¨zere merkezi sinir sistemini rejenere edebilmektedir. Axolotl’ların sahip olduğu yu¨ksek yenilenme kapasitesi onları rejenerasyon ve kök hu¨cre çalışmalarında önemli model organizmalardan yapmıştır. Rejenerasyon ile birlikte gerçekleşen hu¨ce bölu¨nmesi, hu¨cre migrasyonu, hu¨cre farklılaşması gibi olayların regüle edilmesi rejonasyonun başarısı için hayati önem taşır. Bu kontrol mekanizmalarından biri de mikroRNA’lar tarafından gerçekleştirilir. miRNA’lar alt grubundan olan dolaşımdaki miRNA’ların tanımlanması memeli sınıfı dışındaki canlılarda henüz gerçekleştirilmemiştir. Dolaşımdaki miRNA’ların görevleri ve biyo-belirteç olarak kullanılmaları göz önüne alınınca bu miRNA’ların model organizmalarda keşfi oldukça önem kazanmaktadır. Biz bu proje önerisinde neotenik ve metamorfoza indüklenmiş metamorfik canlıların kanında dolaşımda olan miRNA’ları yeni nesil dizileme yöntemi ile tanımladık. Tanımlanan miRNA’ların karakterize edilmesi için biyolojik süreç ve yolaklardaki görevlerini araştırdık. Seçtiğimiz bir miRNA ve hedef geni arasındaki regülatif ilişkiyi lusiferaz deneyi ile gösterdik. Bu proje ile ilk defa memeli sınıfı dışında bir canlıda dolaşımdaki miRNA’ları izole edip, tanımlayıp, karakteriz etmiş olduk.. Proje Türü: -Tübitak 3001. Neotenik Ve Metamorfozu Indüklenmiş Axolotl Ların Kan Örneklerinde Dolaşımdaki Mirna Tespiti Ve Karekterizasyonu. 2016-2017

1-) Kurum Adı: . Bilim Akademisi Genç Bilim İnsanları Ödül Programı (BAGEP). 2022